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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29068 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the GR-Hsp90-FKBP52 complex | |||||||||
マップデータ | Sharpened consensus GR-Hsp90-FKBP52 map | |||||||||
試料 |
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キーワード | chaperone / steroid hormone receptor / ligand binding / ATP binding / protein folding | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 steroid hormone receptor complex assembly / negative regulation of microtubule polymerization or depolymerization / male sex differentiation / copper-dependent protein binding / Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / prostate gland development / steroid hormone binding / PTK6 Expression ...steroid hormone receptor complex assembly / negative regulation of microtubule polymerization or depolymerization / male sex differentiation / copper-dependent protein binding / Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / prostate gland development / steroid hormone binding / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / copper ion transport / glucocorticoid metabolic process / nuclear glucocorticoid receptor binding / microglia differentiation / mammary gland duct morphogenesis / maternal behavior / protein-containing complex localization / astrocyte differentiation / cellular response to glucocorticoid stimulus / motor behavior / sperm mitochondrial sheath / dATP binding / Scavenging by Class F Receptors / sulfonylurea receptor binding / CTP binding / positive regulation of protein polymerization / vRNP Assembly / UTP binding / sperm plasma membrane / positive regulation of tau-protein kinase activity / negative regulation of microtubule polymerization / chaperone-mediated autophagy / telomerase holoenzyme complex assembly / regulation of gluconeogenesis / adrenal gland development / protein insertion into mitochondrial outer membrane / cellular response to steroid hormone stimulus / Respiratory syncytial virus genome replication / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / Uptake and function of diphtheria toxin / FK506 binding / mitochondrial transport / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / TPR domain binding / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / androgen receptor signaling pathway / dendritic growth cone / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / regulation of protein ubiquitination / skeletal muscle contraction / HSF1-dependent transactivation / positive regulation of cell size / response to unfolded protein / telomere maintenance via telomerase / chaperone-mediated protein complex assembly / protein unfolding / HSF1 activation / regulation of protein-containing complex assembly / Attenuation phase / RHOBTB2 GTPase cycle / estrogen response element binding / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / eNOS activation / axonal growth cone / positive regulation of lamellipodium assembly / DNA polymerase binding / chaperone-mediated protein folding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / core promoter sequence-specific DNA binding / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / : / Signaling by ERBB2 / cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of defense response to virus by host / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / endocytic vesicle lumen / positive regulation of cardiac muscle contraction / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / response to salt stress / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / TBP-class protein binding / activation of innate immune response 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å | |||||||||
データ登録者 | Noddings CM / Agard DA | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM reveals how Hsp90 and FKBP immunophilins co-regulate the glucocorticoid receptor. 著者: Chari M Noddings / Jill L Johnson / David A Agard / 要旨: Hsp90 is an essential molecular chaperone responsible for the folding and activation of hundreds of 'client' proteins, including the glucocorticoid receptor (GR). Previously, we revealed that Hsp70 ...Hsp90 is an essential molecular chaperone responsible for the folding and activation of hundreds of 'client' proteins, including the glucocorticoid receptor (GR). Previously, we revealed that Hsp70 and Hsp90 remodel the conformation of GR to regulate ligand binding, aided by co-chaperones. In vivo, the co-chaperones FKBP51 and FKBP52 antagonistically regulate GR activity, but a molecular understanding is lacking. Here we present a 3.01 Å cryogenic electron microscopy structure of the human GR:Hsp90:FKBP52 complex, revealing how FKBP52 integrates into the GR chaperone cycle and directly binds to the active client, potentiating GR activity in vitro and in vivo. We also present a 3.23 Å cryogenic electron microscopy structure of the human GR:Hsp90:FKBP51 complex, revealing how FKBP51 competes with FKBP52 for GR:Hsp90 binding and demonstrating how FKBP51 can act as a potent antagonist to FKBP52. Altogether, we demonstrate how FKBP51 and FKBP52 integrate into the GR chaperone cycle to advance GR to the next stage of maturation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29068.map.gz | 63.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29068-v30.xml emd-29068.xml | 31.3 KB 31.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_29068_fsc.xml | 12 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_29068.png | 70.8 KB | ||
マスクデータ | emd_29068_msk_1.map emd_29068_msk_2.map emd_29068_msk_3.map | 125 MB 125 MB 125 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-29068.cif.gz | 7.6 KB | ||
その他 | emd_29068_additional_1.map.gz emd_29068_additional_2.map.gz emd_29068_additional_3.map.gz emd_29068_additional_4.map.gz emd_29068_half_map_1.map.gz emd_29068_half_map_2.map.gz | 61.8 MB 117.9 MB 118 MB 117.5 MB 116 MB 116 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29068 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29068 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29068_validation.pdf.gz | 845.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_29068_full_validation.pdf.gz | 845.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29068_validation.xml.gz | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29068_validation.cif.gz | 24.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29068 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29068 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ffvMC 8ffwC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29068.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened consensus GR-Hsp90-FKBP52 map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.835 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_29068_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #2
ファイル | emd_29068_msk_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #3
ファイル | emd_29068_msk_3.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened consensus GR-Hsp90-FKBP52 map
ファイル | emd_29068_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened consensus GR-Hsp90-FKBP52 map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Focused map on Hsp90 in the GR-Hsp90-FKBP52 complex
ファイル | emd_29068_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Focused map on Hsp90 in the GR-Hsp90-FKBP52 complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Focused map on GR-FKBP52 in the GR-Hsp90-FKBP52 complex
ファイル | emd_29068_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Focused map on GR-FKBP52 in the GR-Hsp90-FKBP52 complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Composite map for GR-Hsp90-FKBP52 with combined focused maps...
ファイル | emd_29068_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | Composite map for GR-Hsp90-FKBP52 with combined focused maps on Hsp90 and GR-FKBP52 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: GR-Hsp90-FKBP52 Half Map 1
ファイル | emd_29068_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | GR-Hsp90-FKBP52 Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: GR-Hsp90-FKBP52 Half Map 2
ファイル | emd_29068_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | GR-Hsp90-FKBP52 Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of the Glucocorticoid Receptor ligand binding domain, Hsp...
全体 | 名称: Complex of the Glucocorticoid Receptor ligand binding domain, Hsp90 alpha dimer, and the co-chaperone FKBP52 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of the Glucocorticoid Receptor ligand binding domain, Hsp...
超分子 | 名称: Complex of the Glucocorticoid Receptor ligand binding domain, Hsp90 alpha dimer, and the co-chaperone FKBP52 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 307 KDa |
-分子 #1: Heat shock protein HSP 90-alpha
分子 | 名称: Heat shock protein HSP 90-alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-chaperonin molecular chaperone ATPase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 84.650531 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: PEETQTQDQP MEEEEVETFA FQAEIAQLMS LIINTFYSNK EIFLRELISN SSDALDKIRY ESLTDPSKLD SGKELHINLI PNKQDRTLT IVDTGIGMTK ADLINNLGTI AKSGTKAFME ALQAGADISM IGQFGVGFYS AYLVAEKVTV ITKHNDDEQY A WESSAGGS ...文字列: PEETQTQDQP MEEEEVETFA FQAEIAQLMS LIINTFYSNK EIFLRELISN SSDALDKIRY ESLTDPSKLD SGKELHINLI PNKQDRTLT IVDTGIGMTK ADLINNLGTI AKSGTKAFME ALQAGADISM IGQFGVGFYS AYLVAEKVTV ITKHNDDEQY A WESSAGGS FTVRTDTGEP MGRGTKVILH LKEDQTEYLE ERRIKEIVKK HSQFIGYPIT LFVEKERDKE VSDDEAEEKE DK EEEKEKE EKESEDKPEI EDVGSDEEEE KKDGDKKKKK KIKEKYIDQE ELNKTKPIWT RNPDDITNEE YGEFYKSLTN DWE DHLAVK HFSVEGQLEF RALLFVPRRA PFDLFENRKK KNNIKLYVRR VFIMDNCEEL IPEYLNFIRG VVDSEDLPLN ISRE MLQQS KILKVIRKNL VKKCLELFTE LAEDKENYKK FYEQFSKNIK LGIHEDSQNR KKLSELLRYY TSASGDEMVS LKDYC TRMK ENQKHIYYIT GETKDQVANS AFVERLRKHG LEVIYMIEPI DEYCVQQLKE FEGKTLVSVT KEGLELPEDE EEKKKQ EEK KTKFENLCKI MKDILEKKVE KVVVSNRLVT SPCCIVTSTY GWTANMERIM KAQALRDNST MGYMAAKKHL EINPDHS II ETLRQKAEAD KNDKSVKDLV ILLYETALLS SGFSLEDPQT HANRIYRMIK LGLGIDEDDP TADDTSAAVT EEMPPLEG D DDTSRMEEVD UniProtKB: Heat shock protein HSP 90-alpha |
-分子 #2: Glucocorticoid receptor
分子 | 名称: Glucocorticoid receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 41.198973 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: PKLCLVCSDE ASGCHYGVLT CGSCKVFFKR AVEGQHNYLC AGRNDCIIDK IRRKNCPACR YRKCLQAGMN LEARKTKKKI KGIQQATTG VSQETSENPG NKTIVPATLP QLTPTLVSLL EVIEPEVLYA GYDSSVPDST WRIMTTLNML GGRQVIAAVK W AKAIPGFR ...文字列: PKLCLVCSDE ASGCHYGVLT CGSCKVFFKR AVEGQHNYLC AGRNDCIIDK IRRKNCPACR YRKCLQAGMN LEARKTKKKI KGIQQATTG VSQETSENPG NKTIVPATLP QLTPTLVSLL EVIEPEVLYA GYDSSVPDST WRIMTTLNML GGRQVIAAVK W AKAIPGFR NLHLDDQMTL LQYSWMSLMA FALGWRSYRQ SSANLLCFAP DLIINEQRMT LPCMYDQCKH MLYVSSELHR LQ VSYEEYL CMKTLLLLSS VPKDGLKSQE LFDEIRMTYI KELGKAIVKR EGNSSQNWQR FYQLTKLLDS MHEVVENLLN YCF QTFLDK TMSIEFPEML AEIITNQIPK YSNGNIKKLL FHQK UniProtKB: Glucocorticoid receptor |
-分子 #3: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP4, N-terminally processed
分子 | 名称: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP4, N-terminally processed タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 51.87652 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTAEEMKATE SGAQSAPLPM EGVDISPKQD EGVLKVIKRE GTGTEMPMIG DRVFVHYTGW LLDGTKFDSS LDRKDKFSFD LGKGEVIKA WDIAIATMKV GEVCHITCKP EYAYGSAGSP PKIPPNATLV FEVELFEFKG EDLTEEEDGG IIRRIQTRGE G YAKPNEGA ...文字列: MTAEEMKATE SGAQSAPLPM EGVDISPKQD EGVLKVIKRE GTGTEMPMIG DRVFVHYTGW LLDGTKFDSS LDRKDKFSFD LGKGEVIKA WDIAIATMKV GEVCHITCKP EYAYGSAGSP PKIPPNATLV FEVELFEFKG EDLTEEEDGG IIRRIQTRGE G YAKPNEGA IVEVALEGYY KDKLFDQREL RFEIGEGENL DLPYGLERAI QRMEKGEHSI VYLKPSYAFG SVGKEKFQIP PN AELKYEL HLKSFEKAKE SWEMNSEEKL EQSTIVKERG TVYFKEGKYK QALLQYKKIV SWLEYESSFS NEEAQKAQAL RLA SHLNLA MCHLKLQAFS AAIESCNKAL ELDSNNEKGL FRRGEAHLAV NDFELARADF QKVLQLYPNN KAAKTQLAVC QQRI RRQLA REKKLYANMF ERLAEEENKA KAEASSGDHP TDTEMKEEQK SNTAGSQSQV ETEA UniProtKB: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP4 |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #6: DEXAMETHASONE
分子 | 名称: DEXAMETHASONE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: DEX |
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分子量 | 理論値: 392.461 Da |
Chemical component information | ChemComp-DEX: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11162 / 平均露光時間: 5.9 sec. / 平均電子線量: 67.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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得られたモデル | PDB-8ffv: |