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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29031 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human TRPV4 - RhoA in complex with GSK2798745, RhoA focused refinement map | |||||||||
マップデータ | Main | |||||||||
試料 |
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キーワード | TRPV4 / RhoA / GSK2798745 / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-Hydrolase complex | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Kwon DH / Lee S-Y / Zhang F | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: TRPV4-Rho GTPase complex structures reveal mechanisms of gating and disease. 著者: Do Hoon Kwon / Feng Zhang / Brett A McCray / Shasha Feng / Meha Kumar / Jeremy M Sullivan / Wonpil Im / Charlotte J Sumner / Seok-Yong Lee / 要旨: Crosstalk between ion channels and small GTPases is critical during homeostasis and disease, but little is known about the structural underpinnings of these interactions. TRPV4 is a polymodal, ...Crosstalk between ion channels and small GTPases is critical during homeostasis and disease, but little is known about the structural underpinnings of these interactions. TRPV4 is a polymodal, calcium-permeable cation channel that has emerged as a potential therapeutic target in multiple conditions. Gain-of-function mutations also cause hereditary neuromuscular disease. Here, we present cryo-EM structures of human TRPV4 in complex with RhoA in the ligand-free, antagonist-bound closed, and agonist-bound open states. These structures reveal the mechanism of ligand-dependent TRPV4 gating. Channel activation is associated with rigid-body rotation of the intracellular ankyrin repeat domain, but state-dependent interaction with membrane-anchored RhoA constrains this movement. Notably, many residues at the TRPV4-RhoA interface are mutated in disease and perturbing this interface by introducing mutations into either TRPV4 or RhoA increases TRPV4 channel activity. Together, these results suggest that RhoA serves as an auxiliary subunit for TRPV4, regulating TRPV4-mediated calcium homeostasis and disruption of TRPV4-RhoA interactions can lead to TRPV4-related neuromuscular disease. These insights will help facilitate TRPV4 therapeutics development. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29031.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29031-v30.xml emd-29031.xml | 14.4 KB 14.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_29031.png | 88.5 KB | ||
その他 | emd_29031_half_map_1.map.gz emd_29031_half_map_2.map.gz | 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29031 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29031 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29031_validation.pdf.gz | 797.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_29031_full_validation.pdf.gz | 797.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29031_validation.xml.gz | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29031_validation.cif.gz | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29031 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29031 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29031.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Main | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half A
ファイル | emd_29031_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half_A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half B
ファイル | emd_29031_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half_B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : The complex of human TRPV4 with RhoA
全体 | 名称: The complex of human TRPV4 with RhoA |
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要素 |
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-超分子 #1: The complex of human TRPV4 with RhoA
超分子 | 名称: The complex of human TRPV4 with RhoA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 450 KDa |
-分子 #1: Human RhoA
分子 | 名称: Human RhoA / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAAIRKKLVI VGDGACGKTC LLIVFSKDQF PEVYVPTVFE NYVADIEVDG KQVELALWDT AGQEDYDRLR PLSYPDTDVI LMCFSIDSPD SLENIPEKWT PEVKHFCPNV PIILVGNKKD LRNDEHTRRE LAKMKQEPVK PEEGRDMANR IGAFGYMECS AKTKDGVREV ...文字列: MAAIRKKLVI VGDGACGKTC LLIVFSKDQF PEVYVPTVFE NYVADIEVDG KQVELALWDT AGQEDYDRLR PLSYPDTDVI LMCFSIDSPD SLENIPEKWT PEVKHFCPNV PIILVGNKKD LRNDEHTRRE LAKMKQEPVK PEEGRDMANR IGAFGYMECS AKTKDGVREV FEMATRAALQ ARRGKKKSGC LVL |
-分子 #2: Human TRPV4
分子 | 名称: Human TRPV4 / タイプ: other / ID: 2 / 分類: other |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MADSSEGPRA GPGEVAELPG DESGTPGGEA FPLSSLANLF EGEDGSLSPS PADASRPAGP GDGRPNLRMK FQGAFRKGVP NPIDLLESTL YESSVVPGPK KAPMDSLFDY GTYRHHSSDN KRWRKKIIEK QPQSPKAPAP QPPPILKVFN RPILFDIVSR GSTADLDGLL ...文字列: MADSSEGPRA GPGEVAELPG DESGTPGGEA FPLSSLANLF EGEDGSLSPS PADASRPAGP GDGRPNLRMK FQGAFRKGVP NPIDLLESTL YESSVVPGPK KAPMDSLFDY GTYRHHSSDN KRWRKKIIEK QPQSPKAPAP QPPPILKVFN RPILFDIVSR GSTADLDGLL PFLLTHKKRL TDEEFREPST GKTCLPKALL NLSNGRNDTI PVLLDIAERT GNMREFINSP FRDIYYRGQT ALHIAIERRC KHYVELLVAQ GADVHAQARG RFFQPKDEGG YFYFGELPLS LAACTNQPHI VNYLTENPHK KADMRRQDSR GNTVLHALVA IADNTRENTK FVTKMYDLLL LKCARLFPDS NLEAVLNNDG LSPLMMAAKT GKIGIFQHII RREVTDEDTR HLSRKFKDWA YGPVYSSLYD LSSLDTCGEE ASVLEILVYN SKIENRHEML AVEPINELLR DKWRKFGAVS FYINVVSYLC AMVIFTLTAY YQPLEGTPPY PYRTTVDYLR LAGEVITLFT GVLFFFTNIK DLFMKKCPGV NSLFIDGSFQ LLYFIYSVLV IVSAALYLAG IEAYLAVMVF ALVLGWMNAL YFTRGLKLTG TYSIMIQKIL FKDLFRFLLV YLLFMIGYAS ALVSLLNPCA NMKVCNEDQT NCTVPTYPSC RDSETFSTFL LDLFKLTIGM GDLEMLSSTK YPVVFIILLV TYIILTFVLL LNMLIALMGE TVGQVSKESK HIWKLQWATT ILDIERSFPV FLRKAFRSGE MVTVGKSSDG TPDRRWCFRV DEVNWSHWNQ NLGIINEDPG KNETYQYYGF SHTVGRLRRD RWSSVVPRVV ELNKNSNPDE VVVPLDSMGN PRCDGHQQGY PRKWRTDDAP L |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 81000 |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 119462 |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |