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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | human EMC:human Cav1.2 channel complex in GDN detergent at 3.1 Angstrom | |||||||||
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![]() | endoplasmic reticulum membrane protein complex / voltage-gated calcium channel / holdase / biogenesis / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
![]() | Chen Z / Mondal A / Minor DL | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for Caαδ:gabapentin binding. 著者: Zhou Chen / Abhisek Mondal / Daniel L Minor / ![]() 要旨: Gabapentinoid drugs for pain and anxiety act on the Caαδ-1 and Caαδ-2 subunits of high-voltage-activated calcium channels (Ca1s and Ca2s). Here we present the cryo-EM structure of the gabapentin- ...Gabapentinoid drugs for pain and anxiety act on the Caαδ-1 and Caαδ-2 subunits of high-voltage-activated calcium channels (Ca1s and Ca2s). Here we present the cryo-EM structure of the gabapentin-bound brain and cardiac Ca1.2/Caβ/Caαδ-1 channel. The data reveal a binding pocket in the Caαδ-1 dCache1 domain that completely encapsulates gabapentin and define Caαδ isoform sequence variations that explain the gabapentin binding selectivity of Caαδ-1 and Caαδ-2. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 258.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.9 KB 16.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 49.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 259.5 MB 259.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 920.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 920 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.835 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_29006_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_29006_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of the human ER membrane protein complex (EMC) wi...
全体 | 名称: Ternary complex of the human ER membrane protein complex (EMC) with human CaV alpha1C and rabbit CaV beta3 |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of the human ER membrane protein complex (EMC) wi...
超分子 | 名称: Ternary complex of the human ER membrane protein complex (EMC) with human CaV alpha1C and rabbit CaV beta3 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #2: Human CaV alpha1C
超分子 | 名称: Human CaV alpha1C / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #9 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 187 KDa |
-超分子 #3: ER membrane protein complex subunit 1
超分子 | 名称: ER membrane protein complex subunit 1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 112 KDa |
-超分子 #4: Rabbit CaV beta3
超分子 | 名称: Rabbit CaV beta3 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #10 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 100 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.7 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 46.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm / 倍率(公称値): 105000 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: 詳細: 6WW7 (PDB ID) and 7MIY (PDB ID) used to generate the startup model. |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 383185 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |