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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28040 | |||||||||
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タイトル | Adeno-associated virus type 2 VLP displaying Linker peptide | |||||||||
マップデータ | map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Mimotopes / Dengue / Zika / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||
生物種 | adeno-associated virus 2 (アデノ随伴ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.36 Å | |||||||||
データ登録者 | Hernandez C / Kopylov M | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biotechnol Bioeng / 年: 2023 タイトル: Mimotope discovery as a tool to design a vaccine against Zika and dengue viruses. 著者: Esmeralda Cuevas-Juárez / Arturo Liñan-Torres / Carolina Hernández / Mykhailo Kopylov / Clint S Potter / Bridget Carragher / Octavio T Ramírez / Laura A Palomares / 要旨: Vaccine development against dengue virus is challenging because of the antibody-dependent enhancement of infection (ADE), which causes severe disease. Consecutive infections by Zika (ZIKV) and/or ...Vaccine development against dengue virus is challenging because of the antibody-dependent enhancement of infection (ADE), which causes severe disease. Consecutive infections by Zika (ZIKV) and/or dengue viruses (DENV), or vaccination can predispose to ADE. Current vaccines and vaccine candidates contain the complete envelope viral protein, with epitopes that can raise antibodies causing ADE. We used the envelope dimer epitope (EDE), which induces neutralizing antibodies that do not elicit ADE, to design a vaccine against both flaviviruses. However, EDE is a discontinuous quaternary epitope that cannot be isolated from the E protein without other epitopes. Utilizing phage display, we selected three peptides that mimic the EDE. Free mimotopes were disordered and did not elicit an immune response. After their display on adeno-associated virus (AAV) capsids (VLP), they recovered their structure and were recognized by an EDE-specific antibody. Characterization by cryo-EM and enzyme-linked immunosorbent assay confirmed the correct display of a mimotope on the surface of the AAV VLP and its recognition by the specific antibody. Immunization with the AAV VLP displaying one of the mimotopes induced antibodies that recognized ZIKV and DENV. This work provides the basis for developing a Zika and dengue virus vaccine candidate that will not induce ADE. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28040.map.gz | 121.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28040-v30.xml emd-28040.xml | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28040_fsc.xml | 13.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28040.png | 130.1 KB | ||
マスクデータ | emd_28040_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_28040_additional_1.map.gz emd_28040_half_map_1.map.gz emd_28040_half_map_2.map.gz | 230.5 MB 226.1 MB 226.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28040 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28040 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_28040_validation.pdf.gz | 991 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_28040_full_validation.pdf.gz | 990.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_28040_validation.xml.gz | 21.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_28040_validation.cif.gz | 28.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28040 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28040 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28040.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.083 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_28040_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: sharp map
ファイル | emd_28040_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | sharp map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: map half A
ファイル | emd_28040_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | map half A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: map half B
ファイル | emd_28040_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | map half B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : adeno-associated virus 2
全体 | 名称: adeno-associated virus 2 (アデノ随伴ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: adeno-associated virus 2
超分子 | 名称: adeno-associated virus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Produced using the Baculovirus expression vector system and the particles were purified from the cellular pellet using an iodixanol gradient NCBI-ID: 10804 / 生物種: adeno-associated virus 2 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3727 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 47.77 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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