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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27985 | |||||||||
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タイトル | Yeast VO missing subunits a, e, and f in complex with Vma12-22p | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | V-type proton ATPase / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Vma12-Vma22 assembly complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / P-type proton-exporting transporter activity / endosomal lumen acidification ...Vma12-Vma22 assembly complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / P-type proton-exporting transporter activity / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / vacuolar transport / protein targeting to vacuole / vacuole organization / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / fungal-type vacuole / vacuolar acidification / fungal-type vacuole membrane / proton transmembrane transporter activity / intracellular copper ion homeostasis / endomembrane system / Neutrophil degranulation / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / cell periphery / endocytosis / unfolded protein binding / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / membrane => GO:0016020 / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang H / Bueler SA / Rubinstein JL | |||||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: Structural basis of V-ATPase V region assembly by Vma12p, 21p, and 22p. 著者: Hanlin Wang / Stephanie A Bueler / John L Rubinstein / 要旨: Vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases) are rotary proton pumps that acidify specific intracellular compartments in almost all eukaryotic cells. These multi-subunit enzymes consist of a ...Vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases) are rotary proton pumps that acidify specific intracellular compartments in almost all eukaryotic cells. These multi-subunit enzymes consist of a soluble catalytic V region and a membrane-embedded proton-translocating V region. V is assembled in the endoplasmic reticulum (ER) membrane, and V is assembled in the cytosol. However, V binds V only after V is transported to the Golgi membrane, thereby preventing acidification of the ER. We isolated V complexes and subcomplexes from bound to V-ATPase assembly factors Vma12p, Vma21p, and Vma22p. Electron cryomicroscopy shows how the Vma12-22p complex recruits subunits a, e, and f to the rotor ring of V while blocking premature binding of V. Vma21p, which contains an ER-retrieval motif, binds the V:Vma12-22p complex, "mature" V, and a complex that appears to contain a ring of loosely packed rotor subunits and the proteins YAR027W and YAR028W. The structures suggest that Vma21p binds assembly intermediates that contain a rotor ring and that activation of proton pumping following assembly of V with V removes Vma21p, allowing V-ATPase to remain in the Golgi. Together, these structures show how Vma12-22p and Vma21p function in V-ATPase assembly and quality control, ensuring the enzyme acidifies only its intended cellular targets. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022 タイトル: Structural basis of V-ATPase V0 region assembly by Vma12p, 21p, and 22p 著者: Wang H / Bueler SA / Rubinstein JL | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27985.map.gz | 118.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27985-v30.xml emd-27985.xml | 21.3 KB 21.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_27985_fsc.xml | 10.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_27985.png | 47.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-27985.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_27985_half_map_1.map.gz emd_27985_half_map_2.map.gz | 115.9 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27985 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27985 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27985_validation.pdf.gz | 863.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27985_full_validation.pdf.gz | 863.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27985_validation.xml.gz | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27985_validation.cif.gz | 24.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27985 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27985 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27985.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_27985_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_27985_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Yeast VO missing subunits a, e, and f in complex with Vma12-22p
全体 | 名称: Yeast VO missing subunits a, e, and f in complex with Vma12-22p |
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要素 |
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-超分子 #1: Yeast VO missing subunits a, e, and f in complex with Vma12-22p
超分子 | 名称: Yeast VO missing subunits a, e, and f in complex with Vma12-22p タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-分子 #1: Vacuolar ATPase assembly protein VMA22
分子 | 名称: Vacuolar ATPase assembly protein VMA22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 21.104717 KDa |
配列 | 文字列: MSETRMAQNM DTTDEQYLRL IELLSNYDST LEQLQKGFQD GYIQLSRSNY YNKDSLRGNY GEDYWDETYI GQLMATVEEK NSKVVVEIV KRKAQDKQEK KEEEDNKLTQ RKKGTKPEKQ KTQSHKLKQD YDPILMFGGV LSVPSSLRQS QTSFKGCIPL I AQLINYKN EILTLVETLS EQE UniProtKB: Vacuolar ATPase assembly protein VMA22 |
-分子 #2: Vacuolar ATPase assembly integral membrane protein VPH2
分子 | 名称: Vacuolar ATPase assembly integral membrane protein VPH2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 25.325648 KDa |
配列 | 文字列: MFEIKLNDRI TEFLRKFKNS AKSNEGIDED IDLFLKRHAI PMQSLLFYVK EYRKDSDLQC SIKELLKPLE FEFKPKAVRG LHYSEDFKK KLEFLKYQEQ ELEYQSMVKR SKSVFSLQED DELTPSQINK QIKEQVTTVF NVLVSVISVV VAIWYWTGSS T NFPVHVRL ...文字列: MFEIKLNDRI TEFLRKFKNS AKSNEGIDED IDLFLKRHAI PMQSLLFYVK EYRKDSDLQC SIKELLKPLE FEFKPKAVRG LHYSEDFKK KLEFLKYQEQ ELEYQSMVKR SKSVFSLQED DELTPSQINK QIKEQVTTVF NVLVSVISVV VAIWYWTGSS T NFPVHVRL LLCLFFGILV LVADVVVYNS YLKKLEEAKV KEKTKVEKKK VLSKITL UniProtKB: Vacuolar ATPase assembly integral membrane protein VPH2 |
-分子 #3: V-type proton ATPase subunit F
分子 | 名称: V-type proton ATPase subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 13.47917 KDa |
配列 | 文字列: MAEKRTLIAV IADEDTTTGL LLAGIGQITP ETQEKNFFVY QEGKTTKEEI TDKFNHFTEE RDDIAILLIN QHIAENIRAR VDSFTNAFP AILEIPSKDH PYDPEKDSVL KRVRKLFGE UniProtKB: V-type proton ATPase subunit F |
-分子 #4: V0 assembly protein 1
分子 | 名称: V0 assembly protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 29.694885 KDa |
配列 | 文字列: MVFGQLYALF IFTLSCCISK TVQADSSKES SSFISFDKES NWDTISTISS TADVISSVDS AIAVFEFDNF SLLDNLMIDE EYPFFNRFF ANDVSLTVHD DSPLNISQSL SPIMEQFTVD ELPESASDLL YEYSLDDKSI VLFKFTSDAY DLKKLDEFID S CLSFLEDK ...文字列: MVFGQLYALF IFTLSCCISK TVQADSSKES SSFISFDKES NWDTISTISS TADVISSVDS AIAVFEFDNF SLLDNLMIDE EYPFFNRFF ANDVSLTVHD DSPLNISQSL SPIMEQFTVD ELPESASDLL YEYSLDDKSI VLFKFTSDAY DLKKLDEFID S CLSFLEDK SGDNLTVVIN SLGWAFEDED GDDEYATEET LSHHDNNKGK EGDDDILSSI WTEGLLMCLI VSALLLFILI VA LSWISNL DITYGALEKS TNPIKKNN UniProtKB: V0 assembly protein 1 |
-分子 #5: V-type proton ATPase subunit c''
分子 | 名称: V-type proton ATPase subunit c'' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 22.610641 KDa |
配列 | 文字列: MNKESKDDDM SLGKFSFSHF LYYLVLIVVI VYGLYKLFTG HGSDINFGKF LLRTSPYMWA NLGIALCVGL SVVGAAWGIF ITGSSMIGA GVRAPRITTK NLISIIFCEV VAIYGLIIAI VFSSKLTVAT AENMYSKSNL YTGYSLFWAG ITVGASNLIC G IAVGITGA ...文字列: MNKESKDDDM SLGKFSFSHF LYYLVLIVVI VYGLYKLFTG HGSDINFGKF LLRTSPYMWA NLGIALCVGL SVVGAAWGIF ITGSSMIGA GVRAPRITTK NLISIIFCEV VAIYGLIIAI VFSSKLTVAT AENMYSKSNL YTGYSLFWAG ITVGASNLIC G IAVGITGA TAAISDAADS ALFVKILVIE IFGSILGLLG LIVGLLMAGK ASEFQ UniProtKB: V-type proton ATPase subunit c'' |
-分子 #6: V-type proton ATPase subunit d
分子 | 名称: V-type proton ATPase subunit d / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 39.822484 KDa |
配列 | 文字列: MEGVYFNIDN GFIEGVVRGY RNGLLSNNQY INLTQCDTLE DLKLQLSSTD YGNFLSSVSS ESLTTSLIQE YASSKLYHEF NYIRDQSSG STRKFMDYIT YGYMIDNVAL MITGTIHDRD KGEILQRCHP LGWFDTLPTL SVATDLESLY ETVLVDTPLA P YFKNCFDT ...文字列: MEGVYFNIDN GFIEGVVRGY RNGLLSNNQY INLTQCDTLE DLKLQLSSTD YGNFLSSVSS ESLTTSLIQE YASSKLYHEF NYIRDQSSG STRKFMDYIT YGYMIDNVAL MITGTIHDRD KGEILQRCHP LGWFDTLPTL SVATDLESLY ETVLVDTPLA P YFKNCFDT AEELDDMNIE IIRNKLYKAY LEDFYNFVTE EIPEPAKECM QTLLGFEADR RSINIALNSL QSSDIDPDLK SD LLPNIGK LYPLATFHLA QAQDFEGVRA ALANVYEYRG FLETGNLEDH FYQLEMELCR DAFTQQFAIS TVWAWMKSKE QEV RNITWI AECIAQNQRE RINNYISVY UniProtKB: V-type proton ATPase subunit d |
-分子 #7: V-type proton ATPase subunit c
分子 | 名称: V-type proton ATPase subunit c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 16.357501 KDa |
配列 | 文字列: MTELCPVYAP FFGAIGCASA IIFTSLGAAY GTAKSGVGIC ATCVLRPDLL FKNIVPVIMA GIIAIYGLVV SVLVCYSLGQ KQALYTGFI QLGAGLSVGL SGLAAGFAIG IVGDAGVRGS SQQPRLFVGM ILILIFAEVL GLYGLIVALL LNSRATQDVV C UniProtKB: V-type proton ATPase subunit c |
-分子 #8: V-type proton ATPase subunit c'
分子 | 名称: V-type proton ATPase subunit c' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 17.046361 KDa |
配列 | 文字列: MSTQLASNIY APLYAPFFGF AGCAAAMVLS CLGAAIGTAK SGIGIAGIGT FKPELIMKSL IPVVMSGILA IYGLVVAVLI AGNLSPTED YTLFNGFMHL SCGLCVGFAC LSSGYAIGMV GDVGVRKYMH QPRLFVGIVL ILIFSEVLGL YGMIVALILN T RGSE UniProtKB: V-type proton ATPase subunit c' |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER/RHODIUM |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 277 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |