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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27932 | |||||||||
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タイトル | Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18 nt long RNA spacer, dC75 rut mimic RNA, Mg-ADP-BeF3, and NusG; Rho hexamer part | |||||||||
マップデータ | Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18 nt long RNA spacer, dC75 rut mimic RNA, Mg-ADP-BeF3, and NusG; Rho hexamer part | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP-dependent activity, acting on RNA / helicase activity / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Molodtsov V / Wang C / Ebright RH | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: Structural basis of Rho-dependent transcription termination. 著者: Vadim Molodtsov / Chengyuan Wang / Emre Firlar / Jason T Kaelber / Richard H Ebright / 要旨: Rho is a ring-shaped hexameric ATP-dependent molecular motor. Together with the transcription elongation factor NusG, Rho mediates factor-dependent transcription termination and transcription- ...Rho is a ring-shaped hexameric ATP-dependent molecular motor. Together with the transcription elongation factor NusG, Rho mediates factor-dependent transcription termination and transcription-translation-coupling quality control in Escherichia coli. Here we report the preparation of complexes that are functional in factor-dependent transcription termination from Rho, NusG, RNA polymerase (RNAP), and synthetic nucleic acid scaffolds, and we report cryogenic electron microscopy structures of the complexes. The structures show that functional factor-dependent pre-termination complexes contain a closed-ring Rho hexamer; have RNA threaded through the central channel of Rho; have 60 nucleotides of RNA interacting sequence-specifically with the exterior of Rho and 6 nucleotides of RNA interacting sequence-specifically with the central channel of Rho; have Rho oriented relative to RNAP such that ATP-dependent translocation by Rho exerts mechanical force on RNAP; and have NusG bridging Rho and RNAP. The results explain five decades of research on Rho and provide a foundation for understanding Rho's function. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022 タイトル: Structural basis of Rho-dependent transcription termination 著者: Molodtsov V / Wang C / Firlar E / Kaelber JT / Ebright RH | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27932.map.gz | 150.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27932-v30.xml emd-27932.xml | 17.2 KB 17.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_27932.png | 19 KB | ||
その他 | emd_27932_half_map_1.map.gz emd_27932_half_map_2.map.gz | 150.7 MB 150.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27932 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27932 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8e70MC 8e3fC 8e3hC 8e5kC 8e5lC 8e5oC 8e5pC 8e6wC 8e6xC 8e6zC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27932.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18 nt long RNA spacer, dC75 rut mimic RNA, Mg-ADP-BeF3, and NusG; Rho hexamer part | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.069 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half-map 2 Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex...
ファイル | emd_27932_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 2 Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18 nt long RNA spacer, dC75 rut mimic RNA, Mg-ADP-BeF3, and NusG; Rho hexamer part | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 1 Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex...
ファイル | emd_27932_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 1 Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18 nt long RNA spacer, dC75 rut mimic RNA, Mg-ADP-BeF3, and NusG; Rho hexamer part | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination comp...
全体 | 名称: Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18 nt long RNA spacer, dC75 rut mimic RNA, Mg-ADP-BeF3, and NusG; Rho hexamer part |
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要素 |
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-超分子 #1: Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination comp...
超分子 | 名称: Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18 nt long RNA spacer, dC75 rut mimic RNA, Mg-ADP-BeF3, and NusG; Rho hexamer part タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: dC75 RNA
分子 | 名称: dC75 RNA / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 22.860457 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC) ...文字列: (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC) (DC)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC) |
-分子 #2: Transcription termination factor Rho
分子 | 名称: Transcription termination factor Rho / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 47.070168 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MNLTELKNTP VSELITLGEN MGLENLARMR KQDIIFAILK QHAKSGEDIF GDGVLEILQD GFGFLRSADS SYLAGPDDIY VSPSQIRRF NLRTGDTISG KIRPPKEGER YFALLKVNEV NFDKPENARN KILFENLTPL HANSRLRMER GNGSTEDLTA R VLDLASPI ...文字列: MNLTELKNTP VSELITLGEN MGLENLARMR KQDIIFAILK QHAKSGEDIF GDGVLEILQD GFGFLRSADS SYLAGPDDIY VSPSQIRRF NLRTGDTISG KIRPPKEGER YFALLKVNEV NFDKPENARN KILFENLTPL HANSRLRMER GNGSTEDLTA R VLDLASPI GRGQRGLIVA PPKAGKTMLL QNIAQSIAYN HPDCVLMVLL IDERPEEVTE MQRLVKGEVV ASTFDEPASR HV QVAEMVI EKAKRLVEHK KDVIILLDSI TRLARAYNTV VPASGKVLTG GVDANALHRP KRFFGAARNV EEGGSLTIIA TAL IDTGSK MDEVIYEEFK GTGNMELHLS RKIAEKRVFP AIDYNRSGTR KEELLTTQEE LQKMWILRKI IHPMGEIDAM EFLI NKLAM TKTNDDFFEM MKRS |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #5: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
分子 | 名称: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: BEF |
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分子量 | 理論値: 66.007 Da |
Chemical component information | ChemComp-BEF: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.9 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.25 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
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最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 194518 |