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万見
- EMDB-2792: Near-atomic resolution reconstruction of T. acidophilum archaeal ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2792
タイトルNear-atomic resolution reconstruction of T. acidophilum archaeal 20S proteasome using a mid-range electron microscope operated at 200 kV
マップデータReconstruction of T. acidophilum archaeal 20S proteasome
試料
  • 試料: Near-atomic resolution reconstruction of T. acidophilum archaeal 20S proteasome using a mid-range electron microscope operated at 200 kV
  • タンパク質・ペプチド: 20S proteasome
キーワードSingle-particle electron microscopy / Direct detectors / Near-atomic resolution
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Campbell MG / Kearney BM / Cheng A / Potter CS / Johnson JE / Carragher B / Veesler D
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2014
タイトル: Near-atomic resolution reconstructions using a mid-range electron microscope operated at 200 kV.
要旨: A new era has begun for single particle cryo-electron microscopy (cryoEM) which can now compete with X-ray crystallography for determination of protein structures. The development of direct detectors ...A new era has begun for single particle cryo-electron microscopy (cryoEM) which can now compete with X-ray crystallography for determination of protein structures. The development of direct detectors constitutes a revolution that has led to a wave of near-atomic resolution cryoEM reconstructions. However, regardless of the sample studied, virtually all high-resolution reconstructions reported to date have been achieved using high-end microscopes. We demonstrate that the new generation of direct detectors coupled to a widely used mid-range electron microscope also enables obtaining cryoEM maps of sufficient quality for de novo modeling of protein structures of different sizes and symmetries. We provide an outline of the strategy used to achieve a 3.7 Å resolution reconstruction of Nudaurelia capensis ω virus and a 4.2 Å resolution reconstruction of the Thermoplasma acidophilum T20S proteasome.
履歴
登録2014年10月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年12月24日-
マップ公開2014年12月24日-
更新2015年3月11日-
現状2015年3月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0244
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0244
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2792.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2792.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of T. acidophilum archaeal 20S proteasome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.25 Å/pix.
x 256 pix.
= 320. Å		1.25 Å/pix.
x 256 pix.
= 320. Å		1.25 Å/pix.
x 256 pix.
= 320. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.25 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0244 / ムービー #1: 0.0244
最小 - 最大-0.03159811 - 0.07606965
平均 (標準偏差)0.00035416 (±0.00355011)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-127-127-127
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 320.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.251.251.25
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z320.000320.000320.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-40-32-96
NX/NY/NZ8165193
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-127-127-127
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0320.0760.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Near-atomic resolution reconstruction of T. acidophilum archaeal ...

全体名称: Near-atomic resolution reconstruction of T. acidophilum archaeal 20S proteasome using a mid-range electron microscope operated at 200 kV
要素
  • 試料: Near-atomic resolution reconstruction of T. acidophilum archaeal 20S proteasome using a mid-range electron microscope operated at 200 kV
  • タンパク質・ペプチド: 20S proteasome

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超分子 #1000: Near-atomic resolution reconstruction of T. acidophilum archaeal ...

超分子名称: Near-atomic resolution reconstruction of T. acidophilum archaeal 20S proteasome using a mid-range electron microscope operated at 200 kV
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: D7 / Number unique components: 1
分子量理論値: 700 KDa

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分子 #1: 20S proteasome

分子名称: 20S proteasome / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 28 / 集合状態: 28mer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Thermoplasma acidophilum (好酸性)
分子量理論値: 690 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pREAR-A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.21 mg/mL
緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 20mM Tris, 150mM NaCl
グリッド詳細: 1.2/1.3 C-Flat grid, plasma cleaned
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 95 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: Vitrification carried out at room temperature / 手法: Blot for 2.5 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 29,000 times magnification
詳細Collected in counting mode
日付2013年10月1日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 166 / 平均電子線量: 38 e/Å2
詳細: Each movie was acquired over 5 s and was comprised of 25 frames
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 40000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダー: Liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Initial data processing was performed using the Appion pipeline (including UCSF doseefgpu_driftcorr). Subsequent statistical refinement procedures and motion correction were performed using Relion.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D7 (2回x7回 2面回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 21818

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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