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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27913 | |||||||||
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タイトル | Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 21 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG; TEC part | |||||||||
マップデータ | Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 21 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG; TEC part | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 transcription elongation-coupled chromatin remodeling / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor complex ...transcription elongation-coupled chromatin remodeling / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Molodtsov V / Wang C | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: Structural basis of Rho-dependent transcription termination. 著者: Vadim Molodtsov / Chengyuan Wang / Emre Firlar / Jason T Kaelber / Richard H Ebright / 要旨: Rho is a ring-shaped hexameric ATP-dependent molecular motor. Together with the transcription elongation factor NusG, Rho mediates factor-dependent transcription termination and transcription- ...Rho is a ring-shaped hexameric ATP-dependent molecular motor. Together with the transcription elongation factor NusG, Rho mediates factor-dependent transcription termination and transcription-translation-coupling quality control in Escherichia coli. Here we report the preparation of complexes that are functional in factor-dependent transcription termination from Rho, NusG, RNA polymerase (RNAP), and synthetic nucleic acid scaffolds, and we report cryogenic electron microscopy structures of the complexes. The structures show that functional factor-dependent pre-termination complexes contain a closed-ring Rho hexamer; have RNA threaded through the central channel of Rho; have 60 nucleotides of RNA interacting sequence-specifically with the exterior of Rho and 6 nucleotides of RNA interacting sequence-specifically with the central channel of Rho; have Rho oriented relative to RNAP such that ATP-dependent translocation by Rho exerts mechanical force on RNAP; and have NusG bridging Rho and RNAP. The results explain five decades of research on Rho and provide a foundation for understanding Rho's function. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022 タイトル: Structural basis of Rho-dependent transcription termination 著者: Molodtsov V / Wang C / Firlar E / Kaelber JT / Ebright RH | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27913.map.gz | 134.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27913-v30.xml emd-27913.xml | 26.4 KB 26.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_27913.png | 28.4 KB | ||
その他 | emd_27913_half_map_1.map.gz emd_27913_half_map_2.map.gz | 150.1 MB 150 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27913 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27913 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27913_validation.pdf.gz | 828.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27913_full_validation.pdf.gz | 828.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27913_validation.xml.gz | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27913_validation.cif.gz | 17.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27913 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27913 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8e5kMC 8e3fC 8e3hC 8e5lC 8e5oC 8e5pC 8e6wC 8e6xC 8e6zC 8e70C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27913.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 21 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG; TEC part | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.038 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half-map 2 Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex...
ファイル | emd_27913_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 2 Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 21 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG; TEC part | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 1 Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex...
ファイル | emd_27913_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 1 Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 21 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG; TEC part | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination comp...
+超分子 #1: Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination comp...
+分子 #1: NT DNA
+分子 #2: T DNA
+分子 #3: RNA with 21 nt long spacer
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #6: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #7: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #8: Transcription termination/antitermination protein NusG
+分子 #9: MAGNESIUM ION
+分子 #10: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.9 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 28.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.25 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 31098 |
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初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |