[日本語] English
万見
- EMDB-27722: Cryo-EM Structure of Antibody SKT05 in complex with Western Equin... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27722
タイトルCryo-EM Structure of Antibody SKT05 in complex with Western Equine Encephalitis Virus spike (local refinement from VLP particles)
マップデータ
試料
  • 複合体: Western Equine Encephalitis Virus trimer in complex with Antibody Fab SKT05
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein E2
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein E1
    • タンパク質・ペプチド: Antibody Fab SKT05 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Antibody Fab SKT05 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードAntibody / SKT05 / Western Equine Encephalitis Virus / broadly neutralizing / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス) / Macaca fascicularis (カニクイザル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.17 Å
データ登録者Cerutti G / Verardi R / Roederer M / Shapiro L
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Vaccine elicitation and structural basis for antibody protection against alphaviruses.
著者: Matthew S Sutton / Sergei Pletnev / Victoria Callahan / Sungyoul Ko / Yaroslav Tsybovsky / Tatsiana Bylund / Ryan G Casner / Gabriele Cerutti / Christina L Gardner / Veronica Guirguis / ...著者: Matthew S Sutton / Sergei Pletnev / Victoria Callahan / Sungyoul Ko / Yaroslav Tsybovsky / Tatsiana Bylund / Ryan G Casner / Gabriele Cerutti / Christina L Gardner / Veronica Guirguis / Raffaello Verardi / Baoshan Zhang / David Ambrozak / Margaret Beddall / Hong Lei / Eun Sung Yang / Tracy Liu / Amy R Henry / Reda Rawi / Arne Schön / Chaim A Schramm / Chen-Hsiang Shen / Wei Shi / Tyler Stephens / Yongping Yang / Maria Burgos Florez / Julie E Ledgerwood / Crystal W Burke / Lawrence Shapiro / Julie M Fox / Peter D Kwong / Mario Roederer /
要旨: Alphaviruses are RNA viruses that represent emerging public health threats. To identify protective antibodies, we immunized macaques with a mixture of western, eastern, and Venezuelan equine ...Alphaviruses are RNA viruses that represent emerging public health threats. To identify protective antibodies, we immunized macaques with a mixture of western, eastern, and Venezuelan equine encephalitis virus-like particles (VLPs), a regimen that protects against aerosol challenge with all three viruses. Single- and triple-virus-specific antibodies were isolated, and we identified 21 unique binding groups. Cryo-EM structures revealed that broad VLP binding inversely correlated with sequence and conformational variability. One triple-specific antibody, SKT05, bound proximal to the fusion peptide and neutralized all three Env-pseudotyped encephalitic alphaviruses by using different symmetry elements for recognition across VLPs. Neutralization in other assays (e.g., chimeric Sindbis virus) yielded variable results. SKT05 bound backbone atoms of sequence-diverse residues, enabling broad recognition despite sequence variability; accordingly, SKT05 protected mice against Venezuelan equine encephalitis virus, chikungunya virus, and Ross River virus challenges. Thus, a single vaccine-elicited antibody can protect in vivo against a broad range of alphaviruses.
履歴
登録2022年7月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月5日-
マップ公開2023年7月5日-
更新2023年7月5日-
現状2023年7月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_27722.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27722.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.66 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.7105643 - 4.0652547
平均 (標準偏差)-0.00011137868 (±0.032254092)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ640640640
Spacing640640640
セルA=B=C: 1062.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_27722_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_27722_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Western Equine Encephalitis Virus trimer in complex with Antibody...

全体名称: Western Equine Encephalitis Virus trimer in complex with Antibody Fab SKT05
要素
  • 複合体: Western Equine Encephalitis Virus trimer in complex with Antibody Fab SKT05
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein E2
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein E1
    • タンパク質・ペプチド: Antibody Fab SKT05 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Antibody Fab SKT05 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: Western Equine Encephalitis Virus trimer in complex with Antibody...

超分子名称: Western Equine Encephalitis Virus trimer in complex with Antibody Fab SKT05
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)

-
分子 #1: Spike glycoprotein E2

分子名称: Spike glycoprotein E2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
分子量理論値: 45.29373 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: PYLGFCPYCR HSAPCFSPIK IENVWDESDD GSIRIQVSAQ FGYNQAGTAD VTKFRYMSFD HDHDIKEDSM DKIAISTSGP CRRLGHKGY FLLAQCPPGD SVTVSITSGA SENSCTVEKK IRRKFVGREE YLFPPVHGKL VKCHVYDHLK ETSAGYITMH R PGPHAYKS ...文字列:
PYLGFCPYCR HSAPCFSPIK IENVWDESDD GSIRIQVSAQ FGYNQAGTAD VTKFRYMSFD HDHDIKEDSM DKIAISTSGP CRRLGHKGY FLLAQCPPGD SVTVSITSGA SENSCTVEKK IRRKFVGREE YLFPPVHGKL VKCHVYDHLK ETSAGYITMH R PGPHAYKS YLEEASGEVY IKPPSGKNVT YECKCGDYST GIVSTRTKMN GCTKAKQCIA YKSDQTKWVF NSPDLIRHTD HS VQGKLHI PFRLTPTVCP VPLAHTPTVT KWFKGITLHL TATRPTLLTT RKLGLRADAT AEWITGTTSR NFSVGREGLE YVW GNHEPV RVWAQESAPG DPHGWPHEII IHYYHRHPVY TVIVLCGVAL AILVGTASSA ACIAKARRDC LTPYALAPNA TVPT ALAVL CCI

-
分子 #2: Spike glycoprotein E1

分子名称: Spike glycoprotein E1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
分子量理論値: 52.905348 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: RPTNAETFGE TLNHLWFNNQ PFLWAQLCIP LAALVILFRC FSCCMPFLLV AGVCLGKVDA FEHATTVPNV PGIPYKALVE RAGYAPLNL EITVVSSELT PSTNKEYVTC RFHTVIPSPQ VKCCGSLECK ASSKADYTCR VFGGVYPFMW GGAQCFCDSE N TQLSEAYV ...文字列:
RPTNAETFGE TLNHLWFNNQ PFLWAQLCIP LAALVILFRC FSCCMPFLLV AGVCLGKVDA FEHATTVPNV PGIPYKALVE RAGYAPLNL EITVVSSELT PSTNKEYVTC RFHTVIPSPQ VKCCGSLECK ASSKADYTCR VFGGVYPFMW GGAQCFCDSE N TQLSEAYV EFAPDCTIDH AVALKVHTAA LKVGLRIVYG NTTAHLDTFV NGVTPGSSRD LKVIAGPISA AFSPFDHKVV IR KGLVYNY DFPEYGAMKP GAFGDIQASS LDATDIVART DIRLLKPSVK NIHVPYTQAV SGYEMWKNNS GRPLQETAPF GCK IEVEPL RASNCAYGHI PISIDIPDAA FVRSSESPTI LEVSCTVADC IYSADFGGSL TLQYKADREG HCPVHSHSTT AVLK EATTH VTAVGSITLH FSTSSPQANF IVSLCGKKTT CNAECKPPAD HIIGEPHKVD QEFQAAVSKT SWNWLLALFG GASSL IVVG LIVLV

-
分子 #3: Antibody Fab SKT05 heavy chain

分子名称: Antibody Fab SKT05 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca fascicularis (カニクイザル)
分子量理論値: 25.517631 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGAG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS DSWMSWVRQS PGKGLEWVGR IKGKPDGETA AYAASVKGRF SISRDDSKNT LYLQMNSLK TEDTAVYYCT RDDRTSCRRG VCYAAFHSWG QGVLVTVSSA STKGPSVFPL APSSRSTSES TAALGCLVKD Y FPEPVTVS ...文字列:
EVQLVESGAG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS DSWMSWVRQS PGKGLEWVGR IKGKPDGETA AYAASVKGRF SISRDDSKNT LYLQMNSLK TEDTAVYYCT RDDRTSCRRG VCYAAFHSWG QGVLVTVSSA STKGPSVFPL APSSRSTSES TAALGCLVKD Y FPEPVTVS WNSGSLTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YVCNVNHKPS NTKVDKRVEI KTCGGLEVLF Q

-
分子 #4: Antibody Fab SKT05 light chain

分子名称: Antibody Fab SKT05 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca fascicularis (カニクイザル)
分子量理論値: 23.238729 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASAGDRVT LTCRASQAIS FYLAWYQQKP GKAPKRLIYD ASELQGGVPS RFSGSGSGTD FTLSINSLQP EDSATYFCL QYDSPPFTFG PGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSEDQVKSGT VSVVCLLNNF YPREASVKWK VDGALKTGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASAGDRVT LTCRASQAIS FYLAWYQQKP GKAPKRLIYD ASELQGGVPS RFSGSGSGTD FTLSINSLQP EDSATYFCL QYDSPPFTFG PGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSEDQVKSGT VSVVCLLNNF YPREASVKWK VDGALKTGNS Q ESVTEQDS KDNTYSLSST LTLSSTEYQS HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

-
分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 8 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 46.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 4109460
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る