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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27699 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Arabidopsis SPY in complex with GDP-fucose | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | O-fucosyltransferase / SPY / TRANSFERASE (転移酵素) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway / protein N-acetylglucosaminyltransferase activity / peptide-O-fucosyltransferase / gibberellic acid mediated signaling pathway / protein O-linked fucosylation / peptide-O-fucosyltransferase activity / cytokinin-activated signaling pathway / O-GlcNAc転移酵素 / protein O-acetylglucosaminyltransferase activity / ABCモデル ...negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway / protein N-acetylglucosaminyltransferase activity / peptide-O-fucosyltransferase / gibberellic acid mediated signaling pathway / protein O-linked fucosylation / peptide-O-fucosyltransferase activity / cytokinin-activated signaling pathway / O-GlcNAc転移酵素 / protein O-acetylglucosaminyltransferase activity / ABCモデル / regulation of reactive oxygen species metabolic process / rhythmic process / 細胞分化 / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Kumar S / Zhou Y / Dillard L / Borgnia MJ / Bartesaghi A / Zhou P | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of the full length Arabidopsis SPY with complete TPRs 著者: Kumar S / Zhou Y | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27699.map.gz | 117 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27699-v30.xml emd-27699.xml | 17.7 KB 17.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_27699_fsc.xml | 11.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_27699.png | 79 KB | ||
Filedesc metadata | emd-27699.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_27699_additional_1.map.gz emd_27699_additional_2.map.gz emd_27699_additional_3.map.gz | 117.9 MB 118.2 MB 118 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27699 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27699 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27699.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Overall lower resolution map
ファイル | emd_27699_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Overall lower resolution map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Focused component map (monomer B)
ファイル | emd_27699_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Focused component map (monomer B) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Focused component map (monomer A)
ファイル | emd_27699_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Focused component map (monomer A) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SPY in complex with GDP-fucose
全体 | 名称: SPY in complex with GDP-fucose |
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要素 |
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-超分子 #1: SPY in complex with GDP-fucose
超分子 | 名称: SPY in complex with GDP-fucose / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
-分子 #1: Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltra...
分子 | 名称: Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SPINDLY タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: O-GlcNAc転移酵素 |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 105.278859 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MVGLEDDTER ERSPVVENGF SNGSRSSSSS AGVLSPSRKV TQGNDTLSYA NILRARNKFA DALALYEAML EKDSKNVEAH IGKGICLQT QNKGNLAFDC FSEAIRLDPH NACALTHCGI LHKEEGRLVE AAESYQKALM ADASYKPAAE CLAIVLTDLG T SLKLAGNT ...文字列: MVGLEDDTER ERSPVVENGF SNGSRSSSSS AGVLSPSRKV TQGNDTLSYA NILRARNKFA DALALYEAML EKDSKNVEAH IGKGICLQT QNKGNLAFDC FSEAIRLDPH NACALTHCGI LHKEEGRLVE AAESYQKALM ADASYKPAAE CLAIVLTDLG T SLKLAGNT QEGIQKYYEA LKIDPHYAPA YYNLGVVYSE MMQYDNALSC YEKAALERPM YAEAYCNMGV IYKNRGDLEM AI TCYERCL AVSPNFEIAK NNMAIALTDL GTKVKLEGDV TQGVAYYKKA LYYNWHYADA MYNLGVAYGE MLKFDMAIVF YEL AFHFNP HCAEACNNLG VLYKDRDNLD KAVECYQMAL SIKPNFAQSL NNLGVVYTVQ GKMDAAASMI EKAILANPTY AEAF NNLGV LYRDAGNITM AIDAYEECLK IDPDSRNAGQ NRLLAMNYIN EGLDDKLFEA HRDWGWRFTR LHPQYTSWDN LKDPE RPIT IGYISPDFFT HSVSYFIEAP LTHHDYTKYK VVVYSAVVKA DAKTYRFRDK VLKKGGVWKD IYGIDEKKIA SMVRED KID ILVELTGHTA NNKLGTMACR PAPVQVTWIG YPNTTGLPTV DYRITDSLAD PPDTKQKQVE ELVRLPDCFL CYTPSPE AG PVCPTPALSN GFVTFGSFNN LAKITPKVLQ VWARILCAVP NSRLVVKCKP FCCDSIRQRF LTTLEQLGLE SKRVDLLP L ILFNHDHMQA YSLMDISLDT FPYAGTTTTC ESLYMGVPCV TMAGSVHAHN VGVSLLTKVG LGHLVAKNED EYVQLSVDL ASDVTALSKL RMSLRDLMAG SPVCNGPSFA VGLESAYRNM WKKYCKGEVP SLRRMEMLQK EVHDDPLISK DLGPSRVSVT GEATPSLKA NGSAPVPSSL PTQSPQLSKR MDSTSGGSEN LYFQGGSHHH HHHHHHHGGW SHPQFEK UniProtKB: Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SPINDLY |
-分子 #2: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-BETA-L-FUCOPYRANOSE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-BETA-L-FUCOPYRANOSE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: GFB |
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分子量 | 理論値: 589.342 Da |
Chemical component information | ChemComp-GFB: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 52.4 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |