+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM structure of JetABC (head construct) from Pseudomonas aeruginosa PA14 | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | Wadjet / Bacterial defense systems / JetA / JetB / JetC / Anti-plasmid defense system / EptA / EptB / EptC / MksB / MksE / MksF / SMC / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | Wadjet protein JetB / Domain of unknown function (DUF4194) / Protein of unknown function DUF3375 / Protein of unknown function (DUF3375) / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / DUF3375 domain-containing protein / DUF4194 domain-containing protein / ATP synthase![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å | |||||||||
![]() | Deep A / Gu Y / Gao Y / Ego K / Herzik M / Zhou H / Corbett K | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The SMC-family Wadjet complex protects bacteria from plasmid transformation by recognition and cleavage of closed-circular DNA. 著者: Amar Deep / Yajie Gu / Yong-Qi Gao / Kaori M Ego / Mark A Herzik / Huilin Zhou / Kevin D Corbett / ![]() 要旨: Self versus non-self discrimination is a key element of innate and adaptive immunity across life. In bacteria, CRISPR-Cas and restriction-modification systems recognize non-self nucleic acids through ...Self versus non-self discrimination is a key element of innate and adaptive immunity across life. In bacteria, CRISPR-Cas and restriction-modification systems recognize non-self nucleic acids through their sequence and their methylation state, respectively. Here, we show that the Wadjet defense system recognizes DNA topology to protect its host against plasmid transformation. By combining cryoelectron microscopy with cross-linking mass spectrometry, we show that Wadjet forms a complex similar to the bacterial condensin complex MukBEF, with a novel nuclease subunit similar to a type II DNA topoisomerase. Wadjet specifically cleaves closed-circular DNA in a reaction requiring ATP hydrolysis by the structural maintenance of chromosome (SMC) ATPase subunit JetC, suggesting that the complex could use DNA loop extrusion to sense its substrate's topology, then specifically activate the nuclease subunit JetD to cleave plasmid DNA. Overall, our data reveal how bacteria have co-opted a DNA maintenance machine to specifically recognize and destroy foreign DNAs through topology sensing. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 107.3 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 26.7 KB 26.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 138.5 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | 200.2 MB 200.2 MB 106.7 MB 200.5 MB 200.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 956.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 956.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.84 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-追加マップ: local refinement of the JetB dimer.
ファイル | emd_27480_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | local refinement of the JetB dimer. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: local refinement of the JetB dimer.
ファイル | emd_27480_additional_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | local refinement of the JetB dimer. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: local refinement of the JetB dimer.
ファイル | emd_27480_additional_3.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | local refinement of the JetB dimer. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_27480_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_27480_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Reconstituted JetABC head construct
全体 | 名称: Reconstituted JetABC head construct |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Reconstituted JetABC head construct
超分子 | 名称: Reconstituted JetABC head construct / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: A Pseudomonas aeruginosa protein complex involved in anti-plasmid defense system. |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 369 KDa |
-分子 #1: JetA
分子 | 名称: JetA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 59.2335 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKSSHHHHHH ENLYFQSNAE ESAQQRSERY VSARSQHPAW LLLASRRAPL VLGCLRTLFE RAHDGIPMED ALQALSEMLA AYASQELYE IDPDATHLQA GRELREWIKR RLVVEREGRI YATDALESAI QFVDSLDSRI MTSTASRLSV VQREIENLET G LNPSPTGR ...文字列: MKSSHHHHHH ENLYFQSNAE ESAQQRSERY VSARSQHPAW LLLASRRAPL VLGCLRTLFE RAHDGIPMED ALQALSEMLA AYASQELYE IDPDATHLQA GRELREWIKR RLVVEREGRI YATDALESAI QFVDSLDSRI MTSTASRLSV VQREIENLET G LNPSPTGR IASLRRRIQD LEHELARVEA GHVDVLDEAQ AIEGMREVYN LATSLRADFR RVEDSWREAD RALRHSIISE QS HRGEIVD RLLDGQDALL NTPEGRVFES FQQQLRQSAE LEVMRERLRT ILRHPAVPKA LNRPQQRELR WLALRLVRES QAV LQARAR SERDVRGFMK TGLAAEHHRV GQLLNDFFNL ALSVDWQRQS ERRKPACLPP VGVAITGVPA IERLRFKTLD DDDA GELDL SLKPAGLEQI DDDFWDAFDG LDREALIHDT LAVLVEQGRP VSLGELASLL PPAHDLETFA LWLAMAREAG IEVLT EERQ FVELVDEDEQ RWGFNLPYVG LDHEALKDID WEL UniProtKB: DUF3375 domain-containing protein |
-分子 #2: JetC
分子 | 名称: JetC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: JetC head domain is constructed through a glycine serine link replacing two long coiled-coils. Additional mutations are: E1022Q, L783A.,JetC head domain is constructed through a glycine ...詳細: JetC head domain is constructed through a glycine serine link replacing two long coiled-coils. Additional mutations are: E1022Q, L783A.,JetC head domain is constructed through a glycine serine link replacing two long coiled-coils. Additional mutations are: E1022Q, L783A. コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 70.675375 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKSSHHHHHH ENLYFQSNAK QALLWRDSET FILTSIELYN WGGFQGYHRA EIDPSGTAVI GPTGSGKTTL VDALMTLLCA NPRYNLAST GGHESDRDLV SYVRGVTGPG DGGVEQSHIA RQGKTVTAIA ATLERDGAQV RLGAVLWFEG TSSSASDLKK L WLLSESPE ...文字列: MKSSHHHHHH ENLYFQSNAK QALLWRDSET FILTSIELYN WGGFQGYHRA EIDPSGTAVI GPTGSGKTTL VDALMTLLCA NPRYNLAST GGHESDRDLV SYVRGVTGPG DGGVEQSHIA RQGKTVTAIA ATLERDGAQV RLGAVLWFEG TSSSASDLKK L WLLSESPE QTLEHWLSQH HAGGMRALRQ MEKDGMGIWP YPSKKAFLAR LRDYFEVGEN AFTLLNRAAG LKQLNSIDEI FR ELVLDDR SAFERAAEVA SSFDDLTDIH RELETARKQQ RSLQPVADGW ERYRALQEQL QDKQASGSSG SSGSSGQAKT LGE KLGDQK TELAKRMSDA LKADTGALAE VGRELVDVPR YLERLRVLTE EALPEKLKRF LEYLNRSSDD GVTQLLSYID HEVS MIEER LDDLNSTMQR VDFQPGRYLR LVAKKVIHES LRTLQHAQRQ LNSARFIDDE GESHYKALQA LVGLLKDACE HSRNQ GAKA LLDPRFRLEF AVSVIDREGN NLIETRTGSQ GGSGGEKEII ASYVLTASLS YALCPDGSSR PLFGTIVLDQ AFSRSS HAV AGRIIAALRE FGLHAVFITP NKEMRLLRHH TRSAVVVHRR GVESSLVSLS WEALDEHHQQ RIRAMHEVAH UniProtKB: ATP synthase, ATP synthase |
-分子 #3: JetB
分子 | 名称: JetB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 27.537037 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAGIFDRIAG ASGADETELT AEPMALDDGM DGEQPAMSAN IQVDERRTPQ RVREAVQEML KYGLLEESHK PNLYRSALTN IEVVDRILE PLDLAMGVDE VRGLVFVTVR QGEVAEQDDW SHPLVRRQRL NLEQSLLIAI LRQHFIAYEQ ESGTGASQAL V AVDELIPQ ...文字列: MAGIFDRIAG ASGADETELT AEPMALDDGM DGEQPAMSAN IQVDERRTPQ RVREAVQEML KYGLLEESHK PNLYRSALTN IEVVDRILE PLDLAMGVDE VRGLVFVTVR QGEVAEQDDW SHPLVRRQRL NLEQSLLIAI LRQHFIAYEQ ESGTGASQAL V AVDELIPQ LQVYLGELGS EAKERNRIIT LLDQLKGHGL VSALDAHDRV IIRPIITHLA NPENLQALVV WLREQVEGAV TP AAGGEED EA UniProtKB: DUF4194 domain-containing protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 1.10 mg/mL | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: Prepared using deionized water and filtered sterilized. | ||||||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 54.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 165000 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+
画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
---|---|
得られたモデル | ![]() PDB-8dk1: |