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万見
- EMDB-27461: HMGCR-UBIAD1 Complex Monomer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27461
タイトルHMGCR-UBIAD1 Complex Monomer
マップデータHMGCR-UBIAD1 Complex State 1
試料
  • 複合体: HMGCR-UBIAD1-BRIL-Fab 15B2 complex
    • 複合体: HMGCR-UBIAD1-BRIL-Fab 15B2 complex
      • タンパク質・ペプチド: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
      • タンパク質・ペプチド: UbiA prenyltransferase domain-containing protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562
      • タンパク質・ペプチド: Fab 15B2 Light Chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab 15B2 Heavy Chain
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: Digitonin
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin K biosynthetic process / : / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / coenzyme A binding / negative regulation of amyloid-beta clearance / prenyltransferase activity / coenzyme A metabolic process / menaquinone biosynthetic process / ubiquinone biosynthetic process ...vitamin K biosynthetic process / : / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / coenzyme A binding / negative regulation of amyloid-beta clearance / prenyltransferase activity / coenzyme A metabolic process / menaquinone biosynthetic process / ubiquinone biosynthetic process / isoprenoid biosynthetic process / peroxisomal membrane / cholesterol biosynthetic process / antioxidant activity / negative regulation of protein secretion / NADPH binding / negative regulation of MAP kinase activity / electron transport chain / visual learning / negative regulation of protein catabolic process / membrane => GO:0016020 / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / nucleus
類似検索 - 分子機能
UbiA prenyltransferase domain containing protein 1 / UbiA prenyltransferase family / UbiA prenyltransferase superfamily / UbiA prenyltransferase family / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, metazoan / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, eukaryotic/archaeal type / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, N-terminal / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 2. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 1. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 3. ...UbiA prenyltransferase domain containing protein 1 / UbiA prenyltransferase family / UbiA prenyltransferase superfamily / UbiA prenyltransferase family / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, metazoan / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, eukaryotic/archaeal type / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, N-terminal / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 2. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 1. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 3. / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, catalytic domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, conserved site / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductase / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases family profile. / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562
類似検索 - ドメイン・相同性
UbiA prenyltransferase domain-containing protein 1 / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) / Escherichia coli (大腸菌) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Chen H / Qi X / Li X
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
Welch Foundation 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Regulated degradation of HMG CoA reductase requires conformational changes in sterol-sensing domain.
著者: Hongwen Chen / Xiaofeng Qi / Rebecca A Faulkner / Marc M Schumacher / Linda M Donnelly / Russell A DeBose-Boyd / Xiaochun Li /
要旨: 3-Hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase (HMGCR) is the rate-limiting enzyme in cholesterol synthesis and target of cholesterol-lowering statin drugs. Accumulation of sterols in endoplasmic ...3-Hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase (HMGCR) is the rate-limiting enzyme in cholesterol synthesis and target of cholesterol-lowering statin drugs. Accumulation of sterols in endoplasmic reticulum (ER) membranes accelerates degradation of HMGCR, slowing the synthesis of cholesterol. Degradation of HMGCR is inhibited by its binding to UBIAD1 (UbiA prenyltransferase domain-containing protein-1). This inhibition contributes to statin-induced accumulation of HMGCR, which limits their cholesterol-lowering effects. Here, we report cryo-electron microscopy structures of the HMGCR-UBIAD1 complex, which is maintained by interactions between transmembrane helix (TM) 7 of HMGCR and TMs 2-4 of UBIAD1. Disrupting this interface by mutagenesis prevents complex formation, enhancing HMGCR degradation. TMs 2-6 of HMGCR contain a 170-amino acid sterol sensing domain (SSD), which exists in two conformations-one of which is essential for degradation. Thus, our data supports a model that rearrangement of the TMs in the SSD permits recruitment of proteins that initate HMGCR degradation, a key reaction in the regulatory system that governs cholesterol synthesis.
履歴
登録2022年7月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月3日-
マップ公開2022年8月3日-
更新2022年8月3日-
現状2022年8月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27461.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27461.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈HMGCR-UBIAD1 Complex State 1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.842 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.395
最小 - 最大-3.071846 - 5.4109974
平均 (標準偏差)0.0016027029 (±0.08144546)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 269.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_27461_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_27461_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HMGCR-UBIAD1-BRIL-Fab 15B2 complex

全体名称: HMGCR-UBIAD1-BRIL-Fab 15B2 complex
要素
  • 複合体: HMGCR-UBIAD1-BRIL-Fab 15B2 complex
    • 複合体: HMGCR-UBIAD1-BRIL-Fab 15B2 complex
      • タンパク質・ペプチド: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
      • タンパク質・ペプチド: UbiA prenyltransferase domain-containing protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562
      • タンパク質・ペプチド: Fab 15B2 Light Chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab 15B2 Heavy Chain
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: Digitonin

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超分子 #1: HMGCR-UBIAD1-BRIL-Fab 15B2 complex

超分子名称: HMGCR-UBIAD1-BRIL-Fab 15B2 complex / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5

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超分子 #2: HMGCR-UBIAD1-BRIL-Fab 15B2 complex

超分子名称: HMGCR-UBIAD1-BRIL-Fab 15B2 complex / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase

分子名称: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)
由来(天然)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
分子量理論値: 41.215859 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKL SRLFRMHGLF VASHPWEVIV GTVTLTICMM SMNMFTGNNK ICGWNYECPK FEEDVLSSDI IILTITRCIA ILYIYFQFQ NLRQLGSRYI LGIAGLFTIF SSFVFSTVVI HFLDKELTGL NEALPFFLLL IDLSRASALA KFALSSNSQD E VRENIARG ...文字列:
MDYKDDDDKL SRLFRMHGLF VASHPWEVIV GTVTLTICMM SMNMFTGNNK ICGWNYECPK FEEDVLSSDI IILTITRCIA ILYIYFQFQ NLRQLGSRYI LGIAGLFTIF SSFVFSTVVI HFLDKELTGL NEALPFFLLL IDLSRASALA KFALSSNSQD E VRENIARG MAILGPTFTL DALVECLVIG VGTMSGVRQL EIMCCFGCMS VLANYFVFMT FFPACVSLVL ELSRESREGR PI WQLSHFA RVLEEEENRP NPVTQRVKMI MSLGLVLVHA HSRWIADPSP QNSTTEHSKV SLGLDEDVSK RIEPSVSLWQ FYL SKMISM DIEQVVTLSL AFLLAVKYIF FEQAETESTL SLKNPITS

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分子 #2: UbiA prenyltransferase domain-containing protein 1

分子名称: UbiA prenyltransferase domain-containing protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
分子量理論値: 32.780508 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASSWRQKCA SYVLALRPWS FSASLTPVAL GSALAYRSQG VLDPRLLVGC AVAVLAVHGA GNLVSTYYDF SKGIDHKKSD DRTLVDRIL EPQDVVRFGV FLYTLGCVCA ACLYYLSTLK LEHLALIYFG GLSGSFLYTG GIGFKYVALG DLIILITFGP L AVMFAYAV ...文字列:
MASSWRQKCA SYVLALRPWS FSASLTPVAL GSALAYRSQG VLDPRLLVGC AVAVLAVHGA GNLVSTYYDF SKGIDHKKSD DRTLVDRIL EPQDVVRFGV FLYTLGCVCA ACLYYLSTLK LEHLALIYFG GLSGSFLYTG GIGFKYVALG DLIILITFGP L AVMFAYAV QVGSLAIFPL VYAIPLALST EAILHSNNTR DMESDQEAGI VTLAILIGPT FSYVLYNTLL FLPYLIFSIL AT HCSISLA LPLLTIPMAF SLERQFRSQA FNKLPQRTAK LNLLLGLFYV FGIILAPAGS LPRL

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分子 #3: Soluble cytochrome b562

分子名称: Soluble cytochrome b562 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 13.470236 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
ARRLALEDNW ETLNDNLKVI EKADNAAQVK DALTKMRAAA LDAQKATPPK LEDKSPDSPE MKDFRHGFDI LVGQIDDALK LANEGKVKE AQAAAEQLKT TRNAYIQKYL ERARSTLQKE V

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分子 #4: Fab 15B2 Light Chain

分子名称: Fab 15B2 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.373771 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DILLTQSPAI LSVSPGERVS FSCRASQSIG TSIHWYQQRT NGSPRLVIKY ASESISGIPS RFSGSGSGTD FTLSINSVES EDIADYYCQ QSNSWPYTFG GGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DILLTQSPAI LSVSPGERVS FSCRASQSIG TSIHWYQQRT NGSPRLVIKY ASESISGIPS RFSGSGSGTD FTLSINSVES EDIADYYCQ QSNSWPYTFG GGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #5: Fab 15B2 Heavy Chain

分子名称: Fab 15B2 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.175154 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLQQSGPE LVKPGASVKM SCKASGYSFT GYFMNWVKQS HGKSLEWIGR INPYNGDTFY NQKFKGKATL TVDKSSRTAH MELRSLTSA DSALYFCVRR GEDYGSSYNY WGQGTTVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列:
EVQLQQSGPE LVKPGASVKM SCKASGYSFT GYFMNWVKQS HGKSLEWIGR INPYNGDTFY NQKFKGKATL TVDKSSRTAH MELRSLTSA DSALYFCVRR GEDYGSSYNY WGQGTTVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKRV EPKSCDKTHH HHHH

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分子 #6: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 6 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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分子 #7: Digitonin

分子名称: Digitonin / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: AJP
分子量理論値: 1.229312 KDa
Chemical component information

ChemComp-AJP:
Digitonin / ジギトニン / 可溶化剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 8.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 215396
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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