+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27391 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Asymmetric Unit of Western Equine Encephalitis Virus | |||||||||
マップデータ | Asymmetric unit of western equine encephalitis virus | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Western Equine Encephalitis virus / Virus-Like Particle / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Pletnev S / Verardi R / Roedeger M / Kwong P | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2023 タイトル: Vaccine elicitation and structural basis for antibody protection against alphaviruses. 著者: Matthew S Sutton / Sergei Pletnev / Victoria Callahan / Sungyoul Ko / Yaroslav Tsybovsky / Tatsiana Bylund / Ryan G Casner / Gabriele Cerutti / Christina L Gardner / Veronica Guirguis / ...著者: Matthew S Sutton / Sergei Pletnev / Victoria Callahan / Sungyoul Ko / Yaroslav Tsybovsky / Tatsiana Bylund / Ryan G Casner / Gabriele Cerutti / Christina L Gardner / Veronica Guirguis / Raffaello Verardi / Baoshan Zhang / David Ambrozak / Margaret Beddall / Hong Lei / Eun Sung Yang / Tracy Liu / Amy R Henry / Reda Rawi / Arne Schön / Chaim A Schramm / Chen-Hsiang Shen / Wei Shi / Tyler Stephens / Yongping Yang / Maria Burgos Florez / Julie E Ledgerwood / Crystal W Burke / Lawrence Shapiro / Julie M Fox / Peter D Kwong / Mario Roederer / 要旨: Alphaviruses are RNA viruses that represent emerging public health threats. To identify protective antibodies, we immunized macaques with a mixture of western, eastern, and Venezuelan equine ...Alphaviruses are RNA viruses that represent emerging public health threats. To identify protective antibodies, we immunized macaques with a mixture of western, eastern, and Venezuelan equine encephalitis virus-like particles (VLPs), a regimen that protects against aerosol challenge with all three viruses. Single- and triple-virus-specific antibodies were isolated, and we identified 21 unique binding groups. Cryo-EM structures revealed that broad VLP binding inversely correlated with sequence and conformational variability. One triple-specific antibody, SKT05, bound proximal to the fusion peptide and neutralized all three Env-pseudotyped encephalitic alphaviruses by using different symmetry elements for recognition across VLPs. Neutralization in other assays (e.g., chimeric Sindbis virus) yielded variable results. SKT05 bound backbone atoms of sequence-diverse residues, enabling broad recognition despite sequence variability; accordingly, SKT05 protected mice against Venezuelan equine encephalitis virus, chikungunya virus, and Ross River virus challenges. Thus, a single vaccine-elicited antibody can protect in vivo against a broad range of alphaviruses. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27391.map.gz | 941 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-27391-v30.xml emd-27391.xml | 19.7 KB 19.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_27391_fsc.xml | 22.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_27391.png | 70.8 KB | ||
マスクデータ | emd_27391_msk_1.map | 1000 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-27391.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_27391_half_map_1.map.gz emd_27391_half_map_2.map.gz | 926.9 MB 927 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27391 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27391 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27391_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_27391_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27391_validation.xml.gz | 30.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27391_validation.cif.gz | 39.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27391 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27391 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8deeMC 8decC 8dedC 8defC 8deqC 8derC 8dulC 8dunC 8dwoC 8eeuC 8eevC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27391.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Asymmetric unit of western equine encephalitis virus | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.245 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_27391_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Asymmetric unit of western equine encephalitis virus
ファイル | emd_27391_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Asymmetric unit of western equine encephalitis virus | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Asymmetric unit of western equine encephalitis virus
ファイル | emd_27391_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Asymmetric unit of western equine encephalitis virus | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Western equine encephalitis virus
全体 | 名称: Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Western equine encephalitis virus
超分子 | 名称: Western equine encephalitis virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 11039 / 生物種: Western equine encephalitis virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes |
---|
-分子 #1: Spike glycoprotein E1
分子 | 名称: Spike glycoprotein E1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス) |
分子量 | 理論値: 47.36882 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: FEHATTVPNV PGIPYKALVE RAGYAPLNLE ITVVSSELTP STNKEYVTCR FHTVIPSPQV KCCGSLECKA SSKADYTCRV FGGVYPFMW GGAQCFCDSE NTQLSEAYVE FAPDCTIDHA VALKVHTAAL KVGLRIVYGN TTAHLDTFVN GVTPGSSRDL K VIAGPISA ...文字列: FEHATTVPNV PGIPYKALVE RAGYAPLNLE ITVVSSELTP STNKEYVTCR FHTVIPSPQV KCCGSLECKA SSKADYTCRV FGGVYPFMW GGAQCFCDSE NTQLSEAYVE FAPDCTIDHA VALKVHTAAL KVGLRIVYGN TTAHLDTFVN GVTPGSSRDL K VIAGPISA AFSPFDHKVV IRKGLVYNYD FPEYGAMKPG AFGDIQASSL DATDIVARTD IRLLKPSVKN IHVPYTQAVS GY EMWKNNS GRPLQETAPF GCKIEVEPLR ASNCAYGHIP ISIDIPDAAF VRSSESPTIL EVSCTVADCI YSADFGGSLT LQY KADREG HCPVHSHSTT AVLKEATTHV TAVGSITLHF STSSPQANFI VSLCGKKTTC NAECKPPADH IIGEPHKVDQ EFQA AVSKT SWNWLLALFG GASSLIVVGL IVLVCSSMLI NTRR UniProtKB: Structural polyprotein |
-分子 #2: Spike glycoprotein E2
分子 | 名称: Spike glycoprotein E2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス) |
分子量 | 理論値: 46.374848 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: SITDDFTLTS PYLGFCPYCR HSAPCFSPIK IENVWDESDD GSIRIQVSAQ FGYNQAGTAD VTKFRYMSFD HDHDIKEDSM DKIAISTSG PCRRLGHKGY FLLAQCPPGD SVTVSITSGA SENSCTVEKK IRRKFVGREE YLFPPVHGKL VKCHVYDHLK E TSAGYITM ...文字列: SITDDFTLTS PYLGFCPYCR HSAPCFSPIK IENVWDESDD GSIRIQVSAQ FGYNQAGTAD VTKFRYMSFD HDHDIKEDSM DKIAISTSG PCRRLGHKGY FLLAQCPPGD SVTVSITSGA SENSCTVEKK IRRKFVGREE YLFPPVHGKL VKCHVYDHLK E TSAGYITM HRPGPHAYKS YLEEASGEVY IKPPSGKNVT YECKCGDYST GIVSTRTKMN GCTKAKQCIA YKSDQTKWVF NS PDLIRHT DHSVQGKLHI PFRLTPTVCP VPLAHTPTVT KWFKGITLHL TATRPTLLTT RKLGLRADAT AEWITGTTSR NFS VGREGL EYVWGNHEPV RVWAQESAPG DPHGWPHEII IHYYHRHPVY TVIVLCGVAL AILVGTASSA ACIAKARRDC LTPY ALAPN ATVPTALAVL CCI UniProtKB: Structural polyprotein |
-分子 #3: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: togavirin |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス) |
分子量 | 理論値: 29.11473 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFPYPQLNFP PVYPTNPMAY RDPNPPRCRW RPFRPPLAAQ IEDLRRSIAN LTFKQRSPNP PPGPPPKKKK SAPKPKPTQP KKKKQQAKK TKRKPKPGKR QRMCMKLESD KTFPIMLNGQ VNGYACVVGG RLMKPLHVEG KIDNEQLAAV KLKKASMYDL E YGDVPQNM ...文字列: MFPYPQLNFP PVYPTNPMAY RDPNPPRCRW RPFRPPLAAQ IEDLRRSIAN LTFKQRSPNP PPGPPPKKKK SAPKPKPTQP KKKKQQAKK TKRKPKPGKR QRMCMKLESD KTFPIMLNGQ VNGYACVVGG RLMKPLHVEG KIDNEQLAAV KLKKASMYDL E YGDVPQNM KSDTLQYTSD KPPGFYNWHH GAVQYENGRF TVPRGVGGKG DSGRPILDNR GRVVAIVLGG ANEGTRTALS VV TWNQKGV TIKDTPEGSE PW UniProtKB: Structural polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 2937 / 平均電子線量: 43.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
---|---|
得られたモデル | PDB-8dee: |