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- EMDB-27343: cryo-EM structure of TRPM3 ion channel in the presence of PIP2, state4 -
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | cryo-EM structure of TRPM3 ion channel in the presence of PIP2, state4 | |||||||||
![]() | sharpened map with a B-factor of 85.2 | |||||||||
![]() |
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![]() | TRPM3 / ion channel / PIP2 / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() metal ion transport / monoatomic cation transmembrane transport / monoatomic cation transport / monoatomic cation channel activity / protein tetramerization / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
![]() | Zhao C / MacKinnon R | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and functional analyses of a GPCR-inhibited ion channel TRPM3. 著者: Chen Zhao / Roderick MacKinnon / ![]() 要旨: G-protein coupled receptors (GPCRs) govern the physiological response to stimuli by modulating the activity of downstream effectors, including ion channels. TRPM3 is an ion channel inhibited by GPCRs ...G-protein coupled receptors (GPCRs) govern the physiological response to stimuli by modulating the activity of downstream effectors, including ion channels. TRPM3 is an ion channel inhibited by GPCRs through direct interaction with G protein (Gβγ) released upon their activation. This GPCR-TRPM3 signaling pathway contributes to the analgesic effect of morphine. Here, we characterized Gβγ inhibition of TRPM3 using electrophysiology and single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). From electrophysiology, we obtained a half inhibition constant (IC50) of ∼240 nM. Using cryo-EM, we determined structures of mouse TRPM3 expressed in human cells with and without Gβγ and with and without PIP, a lipid required for TRPM3 activity, at resolutions of 2.7-4.7 Å. Gβγ-TRPM3 interfaces vary depending on PIP occupancy; however, in all cases, Gβγ appears loosely attached to TRPM3. The IC50 in electrophysiology experiments raises the possibility that additional unknown factors may stabilize the TRPM3-Gβγ complex. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 203.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.7 KB 16.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 169.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 199.6 MB 199.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ddvMC ![]() 8ddqC ![]() 8ddrC ![]() 8ddsC ![]() 8ddtC ![]() 8dduC ![]() 8ddwC ![]() 8ddxC ![]() 8ed7C ![]() 8ed8C ![]() 8ed9C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map with a B-factor of 85.2 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_27343_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_27343_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : TRPM3
全体 | 名称: TRPM3 |
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要素 |
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-超分子 #1: TRPM3
超分子 | 名称: TRPM3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 3
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 3 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 157.681734 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: GKKWRDAGEL ERGCSDREDS AESRRRSRSA SRGRFAESWK RLSSKQGSTK RSGLPAQQTP AQKSWIERAF YKRECVHIIP STKDPHRCC CGRLIGQHVG LTPSISVLQN EKNESRLSRN DIQSEKWSIS KHTQLSPTDA FGTIEFQGGG HSNKAMYVRV S FDTKPDLL ...文字列: GKKWRDAGEL ERGCSDREDS AESRRRSRSA SRGRFAESWK RLSSKQGSTK RSGLPAQQTP AQKSWIERAF YKRECVHIIP STKDPHRCC CGRLIGQHVG LTPSISVLQN EKNESRLSRN DIQSEKWSIS KHTQLSPTDA FGTIEFQGGG HSNKAMYVRV S FDTKPDLL LHLMTKEWQL ELPKLLISVH GGLQNFELQP KLKQVFGKGL IKAAMTTGAW IFTGGVNTGV IRHVGDALKD HA SKSRGKI CTIGIAPWGI VENQEDLIGR DVVRPYQTMS NPMSKLTVLN SMHSHFILAD NGTTGKYGAE VKLRRQLEKH ISL QKINTR IGQGVPVVAL IVEGGPNVIS IVLEYLRDTP PVPVVVCDGS GRASDILAFG HKYSEEGGLI NESLRDQLLV TIQK TFTYT RTQAQHLFII LMECMKKKEL ITVFRMGSEG HQDIDLAILT ALLKGANASA PDQLSLALAW NRVDIARSQI FIYGQ QWPV GSLEQAMLDA LVLDRVDFVK LLIENGVSMH RFLTISRLEE LYNTRHGPSN TLYHLVRDVK KGNLPPDYRI SLIDIG LVI EYLMGGAYRC NYTRKRFRTL YHNLFGPKRP KALKLLGMED DIPLRRGRKT TKKREEEVDI DLDDPEINHF PFPFHEL MV WAVLMKRQKM ALFFWQHGEE AMAKALVACK LCKAMAHEAS ENDMVDDISQ ELNHNSRDFG QLAVELLDQS YKQDEQLA M KLLTYELKNW SNATCLQLAV AAKHRDFIAH TCSQMLLTDM WMGRLRMRKN SGLKVILGIL LPPSILSLEF KNKDDMPYM TQAQEIHLQE KEPEEPEKPT KEKDEEDMEL TAMLGRSNGE SSRKKDEEEV QSRHRLIPVG RKIYEFYNAP IVKFWFYTLA YIGYLMLFN YIVLVKMERW PSTQEWIVIS YIFTLGIEKM REILMSEPGK LLQKVKVWLQ EYWNVTDLIA ILLFSVGMIL R LQDQPFRS DGRVIYCVNI IYWYIRLLDI FGVNKYLGPY VMMIGKMMID MMYFVIIMLV VLMSFGVARQ AILFPNEEPS WK LAKNIFY MPYWMIYGEV FADQIDPPCG QNETREDGKT IQLPPCKTGA WIVPAIMACY LLVANILLVN LLIAVFNNTF FEV KSISNQ VWKFQRYQLI MTFHERPVLP PPLIIFSHMT MIFQHVCCRW RKHESDQDER DYGLKLFITD DELKKVHDFE EQCI EEYFR EKDDRFNSSN DERIRVTSER VENMSMRLEE VNEREHSMKA SLQTVDIRLA QLEDLIGRMA TALERLTGLE RAESN KIRS RTSSDCTDAA YIVRQSSFNS QEGNTFKLQE SIDPAGEETI SPTSPTLMPR MRSHSFYSVN VKDKGGIEKL ESIFKE RSL SLHRATS UniProtKB: Transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 3 |
-分子 #2: Unidentified segment at the N-terminus of TRPM3
分子 | 名称: Unidentified segment at the N-terminus of TRPM3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: a segment at the N-terminus of TRPM3 whose sequence cannot be identified from the cryo-EM density コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 1.464797 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) |
-分子 #3: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
分子 | 名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: 3PH |
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分子量 | 理論値: 704.998 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-3PH: |
-分子 #4: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]sp...
分子 | 名称: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: 9Z9 |
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分子量 | 理論値: 544.805 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-9Z9: |
-分子 #5: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(o...
分子 | 名称: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: PIO |
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分子量 | 理論値: 746.566 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PIO: |
-分子 #6: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 51.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |