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- EMDB-27186: Beta-Arf1 homodimeric interface within AP-1 lattice on narrow mem... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27186
タイトルBeta-Arf1 homodimeric interface within AP-1 lattice on narrow membrane tubes
マップデータ
試料
  • 複合体: Assembly of AP-1, Arf1 and Nef complexes on narrow membrane tubes
    • 複合体: AP-1 heterotetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


basolateral protein secretion / synaptic vesicle budding from endosome / Lysosome Vesicle Biogenesis / positive regulation of natural killer cell degranulation / AP-1 adaptor complex / endosome to melanosome transport / mitotic cleavage furrow ingression / trans-Golgi Network Vesicle Budding / protein trimerization / platelet dense granule organization ...basolateral protein secretion / synaptic vesicle budding from endosome / Lysosome Vesicle Biogenesis / positive regulation of natural killer cell degranulation / AP-1 adaptor complex / endosome to melanosome transport / mitotic cleavage furrow ingression / trans-Golgi Network Vesicle Budding / protein trimerization / platelet dense granule organization / negative regulation of glycoprotein biosynthetic process / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / melanosome assembly / Glycosphingolipid transport / regulation of receptor internalization / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / Golgi to lysosome transport / Intra-Golgi traffic / Golgi to vacuole transport / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / symbiont-mediated suppression of host autophagy / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / clathrin-cargo adaptor activity / melanosome organization / GTP-dependent protein binding / MHC class II antigen presentation / thioesterase binding / Nef Mediated CD4 Down-regulation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / CD4 receptor binding / dendritic spine organization / determination of left/right symmetry / clathrin-coated vesicle / long-term synaptic depression / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Lysosome Vesicle Biogenesis / clathrin binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / CD8 receptor binding / cell leading edge / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / host cell Golgi membrane / endoplasmic reticulum exit site / MHC class I protein binding / TAP binding / intracellular copper ion homeostasis / detection of bacterium / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / kinesin binding / synaptic vesicle endocytosis / protein targeting / COPI-mediated anterograde transport / collagen binding / viral life cycle / T cell receptor binding / vesicle-mediated transport / regulation of calcium-mediated signaling / Neutrophil degranulation / clathrin-coated pit / MHC class II antigen presentation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cytoplasmic vesicle membrane / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / trans-Golgi network membrane / small monomeric GTPase / Endosomal/Vacuolar pathway / sarcomere / T cell mediated cytotoxicity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / kidney development / trans-Golgi network / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / MHC class I peptide loading complex / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / intracellular protein transport / MHC class I protein complex / cellular response to virus / SH3 domain binding / recycling endosome / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / virion component / peptide antigen binding / phagocytic vesicle membrane
類似検索 - 分子機能
AP-1 complex subunit sigma / Adaptor protein complex AP-1, gamma subunit / Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Gamma-adaptin ear (GAE) domain profile. / HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / Clathrin adaptor, beta-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain ...AP-1 complex subunit sigma / Adaptor protein complex AP-1, gamma subunit / Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Gamma-adaptin ear (GAE) domain profile. / HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / Clathrin adaptor, beta-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / AP-1/2/4 complex subunit beta / Adaptor protein complex, sigma subunit / ADP-ribosylation factor 1-5 / : / Beta-adaptin appendage, C-terminal subdomain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / Clathrin adaptor complex, small chain / Clathrin adaptor complexes small chain signature. / AP complex subunit beta / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / : / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / AP complex, mu/sigma subunit / Adaptor complexes medium subunit family / Clathrin adaptor complex small chain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Adaptin N terminal region / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / Small GTPase superfamily, ARF type / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Small GTPase Arf domain profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / Longin-like domain superfamily / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / TBP domain superfamily / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Rab subfamily of small GTPases / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Armadillo-type fold / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / AP-1 complex subunit gamma-1 / AP-1 complex subunit mu-1 / ADP-ribosylation factor 1 / AP-1 complex subunit beta-1 / Protein Nef / AP-1 complex subunit sigma-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.3 Å
データ登録者Hooy RM / Hurley JH
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)F32 AI152971 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI120691 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P50 AI150476 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Self-assembly and structure of a clathrin-independent AP-1:Arf1 tubular membrane coat.
著者: Richard M Hooy / Yuichiro Iwamoto / Dan A Tudorica / Xuefeng Ren / James H Hurley /
要旨: The adaptor protein (AP) complexes not only form the inner layer of clathrin coats but also have clathrin-independent roles in membrane traffic whose mechanisms are unknown. HIV-1 Nef hijacks AP-1 to ...The adaptor protein (AP) complexes not only form the inner layer of clathrin coats but also have clathrin-independent roles in membrane traffic whose mechanisms are unknown. HIV-1 Nef hijacks AP-1 to sequester major histocompatibility complex class I (MHC-I), evading immune detection. We found that AP-1:Arf1:Nef:MHC-I forms a coat on tubulated membranes without clathrin and determined its structure. The coat assembles via Arf1 dimer interfaces. AP-1-positive tubules are enriched in cells upon clathrin knockdown. Nef localizes preferentially to AP-1 tubules in cells, explaining how Nef sequesters MHC-I. Coat contact residues are conserved across Arf isoforms and the Arf-dependent AP complexes AP-1, AP-3, and AP-4. Thus, AP complexes can self-assemble with Arf1 into tubular coats without clathrin or other scaffolding factors. The AP-1:Arf1 coat defines the structural basis of a broader class of tubulovesicular membrane coats as an intermediate in clathrin vesicle formation from internal membranes and as an MHC-I sequestration mechanism in HIV-1 infection.
履歴
登録2022年6月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月9日-
マップ公開2022年11月9日-
更新2022年11月9日-
現状2022年11月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27186.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27186.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.1 Å/pix.
x 128 pix.
= 268.8 Å		2.1 Å/pix.
x 128 pix.
= 268.8 Å		2.1 Å/pix.
x 128 pix.
= 268.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.0
最小 - 最大-17.360859 - 28.53338
平均 (標準偏差)0.050298125 (±1.7332228)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 268.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_27186_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27186_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27186_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Assembly of AP-1, Arf1 and Nef complexes on narrow membrane tubes

全体名称: Assembly of AP-1, Arf1 and Nef complexes on narrow membrane tubes
要素
  • 複合体: Assembly of AP-1, Arf1 and Nef complexes on narrow membrane tubes
    • 複合体: AP-1 heterotetramer

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超分子 #1: Assembly of AP-1, Arf1 and Nef complexes on narrow membrane tubes

超分子名称: Assembly of AP-1, Arf1 and Nef complexes on narrow membrane tubes
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
詳細: Subtomogram average of beta-Arf1 homodimeric interface within AP-1 lattice on narrow membrane tubes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: AP-1 heterotetramer

超分子名称: AP-1 heterotetramer / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5, #7-#8
詳細: All four subunits are co-expressed from the same plasmid. Assembly occurs in situ during expression.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
125.0 mMpotassium acetateKOAc
2.0 mMmagnesium chloride
1.0 mMDTT

詳細: HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - Film thickness: 50.0 nm
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 25 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
詳細: Tilt images were collected in movie-mode. Each movie/tilt consisted of 3-4 frames each
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The images were gain-normalized
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
詳細: Subtomograms were subboxed from subtomograms containing multiple AP-1 dimeric assemblies of the lattice
使用したサブトモグラム数: 8174
抽出トモグラム数: 38 / 使用した粒子像数: 43110 / 参照モデル: Reference-free / ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 1.1532)
詳細: Tubes were annotated by tracing the center of the tube in Dynamo and recording the average apparent diameter. Initial subtomogram positions were picked using uniform radial and axially sampling.
CTF補正ソフトウェア - 名称: NOVACTF
詳細: CTF was estimated on a per-tilt basis in IMOD (4.11) using CTFPLOTTER. The results were used as input to NOVACTF during 3DCTF correction.
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8d9w:
beta-Arf1 homodimeric interface within AP-1, Arf1, Nef, MHC-I lattice on narrow tubes

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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