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万見
- EMDB-27056: Structures of Zika Virus in Complex with Antibodies Targeting E D... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27056
タイトルStructures of Zika Virus in Complex with Antibodies Targeting E Dimer Epitopes and Basis for Neutralization Efficacy
マップデータ
試料
  • ウイルス: Zika virus (ジカ熱ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Ankyrin repeat family A protein 2,Envelope E protein
    • タンパク質・ペプチド: Membrane M protein
    • タンパク質・ペプチド: C10 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: C10 light chain
キーワードZIKV / scFv antibody / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


low-density lipoprotein particle receptor binding / regulation of protein-containing complex assembly / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / histone deacetylase binding / double-stranded RNA binding / viral capsid / regulation of gene expression / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity ...low-density lipoprotein particle receptor binding / regulation of protein-containing complex assembly / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / histone deacetylase binding / double-stranded RNA binding / viral capsid / regulation of gene expression / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / cytoskeleton / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / ubiquitin protein ligase binding / host cell nucleus / virion attachment to host cell / protein kinase binding / structural molecule activity / virion membrane / protein-containing complex / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / mRNA cap 0/1 methyltransferase / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / mRNA cap 0/1 methyltransferase / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / : / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Ankyrin repeat / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Ankyrin repeat family A protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus (ジカ熱ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Liu W / Zhang XK / Gong DY / Dai XH / Sharma A / Zhang TH / Rey F / Zhou ZH
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE028583, DE025567 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1S10RR23057, 1S10OD018111, and 1U24GM116792 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 and DMR-1548924 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures of Zika Virus in Complex with Antibodies Targeting E Dimer Epitopes and Basis for Neutralization Efficacy
著者: Liu W / Zhang XK / Gong DY / Dai XH / Sharma A / Zhang TH / Rey F / Zhou ZH
履歴
登録2022年5月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月7日-
マップ公開2023年6月7日-
更新2023年6月7日-
現状2023年6月7日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27056.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27056.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.06 Å/pix.
x 250 pix.
= 265. Å		1.06 Å/pix.
x 250 pix.
= 265. Å		1.06 Å/pix.
x 250 pix.
= 265. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.5
最小 - 最大-12.363201 - 22.275143
平均 (標準偏差)-0.000000000003098 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 265.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_27056_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27056_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27056_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Zika virus

全体名称: Zika virus (ジカ熱ウイルス)
要素
  • ウイルス: Zika virus (ジカ熱ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Ankyrin repeat family A protein 2,Envelope E protein
    • タンパク質・ペプチド: Membrane M protein
    • タンパク質・ペプチド: C10 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: C10 light chain

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超分子 #1: Zika virus

超分子名称: Zika virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 64320 / 生物種: Zika virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Ankyrin repeat family A protein 2,Envelope E protein

分子名称: Ankyrin repeat family A protein 2,Envelope E protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス)
分子量理論値: 69.32682 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDTSTNLDIG AQLIVEECPS TYSLTGMPDI KIEHPLDPNS EEGSAQGVAM GMKFILPNRF DMNVCSRFVK SLNEEDSKNI QDQVNSDLE VASVLFKAEC NIHTSPSPGI QVRHVYTPST TKHFSPIKQS TTLTNKIRCI GVSNRDFVEG MSGGTWVDVV L EHGGCVTV ...文字列:
MDTSTNLDIG AQLIVEECPS TYSLTGMPDI KIEHPLDPNS EEGSAQGVAM GMKFILPNRF DMNVCSRFVK SLNEEDSKNI QDQVNSDLE VASVLFKAEC NIHTSPSPGI QVRHVYTPST TKHFSPIKQS TTLTNKIRCI GVSNRDFVEG MSGGTWVDVV L EHGGCVTV MAQDKPTVDI ELVTTTVSNM AEVRSYCYEA SISDMASDSR CPTQGEAYLD KQSDTQYVCK RTLVDRGWGN GC GLFGKGS LVTCAKFACS KKMTGKSIQP ENLEYRIMLS VHGSQHSGMI VNDTGHETDE NRAKVEITPN SPRAEATLGG FGS LGLDCE PRTGLDFSDL YYLTMNNKHW LVHKEWFHDI PLPWHAGADT GTPHWNNKEA LVEFKDAHAK RQTVVVLGSQ EGAV HTALA GALEAEMDGA KGRLSSGHLK CRLKMDKLRL KGVSYSLCTA AFTFTKIPAE TLHGTVTVEV QYAGTDGPCK VPAQM AVDM QTLTPVGRLI TANPVITEST ENSKMMLELD PPFGDSYIVI GVGEKKITHH WHRSGSTIGK AFEATVRGAK RMAVLG DTA WDFGSVGGAL NSLGKGIHQI FGAAFKSLFG GMSWFSQILI GTLLMWLGLN TKNGSISLMC LALGGVLIFL STAVSA

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分子 #2: Membrane M protein

分子名称: Membrane M protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Model includes only small envelope protein M UNP residues 216-290
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス)
分子量理論値: 379.600719 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKNPKKKSGG FRIVNMLKRG VARVSPFGGL KRLPAGLLLG HGPIRMVLAI LAFLRFTAIK PSLGLINRWG SVGKKEAMEI IKKFKKDLA AMLRIINARK EKKRRGADTS VGIVGLLLTT AMAAEVTRRG SAYYMYLDRN DAGEAISFPT TLGMNKCYIQ I MDLGHMCD ...文字列:
MKNPKKKSGG FRIVNMLKRG VARVSPFGGL KRLPAGLLLG HGPIRMVLAI LAFLRFTAIK PSLGLINRWG SVGKKEAMEI IKKFKKDLA AMLRIINARK EKKRRGADTS VGIVGLLLTT AMAAEVTRRG SAYYMYLDRN DAGEAISFPT TLGMNKCYIQ I MDLGHMCD ATMSYECPML DEGVEPDDVD CWCNTTSTWV VYGTCHHKKG EARRSRRAVT LPSHSTRKLQ TRSQTWLESR EY TKHLIRV ENWIFRNPGF ALAAAAIAWL LGSSTSQKVI YLVMILLIAP AYSIRCIGVS NRDFVEGMSG GTWVDVVLEH GGC VTVMAQ DKPTVDIELV TTTVSNMAEV RSYCYEASIS DMASDSRCPT QGEAYLDKQS DTQYVCKRTL VDRGWGNGCG LFGK GSLVT CAKFACSKKM TGKSIQPENL EYRIMLSVHG SQHSGMIVND TGHETDENRA KVEITPNSPR AEATLGGFGS LGLDC EPRT GLDFSDLYYL TMNNKHWLVH KEWFHDIPLP WHAGADTGTP HWNNKEALVE FKDAHAKRQT VVVLGSQEGA VHTALA GAL EAEMDGAKGR LSSGHLKCRL KMDKLRLKGV SYSLCTAAFT FTKIPAETLH GTVTVEVQYA GTDGPCKVPA QMAVDMQ TL TPVGRLITAN PVITESTENS KMMLELDPPF GDSYIVIGVG EKKITHHWHR SGSTIGKAFE ATVRGAKRMA VLGDTAWD F GSVGGALNSL GKGIHQIFGA AFKSLFGGMS WFSQILIGTL LMWLGLNTKN GSISLMCLAL GGVLIFLSTA VSADVGCSV DFSKKETRCG TGVFVYNDVE AWRDRYKYHP DSPRRLAAAV KQAWEDGICG ISSVSRMENI MWRSVEGELN AILEENGVQL TVVVGSVKN PMWRGPQRLP VPVNELPHGW KAWGKSYFVR AAKTNNSFVV DGDTLKECPL KHRAWNSFLV EDHGFGVFHT S VWLKVRED YSLECDPAVI GTAVKGKEAV HSDLGYWIES EKNDTWRLKR AHLIEMKTCE WPKSHTLWTD GIEESDLIIP KS LAGPLSH HNTREGYRTQ MKGPWHSEEL EIRFEECPGT KVHVEETCGT RGPSLRSTTA SGRVIEEWCC RECTMPPLSF RAK DGCWYG MEIRPRKEPE SNLVRSMVTA GSTDHMDHFS LGVLVILLMV QEGLKKRMTT KIIISTSMAV LVAMILGGFS MSDL AKLAI LMGATFAEMN TGGDVAHLAL IAAFKVRPAL LVSFIFRANW TPRESMLLAL ASCLLQTAIS ALEGDLMVLI NGFAL AWLA IRAMVVPRTD NITLAILAAL TPLARGTLLV AWRAGLATCG GFMLLSLKGK GSVKKNLPFV MALGLTAVRL VDPINV VGL LLLTRSGKRS WPPSEVLTAV GLICALAGGF AKADIEMAGP MAAVGLLIVS YVVSGKSVDM YIERAGDITW EKDAEVT GN SPRLDVALDE SGDFSLVEDD GPPMREIILK VVLMTICGMN PIAIPFAAGA WYVYVKTGKR SGALWDVPAP KEVKKGET T DGVYRVMTRR LLGSTQVGVG VMQEGVFHTM WHVTKGSALR SGEGRLDPYW GDVKQDLVSY CGPWKLDAAW DGHSEVQLL AVPPGERARN IQTLPGIFKT KDGDIGAVAL DYPAGTSGSP ILDKCGRVIG LYGNGVVIKN GSYVSAITQG RREEETPVEC FEPSMLKKK QLTVLDLHPG AGKTRRVLPE IVREAIKTRL RTVILAPTRV VAAEMEEALR GLPVRYMTTA VNVTHSGTEI V DLMCHATF TSRLLQPIRV PNYNLYIMDE AHFTDPSSIA ARGYISTRVE MGEAAAIFMT ATPPGTRDAF PDSNSPIMDT EV EVPERAW SSGFDWVTDH SGKTVWFVPS VRNGNEIAAC LTKAGKRVIQ LSRKTFETEF QKTKHQEWDF VVTTDISEMG ANF KADRVI DSRRCLKPVI LDGERVILAG PMPVTHASAA QRRGRIGRNP NKPGDEYLYG GGCAETDEDH AHWLEARMLL DNIY LQDGL IASLYRPEAD KVAAIEGEFK LRTEQRKTFV ELMKRGDLPV WLAYQVASAG ITYTDRRWCF DGTTNNTIME DSVPA EVWT RHGEKRVLKP RWMDARVCSD HAALKSFKEF AAGKRGAAFG VMEALGTLPG HMTERFQEAI DNLAVLMRAE TGSRPY KAA AAQLPETLET IMLLGLLGTV SLGIFFVLMR NKGIGKMGFG MVTLGASAWL MWLSEIEPAR IACVLIVVFL LLVVLIP EP EKQRSPQDNQ MAIIIMVAVG LLGLITANEL GWLERTKSDL SHLMGRREEG ATIGFSMDID LRPASAWAIY AALTTFIT P AVQHAVTTSY NNYSLMAMAT QAGVLFGMGK GMPFYAWDFG VPLLMMGCYS QLTPLTLIVA IILLVAHYMY LIPGLQAAA ARAAQKRTAA GIMKNPVVDG IVVTDIDTMT IDPQVEKKMG QVLLIAVAVS SAILSRTAWG WGEAGALITA ATSTLWEGSP NKYWNSSTA TSLCNIFRGS YLAGASLIYT VTRNAGLVKR RGGGTGETLG EKWKARLNQM SALEFYSYKK SGITEVCREE A RRALKDGV ATGGHAVSRG SAKLRWLVER GYLQPYGKVI DLGCGRGGWS YYAATIRKVQ EVKGYTKGGP GHEEPVLVQS YG WNIVRLK SGVDVFHMAA EPCDTLLCDI GESSSSPEVE EARTLRVLSM VGDWLEKRPG AFCIKVLCPY TSTMMETLER LQR RYGGGL VRVPLSRNST HEMYWVSGAK SNTIKSVSTT SQLLLGRMDG PRRPVKYEED VNLGSGTRAV VSCAEAPNMK IIGN RIERI RSEHAETWFF DENHPYRTWA YHGSYEAPTQ GSASSLINGV VRLLSKPWDV VTGVTGIAMT DTTPYGQQRV FKEKV DTRV PDPQEGTRQV MSMVSSWLWK ELGKHKRPRV CTKEEFINKV RSNAALGAIF EEEKEWKTAV EAVNDPRFWA LVDKER EHH LRGECQSCVY NMMGKREKKQ GEFGKAKGSR AIWYMWLGAR FLEFEALGFL NEDHWMGREN SGGGVEGLGL QRLGYVL EE MSRIPGGRMY ADDTAGWDTR ISRFDLENEA LITNQMEKGH RALALAIIKY TYQNKVVKVL RPAEKGKTVM DIISRQDQ R GSGQVVTYAL NTFTNLVVQL IRNMEAEEVL EMQDLWLLRR SEKVTNWLQS NGWDRLKRMA VSGDDCVVKP IDDRFAHAL RFLNDMGKVR KDTQEWKPST GWDNWEEVPF CSHHFNKLHL KDGRSIVVPC RHQDELIGRA RVSPGAGWSI RETACLAKSY AQMWQLLYF HRRDLRLMAN AICSSVPVDW VPTGRTTWSI HGKGEWMTTE DMLVVWNRVW IEENDHMEDK TLVTKWTDIP Y LGKREDLW CGSLIGHRPR TTWAENIKNT VNMVRRIIGD EEKYMDYLST QVRYLGEEGS TPGVL

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分子 #3: C10 heavy chain

分子名称: C10 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.574136 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVESGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT SYAMHWVRQA PGQRLEWMGW INAGNGNTKY SQKFQDRVTI TRDTSASTAY MELSSLRSE DTAIYYCARD KVDDYGDYWF PTLWYFDYWG QGTLVTVSS

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分子 #4: C10 light chain

分子名称: C10 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.426491 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QSALTQPASV SGSPGQSITI SCTGTSSDVG GFNYVSWFQQ HPGKAPKLML YDVTSRPSGV SSRFSGSKSG NTASLTISGL QAEDEADYY CSSHTSRGTW VFGGGTKLTV L

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 26.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1094250
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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