EMDB-27050: Structures of Zika Virus in Complex with Antibodies Targeting E D...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-27050

タイトル

Structures of Zika Virus in Complex with Antibodies Targeting E Dimer Epitopes and Basis for Neutralization Efficacy

マップデータ

試料

ウイルス: Zika virus (ジカ熱ウイルス)

キーワード

ZIKV (ジカウイルス) / scFv antibody / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex

生物種

Zika virus (ジカ熱ウイルス)

手法

単粒子再構成法 /

クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Liu W / Zhang XK / Gong DY / Dai XH / Sharma A / Zhang TH / Bi GQ / Sun R / Rey F / Zhou ZH

資金援助

米国, 3件

Organization	Grant number	国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)	DE028583, DE025567	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	1S10RR23057, 1S10OD018111, and 1U24GM116792	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	DBI-1338135 and DMR-1548924	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures of Zika Virus in Complex with Antibodies Targeting E Dimer Epitopes and Basis for Neutralization Efficacy
著者: Liu W / Zhang XK / Gong DY / Dai XH / Sharma A / Zhang TH / Bi GQ / Sun R / Rey F / Zhou ZH

履歴

登録	2022年5月20日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2023年6月7日	-
マップ公開	2023年6月7日	-
更新	2023年6月7日	-
現状	2023年6月7日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_27050.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_27050.map.gz	54.7 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-27050-v30.xml emd-27050.xml	12.3 KB 12.3 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_27050.png	54.1 KB
マスクデータ	emd_27050_msk_1.map	59.6 MB		マスクマップ
その他	emd_27050_half_map_1.map.gz emd_27050_half_map_2.map.gz	44.8 MB 44.8 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27050 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27050	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	27049C 27051C 27053C 27054C 27055C 27056C 27057C 27058C 8cxgC 8cxhC 8cxiC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (1)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_27050.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.06 Å

密度

表面レベル	登録者による: 1.5
最小 - 最大	-5.668343 - 11.244277
平均 (標準偏差)	0.000000000006039 (±1.0)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_27050_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_27050_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_27050_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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全体 : Zika virus

全体	名称: Zika virus (ジカ熱ウイルス)
要素	ウイルス: Zika virus (ジカ熱ウイルス)

-
超分子 #1: Zika virus

超分子	名称: Zika virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 64320 / 生物種: Zika virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.4
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 26.0 e/Å²
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: OTHER
初期角度割当	タイプ: PROJECTION MATCHING
最終角度割当	タイプ: OTHER
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 437700

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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