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万見
- EMDB-26989: Extracellular architecture of an engineered canonical Wnt signali... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26989
タイトルExtracellular architecture of an engineered canonical Wnt signaling ternary complex
マップデータdeepEMhancer sharpened
試料
  • 複合体: haXWnt8-mFzd8CRD-hLRP6E1E2
    • 複合体: Frizzled-8
      • タンパク質・ペプチド: Frizzled-8
    • 複合体: Protein Wnt-8
      • タンパク質・ペプチド: Protein Wnt-8
    • 複合体: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
      • タンパク質・ペプチド: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
  • リガンド: PALMITOLEIC ACID
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cardiac cell fate specification / Spemann organizer formation / neural crest cell fate commitment / Wnt signaling pathway involved in somitogenesis / Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Regulation of FZD by ubiquitination / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / Asymmetric localization of PCP proteins / Signaling by RNF43 mutants / neural crest formation ...negative regulation of cardiac cell fate specification / Spemann organizer formation / neural crest cell fate commitment / Wnt signaling pathway involved in somitogenesis / Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Regulation of FZD by ubiquitination / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / Asymmetric localization of PCP proteins / Signaling by RNF43 mutants / neural crest formation / receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / embryonic axis specification / kinase inhibitor activity / toxin transmembrane transporter activity / low-density lipoprotein particle receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / Wnt receptor activity / cellular response to cholesterol / midbrain dopaminergic neuron differentiation / Wnt-protein binding / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / dopaminergic neuron differentiation / frizzled binding / Wnt signalosome / neural crest cell differentiation / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / anterior/posterior axis specification / neuronal dense core vesicle / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / canonical Wnt signaling pathway / coreceptor activity / positive regulation of cell cycle / Regulation of FZD by ubiquitination / TCF dependent signaling in response to WNT / protein localization to plasma membrane / PDZ domain binding / G protein-coupled receptor activity / Wnt signaling pathway / response to peptide hormone / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cell-cell adhesion / early endosome membrane / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / T cell differentiation in thymus / cytoplasmic vesicle / chemical synaptic transmission / angiogenesis / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / positive regulation of protein phosphorylation / membrane raft / signaling receptor binding / neuronal cell body / synapse / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Wnt-8 protein / Protein Wnt-8A/8C / Frizzled 8, cysteine-rich domain / Wnt protein, conserved site / Wnt-1 family signature. / Wnt / Wnt, C-terminal domain / wnt family / found in Wnt-1 / Low density lipoprotein receptor-related protein 5/6 ...Wnt-8 protein / Protein Wnt-8A/8C / Frizzled 8, cysteine-rich domain / Wnt protein, conserved site / Wnt-1 family signature. / Wnt / Wnt, C-terminal domain / wnt family / found in Wnt-1 / Low density lipoprotein receptor-related protein 5/6 / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Low-density lipoprotein receptor-related protein 6 / Protein Wnt-8 / Frizzled-8
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Tsutsumi N / Jude KM / Garcia KC
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R37AI051321 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Ludwig Institute for Cancer Research (LICR) 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Structure of the Wnt-Frizzled-LRP6 initiation complex reveals the basis for coreceptor discrimination.
著者: Naotaka Tsutsumi / Sunhee Hwang / Deepa Waghray / Simon Hansen / Kevin M Jude / Nan Wang / Yi Miao / Caleb R Glassman / Nathanael A Caveney / Claudia Y Janda / Rami N Hannoush / K Christopher Garcia /
要旨: Wnt morphogens are critical for embryonic development and tissue regeneration. Canonical Wnts form ternary receptor complexes composed of tissue-specific Frizzled (Fzd) receptors together with the ...Wnt morphogens are critical for embryonic development and tissue regeneration. Canonical Wnts form ternary receptor complexes composed of tissue-specific Frizzled (Fzd) receptors together with the shared LRP5/6 coreceptors to initiate β-catenin signaling. The cryo-EM structure of a ternary initiation complex of an affinity-matured XWnt8-Frizzled8-LRP6 complex elucidates the basis of coreceptor discrimination by canonical Wnts by means of their N termini and linker domains that engage the LRP6 E1E2 domain funnels. Chimeric Wnts bearing modular linker "grafts" were able to transfer LRP6 domain specificity between different Wnts and enable non-canonical Wnt5a to signal through the canonical pathway. Synthetic peptides comprising the linker domain serve as Wnt-specific antagonists. The structure of the ternary complex provides a topological blueprint for the orientation and proximity of Frizzled and LRP6 within the Wnt cell surface signalosome.
履歴
登録2022年5月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月15日-
マップ公開2023年3月15日-
更新2023年3月22日-
現状2023年3月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26989.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26989.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈deepEMhancer sharpened
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8521 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.0010950407 - 5.1273956
平均 (標準偏差)0.0020150195 (±0.03476422)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 299.9392 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_26989_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_26989_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_26989_additional_1.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: blurred map with 200 A2 B-factor applied, for Phenix refinement

ファイルemd_26989_additional_2.map
注釈blurred map with 200 A2 B-factor applied, for Phenix refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_26989_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_26989_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : haXWnt8-mFzd8CRD-hLRP6E1E2

全体名称: haXWnt8-mFzd8CRD-hLRP6E1E2
要素
  • 複合体: haXWnt8-mFzd8CRD-hLRP6E1E2
    • 複合体: Frizzled-8
      • タンパク質・ペプチド: Frizzled-8
    • 複合体: Protein Wnt-8
      • タンパク質・ペプチド: Protein Wnt-8
    • 複合体: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
      • タンパク質・ペプチド: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
  • リガンド: PALMITOLEIC ACID

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超分子 #1: haXWnt8-mFzd8CRD-hLRP6E1E2

超分子名称: haXWnt8-mFzd8CRD-hLRP6E1E2 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: high-affinity XWnt8 variant in complex with mFzd8 CRD and hLRP6 E1E2
分子量理論値: 130 KDa

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超分子 #2: Frizzled-8

超分子名称: Frizzled-8 / タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #3: Protein Wnt-8

超分子名称: Protein Wnt-8 / タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

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超分子 #4: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6

超分子名称: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6 / タイプ: complex / ID: 4 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Frizzled-8

分子名称: Frizzled-8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 15.061343 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列:
ASAKELACQE ITVPLCKGIG YNYTYMPNQF NHDTQDEAGL EVHQFWPLVE IQCSPDLKFF LCSMYTPICL EDYKKPLPPC RSVCERAKA GCAPLMRQYG FAWPDRMRCD RLPEQGNPDT LCMDAAALEV LFQ

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分子 #2: Protein Wnt-8

分子名称: Protein Wnt-8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 36.67659 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: GSAWSVNNFL MTGPKAYLTY SASVAVGAQN GIEECKYQFA WERWNCPEST LQLATHNGLR SATRETSFVH AISSAGVMYT LTRNCSMGD FDNCGCDDSR NGRIGGRGWV WGGCSDNAEF GERISKLFVD GLETGQDARA LMNLHNNEAG RLAVKETMKR T CKCHGISG ...文字列:
GSAWSVNNFL MTGPKAYLTY SASVAVGAQN GIEECKYQFA WERWNCPEST LQLATHNGLR SATRETSFVH AISSAGVMYT LTRNCSMGD FDNCGCDDSR NGRIGGRGWV WGGCSDNAEF GERISKLFVD GLETGQDARA LMNLHNNEAG RLAVKETMKR T CKCHGISG SCSIQTCWLQ LAEFRDIGNH LKIKHDQALK LEMDKRKMPS TNSVNSRRAI ADAFSSVAGS ELIFLEDSPD YC LKNISLG LQGTEGRECL QSGKNLSQWE RRSCKRLCTD CGLRVEEKKT EIISSCNCKF HWCCTVKCEQ CKQVVIKHFC ARH HHHHHH H

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分子 #3: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6

分子名称: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 73.384648 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: GSAPLLLYAN RRDLRLVDAT NGKENATIVV GGLEDAAAVD FVFSHGLIYW SDVSEEAIKR TEFNKTESVQ NVVVSGLLSP DGLACDWLG EKLYWTDSET NRIEVSNLDG SLRKVLFWQE LDQPRAIALD PSSGFMYWTD WGEVPKIERA GMDGSSRFII I NSEIYWPN ...文字列:
GSAPLLLYAN RRDLRLVDAT NGKENATIVV GGLEDAAAVD FVFSHGLIYW SDVSEEAIKR TEFNKTESVQ NVVVSGLLSP DGLACDWLG EKLYWTDSET NRIEVSNLDG SLRKVLFWQE LDQPRAIALD PSSGFMYWTD WGEVPKIERA GMDGSSRFII I NSEIYWPN GLTLDYEEQK LYWADAKLNF IHKSNLDGTN RQAVVKGSLP HPFALTLFED ILYWTDWSTH SILACNKYTG EG LREIHSD IFSPMDIHAF SQQRQPNATN PCGIDNGGCS HLCLMSPVKP FYQCACPTGV KLLENGKTCK DGATELLLLA RRT DLRRIS LDTPDFTDIV LQLEDIRHAI AIDYDPVEGY IYWTDDEVRA IRRSFIDGSG SQFVVTAQIA HPDGIAVDWV ARNL YWTDT GTDRIEVTRL NGTMRKILIS EDLEEPRAIV LDPMVGYMYW TDWGEIPKIE RAALDGSDRV VLVNTSLGWP NGLAL DYDE GKIYWGDAKT DKIEVMNTDG TGRRVLVEDK IPHIFGFTLL GDYVYWTDWQ RRSIERVHKR SAEREVIIDQ LPDLMG LKA TNVHRVIGSN PCAEENGGCS HLCLYRPQGL RCACPIGFEL ISDMKTCIVS RGLEVLFQGP GAAGLNDIFE AQKIEWH EH HHHHHHH

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分子 #4: PALMITOLEIC ACID

分子名称: PALMITOLEIC ACID / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: PAM
分子量理論値: 254.408 Da
Chemical component information

ChemComp-PAM:
PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称
20.0 mMHepes-sodium salt
150.0 mMsodium chloride
2.0 mMcalcium chloride
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 s blotting before plunging.
詳細haXWnt8-mFzd8CRD-hLRP6E1E2

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10077 / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率（補正後）: 58680 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3840364 / 詳細: Particles include duplicates and junk.
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: The initial model was created by cryoSPARC ab initio reconstruction.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)
詳細: Model resolution is substantially lower and estimated to be ~10 angstrom based on the map-model FSC.
使用した粒子像数: 82235
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)
最終 3次元分類クラス数: 50 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8ctg:
Extracellular architecture of an engineered canonical Wnt signaling ternary complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る