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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Rat Kidney V-ATPase with SidK, State 2 | |||||||||
![]() | V-ATPase with SidK, State 2 | |||||||||
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![]() | V-ATPase / Complex / Membrane protein / PROTON TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Transferrin endocytosis and recycling / Ion channel transport / Amino acids regulate mTORC1 / RHOA GTPase cycle / Insulin receptor recycling / eye pigmentation / central nervous system maturation / transporter activator activity / negative regulation of autophagic cell death ...Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Transferrin endocytosis and recycling / Ion channel transport / Amino acids regulate mTORC1 / RHOA GTPase cycle / Insulin receptor recycling / eye pigmentation / central nervous system maturation / transporter activator activity / negative regulation of autophagic cell death / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / rostrocaudal neural tube patterning / cellular response to increased oxygen levels / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / synaptic vesicle lumen acidification / intracellular organelle / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / endosome to plasma membrane protein transport / lysosomal lumen acidification / NURF complex / clathrin-coated vesicle membrane / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / vacuolar transport / proton-transporting V-type ATPase complex / head morphogenesis / osteoclast development / protein localization to cilium / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / dendritic spine membrane / regulation of cellular pH / vacuolar acidification / ROS and RNS production in phagocytes / Neutrophil degranulation / ATPase complex / microvillus / autophagosome membrane / regulation of MAPK cascade / ATPase activator activity / MLL1 complex / positive regulation of Wnt signaling pathway / cilium assembly / transmembrane transporter complex / regulation of macroautophagy / angiotensin maturation / ATP metabolic process / axon terminus / H+-transporting two-sector ATPase / ruffle / RNA endonuclease activity / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / receptor-mediated endocytosis / secretory granule / terminal bouton / cilium / transmembrane transport / small GTPase binding / synaptic vesicle membrane / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / endocytosis / melanosome / synaptic vesicle / apical part of cell / ATPase binding / signaling receptor activity / cell body / postsynaptic membrane / intracellular iron ion homeostasis / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endosome / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / endosome membrane / early endosome / lysosome / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / axon / lysosomal membrane / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / extracellular space / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
![]() | Rubinstein JL / Abbas YM | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of V-ATPase with NCOA7B 著者: Abbas YM / Rubinstein JL | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 24.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 28.6 KB 28.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 84.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 9.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 371.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 371.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | V-ATPase with SidK, State 2 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3225 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : Rat Kidney V-ATPase with SidK
+超分子 #1: Rat Kidney V-ATPase with SidK
+分子 #1: ATPase H+-transporting V1 subunit A
+分子 #2: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
+分子 #3: V-type proton ATPase subunit C 1
+分子 #4: ATPase H+-transporting V1 subunit D
+分子 #5: V-type proton ATPase subunit E 1
+分子 #6: V-type proton ATPase subunit F
+分子 #7: V-type proton ATPase subunit G
+分子 #8: V-type proton ATPase subunit H
+分子 #9: Effector SidK
+分子 #10: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1
+分子 #11: ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a
+分子 #12: V-type proton ATPase subunit S1
+分子 #13: V-type proton ATPase subunit
+分子 #14: V-type proton ATPase subunit e 2
+分子 #15: Ribonuclease K
+分子 #16: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
+分子 #17: Renin receptor
+分子 #18: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 44.825 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 3.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.1 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: OTHER 詳細: Model-map FSC (threshold 0.5) calculated in phenix.validation_cryoem 使用した粒子像数: 46604 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |