EMDB-26887: Rat Kidney V-ATPase with SidK, State 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-26887

タイトル

Rat Kidney V-ATPase with SidK, State 1

マップデータ

V-ATPase with SidK, State 1

試料

複合体: Rat Kidney V-ATPase with SidK and NCOA7B

キーワード

V-ATPase / Complex / Membrane protein / PROTON TRANSPORT

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å

データ登録者

Abbas YM / Rubinstein JL

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of V-ATPase with NCOA7B
著者: Abbas YM / Rubinstein JL

履歴

登録	2022年5月9日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2023年11月22日	-
マップ公開	2023年11月22日	-
更新	2023年11月22日	-
現状	2023年11月22日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_26887.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_26887.map.gz	7 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-26887-v30.xml emd-26887.xml	11.1 KB 11.1 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_26887.png	64.6 KB
Filedesc metadata	emd-26887.cif.gz	3.4 KB
その他	emd_26887_half_map_1.map.gz emd_26887_half_map_2.map.gz	139.3 MB 139.3 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26887 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26887	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_26887_validation.pdf.gz	801.6 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_26887_full_validation.pdf.gz	801.1 KB	表示
XML形式データ	emd_26887_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	emd_26887_validation.cif.gz	16.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26887 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26887	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	26888C 26889C 26890C 26891C 26892C 26893C 26894C 26895C 26896C 26897C 26898C 26899C 26900C 26901C 26902C 26903C 26904C 26905C 26906C 26907C 26908C 26909C 26910C 26911C 26912C 26913C 26914C 7uzfC 7uzgC 7uzhC 7uziC 7uzjC 7uzkC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_26887.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

V-ATPase with SidK, State 1

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.32 Å/pix. x 340 pix. = 449.65 Å	1.32 Å/pix. x 340 pix. = 449.65 Å	1.32 Å/pix. x 340 pix. = 449.65 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.3225 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.39
最小 - 最大	-3.6312835 - 6.086908
平均 (標準偏差)	0.009023599 (±0.11839563)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: V-ATPase with SidK, State 1

ファイル

emd_26887_half_map_1.map

注釈

V-ATPase with SidK, State 1

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: V-ATPase with SidK, State 1

ファイル

emd_26887_half_map_2.map

注釈

V-ATPase with SidK, State 1

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Rat Kidney V-ATPase with SidK and NCOA7B

全体	名称: Rat Kidney V-ATPase with SidK and NCOA7B
要素	複合体: Rat Kidney V-ATPase with SidK and NCOA7B

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超分子 #1: Rat Kidney V-ATPase with SidK and NCOA7B

超分子	名称: Rat Kidney V-ATPase with SidK and NCOA7B / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 44.825 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大デフォーカス（公称値）: 3.8000000000000003 µm 最小デフォーカス（公称値）: 0.1 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 45083
初期角度割当	タイプ: PROJECTION MATCHING
最終角度割当	タイプ: PROJECTION MATCHING

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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