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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2683 | |||||||||
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タイトル | Mammalian 80S-HCV-IRES initiation complex with eIF5B POST-like state | |||||||||
マップデータ | Mammalian translation initiation 80S HCV-IRES complex with eIF5B POST-like state | |||||||||
試料 |
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キーワード | ribosome / translation initiation / Hepatitis C Virus internal ribosome entry site / eukaryotic initiation factor 5B | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of translational initiation / translation initiation factor activity / GTPase activity / GTP binding / mitochondrion / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Hepatitis C virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Yamamoto H / Unbehaun A / Loerke J / Behrmann E / Collier M / Marianne C / Burger J / Mielke T / Spahn CMT | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2014 タイトル: Structure of the mammalian 80S initiation complex with initiation factor 5B on HCV-IRES RNA. 著者: Hiroshi Yamamoto / Anett Unbehaun / Justus Loerke / Elmar Behrmann / Marianne Collier / Jörg Bürger / Thorsten Mielke / Christian M T Spahn / 要旨: The universally conserved eukaryotic initiation factor (eIF) 5B, a translational GTPase, is essential for canonical translation initiation. It is also required for initiation facilitated by the ...The universally conserved eukaryotic initiation factor (eIF) 5B, a translational GTPase, is essential for canonical translation initiation. It is also required for initiation facilitated by the internal ribosomal entry site (IRES) of hepatitis C virus (HCV) RNA. eIF5B promotes joining of 60S ribosomal subunits to 40S ribosomal subunits bound by initiator tRNA (Met-tRNAi(Met)). However, the exact molecular mechanism by which eIF5B acts has not been established. Here we present cryo-EM reconstructions of the mammalian 80S-HCV-IRES-Met-tRNAi(Met)-eIF5B-GMPPNP complex. We obtained two substates distinguished by the rotational state of the ribosomal subunits and the configuration of initiator tRNA in the peptidyl (P) site. Accordingly, a combination of conformational changes in the 80S ribosome and in initiator tRNA facilitates binding of the Met-tRNAi(Met) to the 60S P site and redefines the role of eIF5B as a tRNA-reorientation factor. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2683.map.gz | 9.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2683-v30.xml emd-2683.xml | 11.8 KB 11.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | image-for-EMD-2683.png | 150.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2683 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2683 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2683_validation.pdf.gz | 250.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2683_full_validation.pdf.gz | 249.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2683_validation.xml.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2683 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2683 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2683.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 173.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Mammalian translation initiation 80S HCV-IRES complex with eIF5B POST-like state | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.26 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Mammalian translation initiation 80S HCV-IRES complex with eIF5B;...
全体 | 名称: Mammalian translation initiation 80S HCV-IRES complex with eIF5B; POST-like state |
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要素 |
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-超分子 #1000: Mammalian translation initiation 80S HCV-IRES complex with eIF5B;...
超分子 | 名称: Mammalian translation initiation 80S HCV-IRES complex with eIF5B; POST-like state タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 4 |
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分子量 | 理論値: 4.8 MDa |
-超分子 #1: 80S ribosome
超分子 | 名称: 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: rabbit / 組織: reticulocyte lysate |
分子量 | 理論値: 4.5 MDa |
-分子 #1: tRNA
分子 | 名称: tRNA / タイプ: rna / ID: 1 / 分類: TRANSFER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: rabbit |
分子量 | 理論値: 2.5 KDa |
-分子 #3: HCV-IRES
分子 | 名称: HCV-IRES / タイプ: rna / ID: 3 / 分類: OTHER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Hepatitis C virus (ウイルス) / 別称: HCV |
分子量 | 理論値: 162 KDa |
配列 | 文字列: GCCAGCCCCC UGAUGGGGGC GACACUCCAC CAUGAAUCAC UCCCCUGUGA GGAACUACUG UCUUCACGCA GAAAGCGUCU AGCCAUGGCG UUAGUAUGAG UGUCGUGCAG CCUCCAGGAC CCCCCCUCCC GGGAGAGCCA UAGUGGUCUG CGGAACCGGU GAGUACACCG ...文字列: GCCAGCCCCC UGAUGGGGGC GACACUCCAC CAUGAAUCAC UCCCCUGUGA GGAACUACUG UCUUCACGCA GAAAGCGUCU AGCCAUGGCG UUAGUAUGAG UGUCGUGCAG CCUCCAGGAC CCCCCCUCCC GGGAGAGCCA UAGUGGUCUG CGGAACCGGU GAGUACACCG GAAUUGCCAG GACGACCGGG UCCUUUCUUG GAUAAACCCG CUCAAUGCCU GGAGAUUUGG GCGUGCCCCC GCAAGACUGC UAGCCGAGUA GUGUUGGGUC GCGAAAGGCC UUGUGGUACU GCCUGAUAGG GUGCUUGCGA GUGCCCCGGG AGGUCUCGUA GACCGUGCAC CAUGAGCACG AAUCCUAAAC CUCAAAGAAA AACCAAACGU AACACCAACC GUCGCCCACA GGACGUCAAG UUCCCGGGUG GCGGUCUAGA CGCCGAGAUC AGAAAUCCCU CUCUCGGAUC GCAUUUGGAC UUCUGCCUUC GGGCACCACG GUCGGAUCCG AAUU |
-分子 #2: eIF5B
分子 | 名称: eIF5B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: rabbit / 組織: reticulocyte lysate |
分子量 | 理論値: 160 KDa |
配列 | UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 5B |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.15 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.6 詳細: 20mM Tris-HCl, 5mM MgCl2, 100mM KCl, 0.2mM spermidine, 2mM DTT |
グリッド | 詳細: Quantifoil R3-3 Cu 300 mesh with 2 nm carbon support film |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 手法: blot for 2-4 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 115,000 times magnification |
詳細 | automated data collection using Leginon |
日付 | 2012年12月22日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 実像数: 22287 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / 詳細: Automated data collection on using Leginon / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 194805 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 115000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Cartridge system, LN2 cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: CTFFIND3 |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: spider, sparx / 使用した粒子像数: 541570 |