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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26704 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of the Neutralizing Antibody MPV467 in Complex with Prefusion Human Metapneumovirus F Glycoprotein | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane / Fusion glycoprotein F0 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Human metapneumovirus (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å | |||||||||
データ登録者 | Rush SA / McLellan JS | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022 タイトル: Structural basis for ultrapotent antibody-mediated neutralization of human metapneumovirus. 著者: Avik Banerjee / Jiachen Huang / Scott A Rush / Jackelyn Murray / Aaron D Gingerich / Fredejah Royer / Ching-Lin Hsieh / Ralph A Tripp / Jason S McLellan / Jarrod J Mousa / 要旨: Human metapneumovirus (hMPV) is a leading cause of morbidity and hospitalization among children worldwide, however, no vaccines or therapeutics are currently available for hMPV disease prevention and ...Human metapneumovirus (hMPV) is a leading cause of morbidity and hospitalization among children worldwide, however, no vaccines or therapeutics are currently available for hMPV disease prevention and treatment. The hMPV fusion (F) protein is the sole target of neutralizing antibodies. To map the immunodominant epitopes on the hMPV F protein, we isolated a panel of human monoclonal antibodies (mAbs), and the mAbs were assessed for binding avidity, neutralization potency, and epitope specificity. We found the majority of the mAbs target diverse epitopes on the hMPV F protein, and we discovered multiple mAb binding approaches for antigenic site III. The most potent mAb, MPV467, which had picomolar potency, was examined in prophylactic and therapeutic mouse challenge studies, and MPV467 limited virus replication in mouse lungs when administered 24 h before or 72 h after viral infection. We determined the structure of MPV467 in complex with the hMPV F protein using cryo-electron microscopy to a resolution of 3.3 Å, which revealed a complex novel prefusion-specific epitope overlapping antigenic sites II and V on a single protomer. Overall, our data reveal insights into the immunodominant antigenic epitopes on the hMPV F protein, identify a mAb therapy for hMPV F disease prevention and treatment, and provide the discovery of a prefusion-specific epitope on the hMPV F protein. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26704.map.gz | 63 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26704-v30.xml emd-26704.xml | 21.7 KB 21.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26704_fsc.xml | 11.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26704.png | 81.3 KB | ||
マスクデータ | emd_26704_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_26704_additional_1.map.gz emd_26704_half_map_1.map.gz emd_26704_half_map_2.map.gz | 107.8 MB 116.1 MB 116.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26704 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26704 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26704_validation.pdf.gz | 723.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26704_full_validation.pdf.gz | 723.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26704_validation.xml.gz | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26704_validation.cif.gz | 24.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26704 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26704 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ur4MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26704.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.269 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_26704_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_26704_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_26704_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_26704_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Trimeric prefusion hMPV F glycoprotein bound by three molecules o...
全体 | 名称: Trimeric prefusion hMPV F glycoprotein bound by three molecules of MPV467 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: Trimeric prefusion hMPV F glycoprotein bound by three molecules o...
超分子 | 名称: Trimeric prefusion hMPV F glycoprotein bound by three molecules of MPV467 Fab タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Human metapneumovirus (ウイルス) / 株: NL/1/00 |
-分子 #1: Fusion glycoprotein F0
分子 | 名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human metapneumovirus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 60.48993 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSWKVVIIFS LLITPQHGLK ESYLEESCST ITEGYLSVLR TGWYTNVFTL EVGDVENLTC ADGPSLIKTE LDLTKSALRE LRTCSADQL AREEQIENPR RRRFVLGAIA CGVATAAAVT AGVAIAKCIR LESEVTAIKN CLKKTNECVS TLGCGVRVLA T AVRELKDF ...文字列: MSWKVVIIFS LLITPQHGLK ESYLEESCST ITEGYLSVLR TGWYTNVFTL EVGDVENLTC ADGPSLIKTE LDLTKSALRE LRTCSADQL AREEQIENPR RRRFVLGAIA CGVATAAAVT AGVAIAKCIR LESEVTAIKN CLKKTNECVS TLGCGVRVLA T AVRELKDF VSKNLTRAIN KNKCDIPDLK MAVSFSQFNR RFLNVVRQFS DNAGITPAIS KDLMTDAELA RAISNMPTSA GQ IKLMLEN RCMVRRKGFG ILIGVYGSSV IYMVQLPIFG VIDTPCWIVK AAPSCSEKKG NYACLLREDQ GWYCQNAGST VYY PCEKDC ETRGDHVFCD TAAGINVAEQ SKECNINIST TNYPCKVSCG RHPISMVALS PLGALVACYK GVSCSIGSNR VGII KQLNK GCSYITNQDA DTVTIDNTVY QLSKVEGEQH VIKGRPVSSS FDPVKFPQDQ FNVALDQCFE SIENSQALVD QSNRI LSSA EKGNTGGGGS GYIPEAPRDG QAYVRKDGEW VLLSTFLGRS LEVLFQGPGH HHHHHHHSAW SHPQFEK |
-分子 #2: MPV467 Fab Heavy chain
分子 | 名称: MPV467 Fab Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.023779 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: LVQSGGGVVR PGTSLRVSCA AFDFNFRDYG MHWVRQAPGK GLEWVAGIWY DGSNKDYADS VKGRFTISRD NSQNTLYLQM NSLRVEDTA VYYCARDPRT HREGALSHFD SWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列: LVQSGGGVVR PGTSLRVSCA AFDFNFRDYG MHWVRQAPGK GLEWVAGIWY DGSNKDYADS VKGRFTISRD NSQNTLYLQM NSLRVEDTA VYYCARDPRT HREGALSHFD SWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKR VEPKS |
-分子 #3: MPV467 Fab Light chain
分子 | 名称: MPV467 Fab Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 22.621924 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: ELTQDPAVSV ALGQTVRITC QGDSLRNYFA GWYQQKPGQA PLLVLYGENI RPSGIPDRFS GSSSGNTVSL TITGAQAEDE ADYYCNSRD NSGNHWVFGG GTRLTVLGQP KAAPSVTLFP PSSEELQANK ATLVCLISDF YPGAVTVAWK ADSSPVKAGV E TTTPSKQS ...文字列: ELTQDPAVSV ALGQTVRITC QGDSLRNYFA GWYQQKPGQA PLLVLYGENI RPSGIPDRFS GSSSGNTVSL TITGAQAEDE ADYYCNSRD NSGNHWVFGG GTRLTVLGQP KAAPSVTLFP PSSEELQANK ATLVCLISDF YPGAVTVAWK ADSSPVKAGV E TTTPSKQS NNKYAASSYL SLTPEQWKSH RSYSCQVTHE GSTVEKTVAP TEC |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 150000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |