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- EMDB-26704: Cryo-EM Structure of the Neutralizing Antibody MPV467 in Complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26704
タイトルCryo-EM Structure of the Neutralizing Antibody MPV467 in Complex with Prefusion Human Metapneumovirus F Glycoprotein
マップデータ
試料
  • 複合体: Trimeric prefusion hMPV F glycoprotein bound by three molecules of MPV467 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • タンパク質・ペプチド: MPV467 Fab Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: MPV467 Fab Light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / 細胞膜 / Fusion glycoprotein F0
機能・相同性情報
生物種Human metapneumovirus (ヒトメタニューモウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Rush SA / McLellan JS
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Welch FoundationF-0003-19620604 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR160023 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Structural basis for ultrapotent antibody-mediated neutralization of human metapneumovirus.
著者: Avik Banerjee / Jiachen Huang / Scott A Rush / Jackelyn Murray / Aaron D Gingerich / Fredejah Royer / Ching-Lin Hsieh / Ralph A Tripp / Jason S McLellan / Jarrod J Mousa /
要旨: Human metapneumovirus (hMPV) is a leading cause of morbidity and hospitalization among children worldwide, however, no vaccines or therapeutics are currently available for hMPV disease prevention and ...Human metapneumovirus (hMPV) is a leading cause of morbidity and hospitalization among children worldwide, however, no vaccines or therapeutics are currently available for hMPV disease prevention and treatment. The hMPV fusion (F) protein is the sole target of neutralizing antibodies. To map the immunodominant epitopes on the hMPV F protein, we isolated a panel of human monoclonal antibodies (mAbs), and the mAbs were assessed for binding avidity, neutralization potency, and epitope specificity. We found the majority of the mAbs target diverse epitopes on the hMPV F protein, and we discovered multiple mAb binding approaches for antigenic site III. The most potent mAb, MPV467, which had picomolar potency, was examined in prophylactic and therapeutic mouse challenge studies, and MPV467 limited virus replication in mouse lungs when administered 24 h before or 72 h after viral infection. We determined the structure of MPV467 in complex with the hMPV F protein using cryo-electron microscopy to a resolution of 3.3 Å, which revealed a complex novel prefusion-specific epitope overlapping antigenic sites II and V on a single protomer. Overall, our data reveal insights into the immunodominant antigenic epitopes on the hMPV F protein, identify a mAb therapy for hMPV F disease prevention and treatment, and provide the discovery of a prefusion-specific epitope on the hMPV F protein.
履歴
登録2022年4月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月8日-
マップ公開2022年6月8日-
更新2022年6月29日-
現状2022年6月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26704.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26704.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.269 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.14
最小 - 最大-0.31715444 - 0.94776106
平均 (標準偏差)0.000102876555 (±0.019885568)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 406.08002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_26704_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_26704_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_26704_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_26704_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Trimeric prefusion hMPV F glycoprotein bound by three molecules o...

全体名称: Trimeric prefusion hMPV F glycoprotein bound by three molecules of MPV467 Fab
要素
  • 複合体: Trimeric prefusion hMPV F glycoprotein bound by three molecules of MPV467 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • タンパク質・ペプチド: MPV467 Fab Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: MPV467 Fab Light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Trimeric prefusion hMPV F glycoprotein bound by three molecules o...

超分子名称: Trimeric prefusion hMPV F glycoprotein bound by three molecules of MPV467 Fab
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Human metapneumovirus (ヒトメタニューモウイルス)
株: NL/1/00

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分子 #1: Fusion glycoprotein F0

分子名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human metapneumovirus (ヒトメタニューモウイルス)
分子量理論値: 60.48993 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSWKVVIIFS LLITPQHGLK ESYLEESCST ITEGYLSVLR TGWYTNVFTL EVGDVENLTC ADGPSLIKTE LDLTKSALRE LRTCSADQL AREEQIENPR RRRFVLGAIA CGVATAAAVT AGVAIAKCIR LESEVTAIKN CLKKTNECVS TLGCGVRVLA T AVRELKDF ...文字列:
MSWKVVIIFS LLITPQHGLK ESYLEESCST ITEGYLSVLR TGWYTNVFTL EVGDVENLTC ADGPSLIKTE LDLTKSALRE LRTCSADQL AREEQIENPR RRRFVLGAIA CGVATAAAVT AGVAIAKCIR LESEVTAIKN CLKKTNECVS TLGCGVRVLA T AVRELKDF VSKNLTRAIN KNKCDIPDLK MAVSFSQFNR RFLNVVRQFS DNAGITPAIS KDLMTDAELA RAISNMPTSA GQ IKLMLEN RCMVRRKGFG ILIGVYGSSV IYMVQLPIFG VIDTPCWIVK AAPSCSEKKG NYACLLREDQ GWYCQNAGST VYY PCEKDC ETRGDHVFCD TAAGINVAEQ SKECNINIST TNYPCKVSCG RHPISMVALS PLGALVACYK GVSCSIGSNR VGII KQLNK GCSYITNQDA DTVTIDNTVY QLSKVEGEQH VIKGRPVSSS FDPVKFPQDQ FNVALDQCFE SIENSQALVD QSNRI LSSA EKGNTGGGGS GYIPEAPRDG QAYVRKDGEW VLLSTFLGRS LEVLFQGPGH HHHHHHHSAW SHPQFEK

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分子 #2: MPV467 Fab Heavy chain

分子名称: MPV467 Fab Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.023779 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LVQSGGGVVR PGTSLRVSCA AFDFNFRDYG MHWVRQAPGK GLEWVAGIWY DGSNKDYADS VKGRFTISRD NSQNTLYLQM NSLRVEDTA VYYCARDPRT HREGALSHFD SWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
LVQSGGGVVR PGTSLRVSCA AFDFNFRDYG MHWVRQAPGK GLEWVAGIWY DGSNKDYADS VKGRFTISRD NSQNTLYLQM NSLRVEDTA VYYCARDPRT HREGALSHFD SWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKR VEPKS

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分子 #3: MPV467 Fab Light chain

分子名称: MPV467 Fab Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.621924 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ELTQDPAVSV ALGQTVRITC QGDSLRNYFA GWYQQKPGQA PLLVLYGENI RPSGIPDRFS GSSSGNTVSL TITGAQAEDE ADYYCNSRD NSGNHWVFGG GTRLTVLGQP KAAPSVTLFP PSSEELQANK ATLVCLISDF YPGAVTVAWK ADSSPVKAGV E TTTPSKQS ...文字列:
ELTQDPAVSV ALGQTVRITC QGDSLRNYFA GWYQQKPGQA PLLVLYGENI RPSGIPDRFS GSSSGNTVSL TITGAQAEDE ADYYCNSRD NSGNHWVFGG GTRLTVLGQP KAAPSVTLFP PSSEELQANK ATLVCLISDF YPGAVTVAWK ADSSPVKAGV E TTTPSKQS NNKYAASSYL SLTPEQWKSH RSYSCQVTHE GSTVEKTVAP TEC

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
2.0 mMC4H11NO3Trisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
200.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
0.02 %NaN3sodium azide
0.05 %amphipol
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 150000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2

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画像解析

粒子像選択選択した数: 807472
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / ソフトウェア - 詳細: cryoSPARC Live
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: ab initio
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 85671
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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