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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26406 | |||||||||
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タイトル | Structure of enolase from Streptococcus Pyogenes | |||||||||
マップデータ | Image of Cryo-Em Map of Octameric streptococcal Enolase | |||||||||
試料 |
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キーワード | metalloenzyme / lyase / hPg-Receptor | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / peptidoglycan-based cell wall / glycolytic process / cell surface / magnesium ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Tjia-Fleck S / Readnour B / Castellino FJ | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023 タイトル: High-Resolution Single-Particle Cryo-EM Hydrated Structure of Enolase Offers Insights into Its Function as a Plasminogen Receptor. 著者: Sheiny Tjia-Fleck / Bradley M Readnour / Yetunde A Ayinuola / Francis J Castellino / 要旨: Cellular plasminogen (Pg) receptors (PgRs) are utilized to recruit Pg; stimulate its activation to the serine protease, plasmin (Pm); and sterically protect the surface Pm from inactivation by host ...Cellular plasminogen (Pg) receptors (PgRs) are utilized to recruit Pg; stimulate its activation to the serine protease, plasmin (Pm); and sterically protect the surface Pm from inactivation by host inhibitors. One such PgR is the moonlighting enzyme, enolase, some of which leaves the cytoplasm and resides at the cell surface to potentially function as a PgR. Since microbes employ conscription of host Pg by PgRs as one virulence mechanism, we explored the structural basis of the ability of enolase (Sen) to function in this manner. Employing single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM), recombinant Sen from was modeled at 2.6 Å as a stable symmetrical doughnut-shaped homooctamer with point group 422 (D4) symmetry, with a monomeric subunit molecular weight of ∼49 kDa. Binding sites for hPg were reported in other studies to include an internal K and the COOH-terminal K residues of Sen. However, in native Sen, the latter are buried within the minor interfaces of the octamer and do not function as a Pg-binding epitope. Whereas Sen and hPg do not interact in solution, when Sen is bound to a surface, hPg interacts with Sen independently of K. PgRs devoid of COOH-terminal lysine utilize lysine isosteres comprising a basic residue, "", and an anionic residue at " + 3" around one turn of an α-helix. We highlight a number of surface-exposed potential hPg-binding lysine isosteres and further conclude that while the octameric structure of Sen is critical for hPg binding, disruption of this octamer without dissociation exposes hPg-binding epitopes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26406.map.gz | 6.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26406-v30.xml emd-26406.xml | 16.2 KB 16.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26406_fsc.xml | 11.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26406.png | 133.5 KB | ||
マスクデータ | emd_26406_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_26406_half_map_1.map.gz emd_26406_half_map_2.map.gz | 6.3 MB 6.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26406 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26406 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26406_validation.pdf.gz | 593.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26406_full_validation.pdf.gz | 593.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26406_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26406_validation.cif.gz | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26406 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26406 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26406.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Image of Cryo-Em Map of Octameric streptococcal Enolase | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.29052 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_26406_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Cryo-Em Map 1 of Octameric streptococcal Enolase
ファイル | emd_26406_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Cryo-Em Map 1 of Octameric streptococcal Enolase | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Cryo-Em Map 2 of Octameric streptococcal Enolase
ファイル | emd_26406_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Cryo-Em Map 2 of Octameric streptococcal Enolase | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Octameric structure of Enolase from Streoptococcus Pyogenes
全体 | 名称: Octameric structure of Enolase from Streoptococcus Pyogenes |
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要素 |
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-超分子 #1: Octameric structure of Enolase from Streoptococcus Pyogenes
超分子 | 名称: Octameric structure of Enolase from Streoptococcus Pyogenes タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) / 株: AP53 |
分子量 | 理論値: 400 KDa |
-分子 #1: Streptococcal Surface Enolase
分子 | 名称: Streptococcal Surface Enolase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO |
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由来(天然) | 生物種: Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) / 株: AP53 |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: HMSIITDVYA REVLDSRGNP TLEVEVYTES GAFGRGMVPS GASTGEHEAV ELRDGDKSRY LGLGTQKAVD NVNNIIAEAI IGYDVRDQQA IDRAMIALDG TPNKGKLGAN AILGVSIAVA RAAADYLEVP LYTYLGGFNT KVLPTPMMNI INGGSHSDAP IAFQEFMIMP ...文字列: HMSIITDVYA REVLDSRGNP TLEVEVYTES GAFGRGMVPS GASTGEHEAV ELRDGDKSRY LGLGTQKAVD NVNNIIAEAI IGYDVRDQQA IDRAMIALDG TPNKGKLGAN AILGVSIAVA RAAADYLEVP LYTYLGGFNT KVLPTPMMNI INGGSHSDAP IAFQEFMIMP VGAPTFKEGL RWGAEVFHAL KKILKERGLV TAVGDEGGFA PKFEGTEDGV ETILKAIEAA GYEAGENGIM IGFDCASSEF YDKERKVYDY TKFEGEGAAV RTSAEQVDYL EELVNKYPII TIEDGMDEND WDGWKVLTER LGKRVQLVGD DFFVTNTEYL ARGIKENAAN SILIKVNQIG TLTETFEAIE MAKEAGYTAV VSHRSGETED STIADIAVAT NAGQIKTGSL SRTDRIAKYN QLLRIEDQLG EVAQYKGIKS FYNLKK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 0.05 mM / 構成要素 - 式: NaH2PO4 / 構成要素 - 名称: Sodium phospate |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2756 / 平均電子線量: 61.37 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.1 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |