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- EMDB-26069: Coxsackievirus A21 capsid subdomain in complex with mouse polyclo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26069
タイトルCoxsackievirus A21 capsid subdomain in complex with mouse polyclonal antibody pAbC-2
マップデータcryoEM map of the subdomain of CV-A21 viral particle in complex with mouse polyclonal antibody pAbC-2 - Main map
試料
  • 複合体: Immune complex featuring subdomains of coxsackievirus A21 (CV-A21) viral particles in complex with mouse polyclonal antibodies
    • タンパク質・ペプチド: Coxsackievirus capsid - Polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: pAbC-2
キーワードpolyclonal antibodies / Immunology / viral particles / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
生物種Coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Antanasijevic A / Ward AB
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: PNAS Nexus / 年: 2022
タイトル: High-resolution structural analysis of enterovirus-reactive polyclonal antibodies in complex with whole virions.
著者: Aleksandar Antanasijevic / Autumn J Schulze / Vijay S Reddy / Andrew B Ward /
要旨: Non-polio enteroviruses (NPEVs) cause serious illnesses in young children and neonates, including aseptic meningitis, encephalitis, and inflammatory muscle disease, among others. While over 100 ...Non-polio enteroviruses (NPEVs) cause serious illnesses in young children and neonates, including aseptic meningitis, encephalitis, and inflammatory muscle disease, among others. While over 100 serotypes have been described to date, vaccine only exists for EV-A71. Efforts toward rationally designed pan-NPEV vaccines would greatly benefit from structural biology methods for rapid and comprehensive evaluation of vaccine candidates and elicited antibody responses. Toward this goal, we introduced a cryo-electron-microscopy-based approach for structural analysis of virus- or vaccine-elicited polyclonal antibodies (pAbs) in complex with whole NPEV virions. We demonstrated the feasibility using coxsackievirus A21 and reconstructed five structurally distinct pAbs bound to the virus. The pAbs targeted two immunodominant epitopes, one overlapping with the receptor binding site. These results demonstrate that our method can be applied to map broad-spectrum polyclonal immune responses against intact virions and define potentially cross-reactive epitopes.
履歴
登録2022年1月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月4日-
マップ公開2023年1月4日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26069.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26069.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryoEM map of the subdomain of CV-A21 viral particle in complex with mouse polyclonal antibody pAbC-2 - Main map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.045 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.002
最小 - 最大-0.005642439 - 0.011850693
平均 (標準偏差)0.00026527714 (±0.00077717484)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 292.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_26069_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: cryoEM map of the subdomain of CV-A21 viral...

ファイルemd_26069_half_map_1.map
注釈cryoEM map of the subdomain of CV-A21 viral particle in complex with mouse polyclonal antibody pAbC-2 - Half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: cryoEM map of the subdomain of CV-A21 viral...

ファイルemd_26069_half_map_2.map
注釈cryoEM map of the subdomain of CV-A21 viral particle in complex with mouse polyclonal antibody pAbC-2 - Half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Immune complex featuring subdomains of coxsackievirus A21 (CV-A21...

全体名称: Immune complex featuring subdomains of coxsackievirus A21 (CV-A21) viral particles in complex with mouse polyclonal antibodies
要素
  • 複合体: Immune complex featuring subdomains of coxsackievirus A21 (CV-A21) viral particles in complex with mouse polyclonal antibodies
    • タンパク質・ペプチド: Coxsackievirus capsid - Polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: pAbC-2

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超分子 #1: Immune complex featuring subdomains of coxsackievirus A21 (CV-A21...

超分子名称: Immune complex featuring subdomains of coxsackievirus A21 (CV-A21) viral particles in complex with mouse polyclonal antibodies
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: The complexes were assembled by combining purified CV-A21 particles and polyclonal antibodies isolated from mice (as Fab fragments)
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)

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分子 #1: Coxsackievirus capsid - Polyprotein

分子名称: Coxsackievirus capsid - Polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: CV-A21 capsid polyprotein sequence is provided. The sequence includes VP1-4.
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)
配列文字列: MGAQVSTQKT GAHENQNVAA NGSTINYTTI NYYKDSASNS ATRQDLSQDP SKFTEPVKDL MLKTAPALNS PNVEACGYSD RVRQITLGNS TITTQEAANA IVAYGEWPTY INDSEANPVD APTEPDVSSN RFYTLESVSW KTTSRGWWWK LPDCLKDMGM FGQNMYYHYL ...文字列:
MGAQVSTQKT GAHENQNVAA NGSTINYTTI NYYKDSASNS ATRQDLSQDP SKFTEPVKDL MLKTAPALNS PNVEACGYSD RVRQITLGNS TITTQEAANA IVAYGEWPTY INDSEANPVD APTEPDVSSN RFYTLESVSW KTTSRGWWWK LPDCLKDMGM FGQNMYYHYL GRSGYTIHVQ CNASKFHQGA LGVFLIPEFV MACNTESKTS YVSYINANPG ERGGEFTNTY NPSNTDASEG RKFAALDYLL GSGVLAGNAF VYPHQIINLR TNNSATIVVP YVNSLVIDCM AKHNNWGIVI LPLAPLAFAA TSSPQVPITV TIAPMCTEFN GLRNITVPVH QGLPTMNTPG SNQFLTSDDF QSPCALPNFD VTPPIHIPGE VKNMMELAEI DTLIPMNAVD GKVNTMEMYQ IPLNDNLSKA PIFCLSLSPA SDKRLSHTML GEILNYYTHW TGSIRFTFLF CGSMMATGKL LLSYSPPGAK PPTNRKDAML GTHIIWDLGL QSSCSMVAPW ISNTVYRRCA RDDFTEGGFI TCFYQTRIVV PASTPTSMFM LGFVSACPDF SVRLLRDTPH ISQSKLIGRT QGIEDLIDTA IKNALRVSQP PSTQSTEATS GVNSQEVPAL TAVETGASGQ AIPSDVVETR HVVNYKTRSE SCLESFFGRA ACVTILSLTN SSKSGEEKKH FNIWNITYTD TVQLRRKLEF FTYSRFDLEM TFVFTENYPS TASGEVRNQV YQIMYIPPGA PRPSSWDDYT WQSSSNPSIF YMYGNAPPRM SIPYVGIANA YSHFYDGFAR VPLEGENTDA GDTFYGLVSI NDFGVLAVRA VNRSNPHTIH TSVRVYMKPK HIRCWCPRPP RAVLYRGEGV DMISSAILPL AKVDSITTF

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分子 #2: pAbC-2

分子名称: pAbC-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Polyclonal antibody pAbC-2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMTris-HClTris
150.0 mMNaClSodium Chloride

詳細: TBS
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot time varied: 3-5s.
詳細Immune complexes were SEC-purified, concentrated and applied onto cryo-grids.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3862 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Frames aligned using MotionCor2
粒子像選択選択した数: 22937
詳細: Template picker. Particles were 2D cleaned and symmetry expanded (icosahedral symmetry). Sym-expanded particles were used for 3D classification and refinement.
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: low-pass filtered map of CV-A21
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 詳細: 7792 symmetry expanded particles / 使用した粒子像数: 7792
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 詳細: regularized likelihood
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 詳細: regularized likelihood
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
詳細: 3D classifications were performed without image alignment.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1z7s


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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