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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26037 | |||||||||||||||
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タイトル | E. coli 70S ribosomes bound with the ALS/FTD-associated dipeptide repeat protein PR20 | |||||||||||||||
マップデータ | E. coli 70S ribosome without tRNA and with peptidyl tunnel occupied by polyPR | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | ribosomal binding peptide / ALS/FTD-associated dipeptide repeat protein / RIBOSOME | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly ...DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Loveland AB / Svidritskiy E / Susorov D / Lee S / Park A / Zvornicanin S / Demo G / Gao FB / Korostelev AA | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Ribosome inhibition by C9ORF72-ALS/FTD-associated poly-PR and poly-GR proteins revealed by cryo-EM. 著者: Anna B Loveland / Egor Svidritskiy / Denis Susorov / Soojin Lee / Alexander Park / Sarah Zvornicanin / Gabriel Demo / Fen-Biao Gao / Andrei A Korostelev / 要旨: Toxic dipeptide-repeat (DPR) proteins are produced from expanded GC repeats in the C9ORF72 gene, the most common genetic cause of amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontotemporal dementia (FTD). ...Toxic dipeptide-repeat (DPR) proteins are produced from expanded GC repeats in the C9ORF72 gene, the most common genetic cause of amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontotemporal dementia (FTD). Two DPR proteins, poly-PR and poly-GR, repress cellular translation but the molecular mechanism remains unknown. Here we show that poly-PR and poly-GR of ≥20 repeats inhibit the ribosome's peptidyl-transferase activity at nanomolar concentrations, comparable to specific translation inhibitors. High-resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) reveals that poly-PR and poly-GR block the polypeptide tunnel of the ribosome, extending into the peptidyl-transferase center (PTC). Consistent with these findings, the macrolide erythromycin, which binds in the tunnel, competes with poly-PR and restores peptidyl-transferase activity. Our results demonstrate that strong and specific binding of poly-PR and poly-GR in the ribosomal tunnel blocks translation, revealing the structural basis of their toxicity in C9ORF72-ALS/FTD. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26037.map.gz | 283 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26037-v30.xml emd-26037.xml | 73.7 KB 73.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26037_fsc.xml | 14.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26037.png | 44 KB | ||
Filedesc metadata | emd-26037.cif.gz | 13.5 KB | ||
その他 | emd_26037_additional_1.map.gz emd_26037_half_map_1.map.gz emd_26037_half_map_2.map.gz | 284.3 MB 121.2 MB 121.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26037 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26037 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26037_validation.pdf.gz | 880.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26037_full_validation.pdf.gz | 880 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26037_validation.xml.gz | 23.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26037_validation.cif.gz | 30.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26037 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26037 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26037.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | E. coli 70S ribosome without tRNA and with peptidyl tunnel occupied by polyPR | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.87 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: E. coli 70S ribosome without tRNA and with...
ファイル | emd_26037_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | E. coli 70S ribosome without tRNA and with peptidyl tunnel occupied by polyPR, B-factor -35 applied | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: E. coli 70S ribosome without tRNA and with...
ファイル | emd_26037_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | E. coli 70S ribosome without tRNA and with peptidyl tunnel occupied by polyPR, half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: E. coli 70S ribosome without tRNA and withpeptidyl...
ファイル | emd_26037_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | E. coli 70S ribosome without tRNA and withpeptidyl tunnel occupied by polyPR, half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : E. coli 70S ribosome bound with the ALS/FTD-associated dipeptide ...
+超分子 #1: E. coli 70S ribosome bound with the ALS/FTD-associated dipeptide ...
+分子 #1: 50S ribosomal protein L2
+分子 #2: 50S ribosomal protein L3
+分子 #3: 50S ribosomal protein L4
+分子 #4: 50S ribosomal protein L5
+分子 #5: 50S ribosomal protein L6
+分子 #6: 50S ribosomal protein L9
+分子 #7: 50S ribosomal protein L10
+分子 #8: 50S ribosomal protein L11
+分子 #9: 50S ribosomal protein L13
+分子 #10: 50S ribosomal protein L14
+分子 #11: 50S ribosomal protein L15
+分子 #12: 50S ribosomal protein L16
+分子 #13: 50S ribosomal protein L17
+分子 #14: 50S ribosomal protein L18
+分子 #15: 50S ribosomal protein L19
+分子 #16: 50S ribosomal protein L20
+分子 #17: Ribosomal protein L21
+分子 #18: 50S ribosomal protein L22
+分子 #19: 50S ribosomal protein L23
+分子 #20: Ribosomal protein L24
+分子 #21: 50S ribosomal protein L25
+分子 #22: 50S ribosomal protein L27
+分子 #23: 50S ribosomal protein L28
+分子 #24: 50S ribosomal protein L29
+分子 #25: 50S ribosomal protein L30
+分子 #26: 50S ribosomal protein L31
+分子 #27: 50S ribosomal protein L32
+分子 #28: 50S ribosomal protein L33
+分子 #29: 50S ribosomal protein L34
+分子 #30: 50S ribosomal protein L35
+分子 #31: 50S ribosomal protein L36
+分子 #32: 30S ribosomal protein S2
+分子 #33: 30S ribosomal protein S3
+分子 #34: 30S ribosomal protein S4
+分子 #35: 30S ribosomal protein S5
+分子 #36: 30S ribosomal protein S6, non-modified isoform
+分子 #37: 30S ribosomal protein S7
+分子 #38: 30S ribosomal protein S8
+分子 #39: 30S ribosomal protein S9
+分子 #40: 30S ribosomal protein S10
+分子 #41: 30S ribosomal protein S11
+分子 #42: 30S ribosomal protein S12
+分子 #43: 30S ribosomal protein S13
+分子 #44: 30S ribosomal protein S14
+分子 #45: 30S ribosomal protein S15
+分子 #46: 30S ribosomal protein S16
+分子 #47: 30S ribosomal protein S17
+分子 #48: 30S ribosomal protein S18
+分子 #49: 30S ribosomal protein S19
+分子 #50: 30S ribosomal protein S20
+分子 #51: Ribosomal protein S21
+分子 #52: 50S ribosomal protein L1
+分子 #56: PR20, ALS/FTD dipeptide repeat protein
+分子 #53: 16S ribosomal RNA
+分子 #54: 23S ribosomal RNA
+分子 #55: 5S ribosomal RNA
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |