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- EMDB-25708: GPC2 HEP CT3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25708
タイトルGPC2 HEP CT3 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: GPC2 HET CT3 complex
    • タンパク質・ペプチド: Glypican-2
    • タンパク質・ペプチド: CT3
キーワードGlypican-3 complex / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein localization to membrane / Defective B3GALT6 causes EDSP2 and SEMDJL1 / Defective B4GALT7 causes EDS, progeroid type / Defective B3GAT3 causes JDSSDHD / Defective EXT2 causes exostoses 2 / Defective EXT1 causes exostoses 1, TRPS2 and CHDS / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / smoothened signaling pathway ...regulation of protein localization to membrane / Defective B3GALT6 causes EDSP2 and SEMDJL1 / Defective B4GALT7 causes EDS, progeroid type / Defective B3GAT3 causes JDSSDHD / Defective EXT2 causes exostoses 2 / Defective EXT1 causes exostoses 1, TRPS2 and CHDS / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / smoothened signaling pathway / RSV-host interactions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / regulation of signal transduction / Retinoid metabolism and transport / side of membrane / lysosomal lumen / neuron differentiation / positive regulation of neuron projection development / Golgi lumen / cell migration / collagen-containing extracellular matrix / Attachment and Entry / synapse / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glypican, conserved site / Glypicans signature. / Glypican / Glypican
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Zhu J / Cachau R / De Val Alda N / Li N / Ho M
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)Z01 BC010891 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)Cancer Moonshot Program 米国
引用ジャーナル: Cell Rep Med / 年: 2021
タイトル: CAR T cells targeting tumor-associated exons of glypican 2 regress neuroblastoma in mice.
著者: Nan Li / Madeline B Torres / Madeline R Spetz / Ruixue Wang / Luyi Peng / Meijie Tian / Christopher M Dower / Rosa Nguyen / Ming Sun / Chin-Hsien Tai / Natalia de Val / Raul Cachau / Xiaolin ...著者: Nan Li / Madeline B Torres / Madeline R Spetz / Ruixue Wang / Luyi Peng / Meijie Tian / Christopher M Dower / Rosa Nguyen / Ming Sun / Chin-Hsien Tai / Natalia de Val / Raul Cachau / Xiaolin Wu / Stephen M Hewitt / Rosandra N Kaplan / Javed Khan / Brad St Croix / Carol J Thiele / Mitchell Ho /
要旨: Targeting solid tumors must overcome several major obstacles, in particular, the identification of elusive tumor-specific antigens. Here, we devise a strategy to help identify tumor-specific epitopes. ...Targeting solid tumors must overcome several major obstacles, in particular, the identification of elusive tumor-specific antigens. Here, we devise a strategy to help identify tumor-specific epitopes. Glypican 2 (GPC2) is overexpressed in neuroblastoma. Using RNA sequencing (RNA-seq) analysis, we show that exon 3 and exons 7-10 of GPC2 are expressed in cancer but are minimally expressed in normal tissues. Accordingly, we discover a monoclonal antibody (CT3) that binds exons 3 and 10 and visualize the complex structure of CT3 and GPC2 by electron microscopy. The potential of this approach is exemplified by designing CT3-derived chimeric antigen receptor (CAR) T cells that regress neuroblastoma in mice. Genomic sequencing of T cells recovered from mice reveals the CAR integration sites that may contribute to CAR T cell proliferation and persistence. These studies demonstrate how RNA-seq data can be exploited to help identify tumor-associated exons that can be targeted by CAR T cell therapies.
履歴
登録2021年12月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月22日-
マップ公開2021年12月22日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.026
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.026
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7t62
  • 表面レベル: 0.026
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25708.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25708.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.19 Å/pix.
x 200 pix.
= 438. Å		2.19 Å/pix.
x 200 pix.
= 438. Å		2.19 Å/pix.
x 200 pix.
= 438. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.19 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.026 / ムービー #1: 0.026
最小 - 最大-0.0573553 - 0.13237461
平均 (標準偏差)0.000004621865 (±0.003369515)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 438.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.192.192.19
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z438.000438.000438.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0570.1320.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : GPC2 HET CT3 complex

全体名称: GPC2 HET CT3 complex
要素
  • 複合体: GPC2 HET CT3 complex
    • タンパク質・ペプチド: Glypican-2
    • タンパク質・ペプチド: CT3

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超分子 #1: GPC2 HET CT3 complex

超分子名称: GPC2 HET CT3 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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分子 #1: Glypican-2

分子名称: Glypican-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 61.002066 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GPGPGSEAKV TRSCAETRQV LGARGYSLNL IPPALISGEH LRVCPQEYTC CSSETEQRLI RETEATFRGL VEDSGSFLVH TLAARHRKF DEFFLEMLSV AQHSLTQLFS HSYGRLYAQH ALIFNGLFSR LRDFYGESGE GLDDTLADFW AQLLERVFPL L HPQYSFPP ...文字列:
GPGPGSEAKV TRSCAETRQV LGARGYSLNL IPPALISGEH LRVCPQEYTC CSSETEQRLI RETEATFRGL VEDSGSFLVH TLAARHRKF DEFFLEMLSV AQHSLTQLFS HSYGRLYAQH ALIFNGLFSR LRDFYGESGE GLDDTLADFW AQLLERVFPL L HPQYSFPP DYLLCLSRLA SSTDGSLQPF GDSPRRLRLQ ITRTLVAARA FVQGLETGRN VVSEALKVPV SEGCSQALMR LI GCPLCRG VPSLMPCQGF CLNVVRGCLS SRGLEPDWGN YLDGLLILAD KLQGPFSFEL TAESIGVKIS EGLMYLQENS AKV SAQVFQ ECGPPDPVPA RNRRAPPPRE EAGRLWSMVT EEERPTTAAG TNLHRLVWEL RERLARMRGF WARLSLTVCG DSRM AADAS LEAAPCWTGA GRGRYLPPVV GGSPAEQVNN PELKVDASGP DVPTRRRRLQ LRAATARMKT AALGHDLDGQ DADED ASGS GGGQQYADDW MAGAVAPPAR PPRPPYPPRR DGSGGKGGGG SARYNQGRSR SGGASIGFHT QTILILSLSA LALLGP R

UniProtKB: Glypican-2

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分子 #2: CT3

分子名称: CT3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 47.359551 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: EVQLQQSGPE LVKPGASVKM SCKASRFTFT DYNIHWVKQS PGKTLEWIGY INPNNGDIFY KQKFNGKATL TINKSSNTAY MELRSLTSE DSAVYYCVRS SNIRYTFDRF FDVWGTGTTV TVSSAKTTPP SVYPLAPGSA AQTNSMVTLG CLVKGYFPEP V TVTWNSGS ...文字列:
EVQLQQSGPE LVKPGASVKM SCKASRFTFT DYNIHWVKQS PGKTLEWIGY INPNNGDIFY KQKFNGKATL TINKSSNTAY MELRSLTSE DSAVYYCVRS SNIRYTFDRF FDVWGTGTTV TVSSAKTTPP SVYPLAPGSA AQTNSMVTLG CLVKGYFPEP V TVTWNSGS LSSGVHTFPA VLESDLYTLS SSVTVPSSPR PSETVTCNVA HPASSTKVDK KIENVLTQSP AIMSASLGEK VT MSCRASS SVNYIYWYQQ KSDASPKLWI YYTSNLAPGV PARFSGSGSG NSYSLTISSM EGEDAATYYC QQFSSSPSTF GTG TKLELK RADAAPTVSI FPPSSEQLTS GGASVVCFLN NFYPKDINVK WKIDGSERQN GVLNSWTDQD SKDSTYSMSS TLTL TKDEY ERHNSYTCEA THKTSTSPIV KSFNRNEC

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate
詳細: A 3 uL aliquot containing ~0.01 mg/mL of the samples was applied for 20 s onto a carbon-coated 200 Cu mesh grid (Electron Microscopy Sciences, Protochips, Inc.) that had been glow discharged ...詳細: A 3 uL aliquot containing ~0.01 mg/mL of the samples was applied for 20 s onto a carbon-coated 200 Cu mesh grid (Electron Microscopy Sciences, Protochips, Inc.) that had been glow discharged at 30 mA for 30 s (Pelco easiGlow, Ted Pella, Inc.), then negatively stained with 0.7% (w/v) uranyl formate for 40 sec.
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k) / デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 実像数: 200 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 100000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 21000
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6wjl

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.08) / 使用した粒子像数: 21000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.08)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.08)
最終 3次元分類クラス数: 1 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.08)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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