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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25699 | |||||||||
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タイトル | VFLIP Spike Trimer with GAR03 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | spike / Fab / antibody / COVID / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.39 Å | |||||||||
データ登録者 | Sobti M / Stewart AG | |||||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Broadly neutralizing SARS-CoV-2 antibodies through epitope-based selection from convalescent patients. 著者: Romain Rouet / Jake Y Henry / Matt D Johansen / Meghna Sobti / Harikrishnan Balachandran / David B Langley / Gregory J Walker / Helen Lenthall / Jennifer Jackson / Stephanie Ubiparipovic / ...著者: Romain Rouet / Jake Y Henry / Matt D Johansen / Meghna Sobti / Harikrishnan Balachandran / David B Langley / Gregory J Walker / Helen Lenthall / Jennifer Jackson / Stephanie Ubiparipovic / Ohan Mazigi / Peter Schofield / Deborah L Burnett / Simon H J Brown / Marianne Martinello / Bernard Hudson / Nicole Gilroy / Jeffrey J Post / Anthony Kelleher / Hans-Martin Jäck / Christopher C Goodnow / Stuart G Turville / William D Rawlinson / Rowena A Bull / Alastair G Stewart / Philip M Hansbro / Daniel Christ / 要旨: Emerging variants of concern (VOCs) are threatening to limit the effectiveness of SARS-CoV-2 monoclonal antibodies and vaccines currently used in clinical practice; broadly neutralizing antibodies ...Emerging variants of concern (VOCs) are threatening to limit the effectiveness of SARS-CoV-2 monoclonal antibodies and vaccines currently used in clinical practice; broadly neutralizing antibodies and strategies for their identification are therefore urgently required. Here we demonstrate that broadly neutralizing antibodies can be isolated from peripheral blood mononuclear cells of convalescent patients using SARS-CoV-2 receptor binding domains carrying epitope-specific mutations. This is exemplified by two human antibodies, GAR05, binding to epitope class 1, and GAR12, binding to a new epitope class 6 (located between class 3 and 5). Both antibodies broadly neutralize VOCs, exceeding the potency of the clinical monoclonal sotrovimab (S309) by orders of magnitude. They also provide prophylactic and therapeutic in vivo protection of female hACE2 mice against viral challenge. Our results indicate that exposure to SARS-CoV-2 induces antibodies that maintain broad neutralization against emerging VOCs using two unique strategies: either by targeting the divergent class 1 epitope in a manner resistant to VOCs (ACE2 mimicry, as illustrated by GAR05 and mAbs P2C-1F11/S2K14); or alternatively, by targeting rare and highly conserved epitopes, such as the new class 6 epitope identified here (as illustrated by GAR12). Our results provide guidance for next generation monoclonal antibody development and vaccine design. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25699.map.gz | 230 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25699-v30.xml emd-25699.xml | 13.4 KB 13.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_25699.png | 59.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25699 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25699 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25699_validation.pdf.gz | 483 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25699_full_validation.pdf.gz | 482.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25699_validation.xml.gz | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25699_validation.cif.gz | 8.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25699 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25699 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25699.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : VFLIP Spike trimer with GAR03 FAB
全体 | 名称: VFLIP Spike trimer with GAR03 FAB |
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要素 |
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-超分子 #1: VFLIP Spike trimer with GAR03 FAB
超分子 | 名称: VFLIP Spike trimer with GAR03 FAB / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 138.736516 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QCVNLTTRTQ LPPAYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPFFSNVT WFHAIHVSGT NGTKRFDNPV LPFNDGVYFA STEKSNIIR GWIFGTTLDS KTQSLLIVNN ATNVVIKVCE FQFCNDPFLG VYYHKNNKSW MESEFRVYSS ANNCTFEYVS Q PFLMDLEG ...文字列: QCVNLTTRTQ LPPAYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPFFSNVT WFHAIHVSGT NGTKRFDNPV LPFNDGVYFA STEKSNIIR GWIFGTTLDS KTQSLLIVNN ATNVVIKVCE FQFCNDPFLG VYYHKNNKSW MESEFRVYSS ANNCTFEYVS Q PFLMDLEG KQGNFKNLRE FVFKNIDGYF KIYSKHTPIN LVRDLPQGFS ALEPLVDLPI GINITRFQTL LALHRSYLTP GD SSSGWTA GAAAYYVGYL QPRTFLLKYN ENGTITDAVD CALDPLSETK CTLKSFTVEK GIYQTSNFRV QPTESIVRFP NIT NLCPFG EVFNATRFAS VYAWNRKRIS NCVADYSVLY NSASFSTFKC YGVSPTKLND LCFTNVYADS FVIRGDEVRQ IAPG QTGKI ADYNYKLPDD FTGCVIAWNS NNLDSKVGGN YNYLYRLFRK SNLKPFERDI STEIYQAGST PCNGVEGFNC YFPLQ SYGF QPTNGVGYQP YRVVVLSFEL LHAPATVCGP KKSTNLVKNK CVNFNFNGLT GTGVLTESNK KFLPFQQFGR DIADTT DAV RDPQTLEILD ITPCSFGGVS VITPGTNTSN QVAVLYQGVN CTEVPVAIHA DQLTPTWRVY STGSNVFQTR AGCLIGA EH VNNSYECDIP IGAGICASYQ GGSGGSSIIA YTMSLGAENS VACSNNSIAI PTNFTISVTT EILPVSMTKT SVDCTMYI C GDSTECSNLL LQYGSFCTQL NRALTGIAVE QDKNTQEVFA QVKQIYKTPP IKDFGGFNFS QILPDPSKPS KRSPIEDLL FNKVTLADAG FIKQYGDCLG DIAARDLICA QKFNGLTVLP PLLTDEMIAQ YTSALLAGTI CSGWTFGAGP ALQIPFPMQM AYRFNGIGV TQNVLYENQK LIANQFNSAI GKIQDSLSST PSALGKLQDV VNQNAQALNT LVKQLSSNFG AISSVLNDIL S RLDKPEAE VQIDRLITGR LQSLQTYVTQ QLIRAAEIRA SANLAATKMS ECVLGQSKRV DFCGKGYHLM SFPQSAPHGV VF LHVTYVP AQEKNFTTAP AICHDGKAHF PREGVFVSNG THWFVTQRNF YEPQIITTDN TFVSGNCDVV IGIVNNTVYD PLQ PELDSF KEELDKYFKN HTSPDVDLGD ISGINASVVN IQKEIDRLNE VAKNLNESLI DLQELGKYEQ YIKGSGYIPE APRD GQAYV RKDGEWVLLS TFLLEVLFQG PAGWSHPQFE KGGGSGGGSG GGSWSHPQFE K |
-分子 #2: GAR03 Fab heavy chain
分子 | 名称: GAR03 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.705656 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFS SYDINWVRQA PGQGLEWMGW MSPNSGNTGY AQKFQGRVTM TRSTSMSTAY MELSSLRSE DTAVYFCARM SSSLTNYLDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFS SYDINWVRQA PGQGLEWMGW MSPNSGNTGY AQKFQGRVTM TRSTSMSTAY MELSSLRSE DTAVYFCARM SSSLTNYLDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSCGSHHH HHH |
-分子 #3: GAR03 Fab light chain
分子 | 名称: GAR03 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 22.970273 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: SYVLTQPPSV AVAPGQTARI RCGENDIGSK NVHWYQQKSG QAPVLVVYDD SDRPSGIPER FSGSNSGNTA TLTISRVEAG DEADYYCQV WDSTGDHPDV VFGGGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP ...文字列: SYVLTQPPSV AVAPGQTARI RCGENDIGSK NVHWYQQKSG QAPVLVVYDD SDRPSGIPER FSGSNSGNTA TLTISRVEAG DEADYYCQV WDSTGDHPDV VFGGGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTEC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 130129 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |