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万見
- EMDB-25655: CryoEM map of anchor 222-1C06 Fab and lateral patch 2B05 Fab bind... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25655
タイトルCryoEM map of anchor 222-1C06 Fab and lateral patch 2B05 Fab binding H1 HA
マップデータCryoEM map of anchor 222-1C06 Fab and lateral patch 2B05 Fab binding H1 HA
試料
  • 複合体: CryoEM map of anchor 222-1C06 Fab and lateral patch 2B05 Fab binding H1 HA
    • 複合体: Monoclonal antibodies 222-1C06 and 2B05
      • タンパク質・ペプチド: 2B05 mAb light chain
      • タンパク質・ペプチド: 2B05 mAb heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 222-1C06 mAb heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 222-1C06 mAb light chain
    • 複合体: Hemagglutinin
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードanchor / antibodies / influenza A virus / hemagglutinin / IMMUNE SYSTEM / Viral Protein-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A/California/04/2009(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.38 Å
データ登録者Han J / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00051 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Broadly neutralizing antibodies target a haemagglutinin anchor epitope.
著者: Jenna J Guthmiller / Julianna Han / Henry A Utset / Lei Li / Linda Yu-Ling Lan / Carole Henry / Christopher T Stamper / Meagan McMahon / George O'Dell / Monica L Fernández-Quintero / Alec W ...著者: Jenna J Guthmiller / Julianna Han / Henry A Utset / Lei Li / Linda Yu-Ling Lan / Carole Henry / Christopher T Stamper / Meagan McMahon / George O'Dell / Monica L Fernández-Quintero / Alec W Freyn / Fatima Amanat / Olivia Stovicek / Lauren Gentles / Sara T Richey / Alba Torrents de la Peña / Victoria Rosado / Haley L Dugan / Nai-Ying Zheng / Micah E Tepora / Dalia J Bitar / Siriruk Changrob / Shirin Strohmeier / Min Huang / Adolfo García-Sastre / Klaus R Liedl / Jesse D Bloom / Raffael Nachbagauer / Peter Palese / Florian Krammer / Lynda Coughlan / Andrew B Ward / Patrick C Wilson /
要旨: Broadly neutralizing antibodies that target epitopes of haemagglutinin on the influenza virus have the potential to provide near universal protection against influenza virus infection. However, viral ...Broadly neutralizing antibodies that target epitopes of haemagglutinin on the influenza virus have the potential to provide near universal protection against influenza virus infection. However, viral mutants that escape broadly neutralizing antibodies have been reported. The identification of broadly neutralizing antibody classes that can neutralize viral escape mutants is critical for universal influenza virus vaccine design. Here we report a distinct class of broadly neutralizing antibodies that target a discrete membrane-proximal anchor epitope of the haemagglutinin stalk domain. Anchor epitope-targeting antibodies are broadly neutralizing across H1 viruses and can cross-react with H2 and H5 viruses that are a pandemic threat. Antibodies that target this anchor epitope utilize a highly restricted repertoire, which encodes two public binding motifs that make extensive contacts with conserved residues in the fusion peptide. Moreover, anchor epitope-targeting B cells are common in the human memory B cell repertoire and were recalled in humans by an oil-in-water adjuvanted chimeric haemagglutinin vaccine, which is a potential universal influenza virus vaccine. To maximize protection against seasonal and pandemic influenza viruses, vaccines should aim to boost this previously untapped source of broadly neutralizing antibodies that are widespread in the human memory B cell pool.
履歴
登録2021年12月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月12日-
マップ公開2022年1月12日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.24
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.24
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7t3d
  • 表面レベル: 0.24
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7t3d
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25655.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25655.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM map of anchor 222-1C06 Fab and lateral patch 2B05 Fab binding H1 HA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 320 pix.
= 368. Å		1.15 Å/pix.
x 320 pix.
= 368. Å		1.15 Å/pix.
x 320 pix.
= 368. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.24 / ムービー #1: 0.24
最小 - 最大-0.69306785 - 1.5040632
平均 (標準偏差)-0.0009095331 (±0.042256244)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 368.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.151.151.15
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z368.000368.000368.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ253841
NX/NY/NZ999350
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.6931.504-0.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_25655_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: CryoEM half map of anchor 222-1C06 Fab and...

ファイルemd_25655_half_map_1.map
注釈CryoEM half map of anchor 222-1C06 Fab and lateral patch 2B05 Fab binding H1 HA
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: CryoEM half map of anchor 222-1C06 Fab and...

ファイルemd_25655_half_map_2.map
注釈CryoEM half map of anchor 222-1C06 Fab and lateral patch 2B05 Fab binding H1 HA
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CryoEM map of anchor 222-1C06 Fab and lateral patch 2B05 Fab bind...

全体名称: CryoEM map of anchor 222-1C06 Fab and lateral patch 2B05 Fab binding H1 HA
要素
  • 複合体: CryoEM map of anchor 222-1C06 Fab and lateral patch 2B05 Fab binding H1 HA
    • 複合体: Monoclonal antibodies 222-1C06 and 2B05
      • タンパク質・ペプチド: 2B05 mAb light chain
      • タンパク質・ペプチド: 2B05 mAb heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 222-1C06 mAb heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 222-1C06 mAb light chain
    • 複合体: Hemagglutinin
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: CryoEM map of anchor 222-1C06 Fab and lateral patch 2B05 Fab bind...

超分子名称: CryoEM map of anchor 222-1C06 Fab and lateral patch 2B05 Fab binding H1 HA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: Monoclonal antibodies 222-1C06 and 2B05

超分子名称: Monoclonal antibodies 222-1C06 and 2B05 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Hemagglutinin

超分子名称: Hemagglutinin / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/California/04/2009(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)

+
分子 #1: Hemagglutinin HA1 chain

分子名称: Hemagglutinin HA1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/California/04/2009(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: swl A/California/04/2009 H1N1
分子量理論値: 36.729402 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ADPGDTLCIG YHANNSTDTV DTVLEKNVTV THSVNLLEDK HNGKLCKLRG VAPLHLGKCN IAGWILGNPE CESLSTASSW SYIVETPSS DNGTCYPGDF IDYEELREQL SSVSSFERFE IFPKTSSWPN HDSNKGVTAA CPHAGAKSFY KNLIWLVKKG N SYPKLSKS ...文字列:
ADPGDTLCIG YHANNSTDTV DTVLEKNVTV THSVNLLEDK HNGKLCKLRG VAPLHLGKCN IAGWILGNPE CESLSTASSW SYIVETPSS DNGTCYPGDF IDYEELREQL SSVSSFERFE IFPKTSSWPN HDSNKGVTAA CPHAGAKSFY KNLIWLVKKG N SYPKLSKS YINDKGKEVL VLWGIHHPST SADQQSLYQN ADTYVFVGSS RYSKKFKPEI AIRPKVRDQE GRMNYYWTLV EP GDKITFE ATGNLVVPRY AFAMERNAGS GIIISDTPVH DCNTTCQTPK GAINTSLPFQ NIHPITIGKC PKYVKSTKLR LAT GLRNIP SIQSR

UniProtKB: Hemagglutinin

+
分子 #2: Hemagglutinin HA2 chain

分子名称: Hemagglutinin HA2 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/California/04/2009(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: swl A/California/04/2009 H1N1
分子量理論値: 19.977125 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GLFGAIAGFI EGGWTGMVDG WYGYHHQNEQ GSGYAADLKS TQNAIDKITN KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NHLEKRIENL NKKVDDGFL DIWTYNAELL VLLENERTLD YHDSNVKNLY EKVRSQLKNN AKEIGNGCFE FYHKCDNTCM ESVKNGTYDY P KYSEEAKL NREEID

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #3: 2B05 mAb light chain

分子名称: 2B05 mAb light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.76912 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIQMTQSPSS LSAFVGDRVT IACQASQDIR IHLNWYQQKP GKAPKLLIYD ASNLEAGVPS RFSGSGSGTD FTFTISSLQP EDIATYYCQ HYHNLPRTFG GGTKVEIK

+
分子 #4: 2B05 mAb heavy chain

分子名称: 2B05 mAb heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.805238 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
VQLLESGGGL VQPGGSLSLS CAASGFTFSS FAMSWVRQAP VKGLEWVSMI SAGGGNTYYA DSVKGRFTIS RDNSKSTLYL QMSSLTAED TAVYYCAKSD SSGFQYGRRE FWGQGTLVTV S

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分子 #5: 222-1C06 mAb heavy chain

分子名称: 222-1C06 mAb heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.528006 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVESGGD LVQPGGSLRL SCVVSGFTFS TYSMNWVRQA PGKGLEWVSY ISSSSLSRYY ADSVKGRFTI SRDNAKNSLS LQLNSLRAE DTAVYYCVRG SITWPTEYYL DYWGQGTLVT VSS

+
分子 #6: 222-1C06 mAb light chain

分子名称: 222-1C06 mAb light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.657012 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EIVMTQSPAT LSVSPGERAT LSCRASQTIR SDLAWYQQKP GQPPRLIIYG ASTRATGIPA RFSGSGSGTE FTLTISSLQS EDSAVYFCQ QYNNWPPLTF GGGTKVEIK

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 15 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: Tris-buffered saline
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 49.9 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7mem

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 48846
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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