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万見
- EMDB-25643: Negative stain map of polyclonal Fab 241.14 binding the anchor ep... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25643
タイトルNegative stain map of polyclonal Fab 241.14 binding the anchor epitope of H1 HA
マップデータNegative stain map of polyclonal Fab 241.14 binding the anchor epitope of H1 HA
試料
  • 複合体: Negative stain map of polyclonal Fab 241.14 binding the anchor epitope of H1 HA
    • 複合体: Polyclonal Fab
    • 複合体: Hemagglutinin
キーワードanchor / antibodies / influenza A virus / hemagglutinin / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Han J / Richey ST / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00051 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Broadly neutralizing antibodies target a haemagglutinin anchor epitope.
著者: Jenna J Guthmiller / Julianna Han / Henry A Utset / Lei Li / Linda Yu-Ling Lan / Carole Henry / Christopher T Stamper / Meagan McMahon / George O'Dell / Monica L Fernández-Quintero / Alec W ...著者: Jenna J Guthmiller / Julianna Han / Henry A Utset / Lei Li / Linda Yu-Ling Lan / Carole Henry / Christopher T Stamper / Meagan McMahon / George O'Dell / Monica L Fernández-Quintero / Alec W Freyn / Fatima Amanat / Olivia Stovicek / Lauren Gentles / Sara T Richey / Alba Torrents de la Peña / Victoria Rosado / Haley L Dugan / Nai-Ying Zheng / Micah E Tepora / Dalia J Bitar / Siriruk Changrob / Shirin Strohmeier / Min Huang / Adolfo García-Sastre / Klaus R Liedl / Jesse D Bloom / Raffael Nachbagauer / Peter Palese / Florian Krammer / Lynda Coughlan / Andrew B Ward / Patrick C Wilson /
要旨: Broadly neutralizing antibodies that target epitopes of haemagglutinin on the influenza virus have the potential to provide near universal protection against influenza virus infection. However, viral ...Broadly neutralizing antibodies that target epitopes of haemagglutinin on the influenza virus have the potential to provide near universal protection against influenza virus infection. However, viral mutants that escape broadly neutralizing antibodies have been reported. The identification of broadly neutralizing antibody classes that can neutralize viral escape mutants is critical for universal influenza virus vaccine design. Here we report a distinct class of broadly neutralizing antibodies that target a discrete membrane-proximal anchor epitope of the haemagglutinin stalk domain. Anchor epitope-targeting antibodies are broadly neutralizing across H1 viruses and can cross-react with H2 and H5 viruses that are a pandemic threat. Antibodies that target this anchor epitope utilize a highly restricted repertoire, which encodes two public binding motifs that make extensive contacts with conserved residues in the fusion peptide. Moreover, anchor epitope-targeting B cells are common in the human memory B cell repertoire and were recalled in humans by an oil-in-water adjuvanted chimeric haemagglutinin vaccine, which is a potential universal influenza virus vaccine. To maximize protection against seasonal and pandemic influenza viruses, vaccines should aim to boost this previously untapped source of broadly neutralizing antibodies that are widespread in the human memory B cell pool.
履歴
登録2021年12月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月12日-
マップ公開2022年1月12日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25643.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25643.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain map of polyclonal Fab 241.14 binding the anchor epitope of H1 HA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.77 Å/pix.
x 160 pix.
= 283.2 Å		1.77 Å/pix.
x 160 pix.
= 283.2 Å		1.77 Å/pix.
x 160 pix.
= 283.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.77 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大-0.04243115 - 0.06271663
平均 (標準偏差)0.00031655893 (±0.005135665)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 283.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.771.771.77
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z283.200283.200283.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ535354
NX/NY/NZ132140135
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.0420.0630.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Negative stain map of polyclonal Fab 241.14 binding the anchor ep...

全体名称: Negative stain map of polyclonal Fab 241.14 binding the anchor epitope of H1 HA
要素
  • 複合体: Negative stain map of polyclonal Fab 241.14 binding the anchor epitope of H1 HA
    • 複合体: Polyclonal Fab
    • 複合体: Hemagglutinin

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超分子 #1: Negative stain map of polyclonal Fab 241.14 binding the anchor ep...

超分子名称: Negative stain map of polyclonal Fab 241.14 binding the anchor epitope of H1 HA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: A/Michigan/45/2015 H1N1

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超分子 #2: Polyclonal Fab

超分子名称: Polyclonal Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Hemagglutinin

超分子名称: Hemagglutinin / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: A/Michigan/45/2015 H1N1

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: Tris-buffered saline
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4m4y

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1362
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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