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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25195 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of SMCT1 | |||||||||
マップデータ | sodium monocarboxylate cotransporter | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 propionate transmembrane transporter activity / propanoate transmembrane transport / short-chain fatty acid transmembrane transport / passive transmembrane transporter activity / monocarboxylate:sodium symporter activity / organic acid:sodium symporter activity / Organic anion transporters / monocarboxylic acid transmembrane transporter activity / lactate transmembrane transporter activity / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway ...propionate transmembrane transporter activity / propanoate transmembrane transport / short-chain fatty acid transmembrane transport / passive transmembrane transporter activity / monocarboxylate:sodium symporter activity / organic acid:sodium symporter activity / Organic anion transporters / monocarboxylic acid transmembrane transporter activity / lactate transmembrane transporter activity / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / Nicotinamide salvaging / symporter activity / sodium ion transport / monoatomic ion transport / membrane => GO:0016020 / apical plasma membrane / apoptotic process / extracellular exosome / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Qu Q / Han L / Panova O / Feng L / Skiniotis G | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Structure and mechanism of the SGLT family of glucose transporters. 著者: Lei Han / Qianhui Qu / Deniz Aydin / Ouliana Panova / Michael J Robertson / Yan Xu / Ron O Dror / Georgios Skiniotis / Liang Feng / 要旨: Glucose is a primary energy source in living cells. The discovery in 1960s that a sodium gradient powers the active uptake of glucose in the intestine heralded the concept of a secondary active ...Glucose is a primary energy source in living cells. The discovery in 1960s that a sodium gradient powers the active uptake of glucose in the intestine heralded the concept of a secondary active transporter that can catalyse the movement of a substrate against an electrochemical gradient by harnessing energy from another coupled substrate. Subsequently, coupled Na/glucose transport was found to be mediated by sodium-glucose cotransporters (SGLTs). SGLTs are responsible for active glucose and galactose absorption in the intestine and for glucose reabsorption in the kidney, and are targeted by multiple drugs to treat diabetes. Several members within the SGLT family transport key metabolites other than glucose. Here we report cryo-electron microscopy structures of the prototypic human SGLT1 and a related monocarboxylate transporter SMCT1 from the same family. The structures, together with molecular dynamics simulations and functional studies, define the architecture of SGLTs, uncover the mechanism of substrate binding and selectivity, and shed light on water permeability of SGLT1. These results provide insights into the multifaceted functions of SGLTs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25195.map.gz | 21 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25195-v30.xml emd-25195.xml | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_25195.png | 51.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25195 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25195 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25195_validation.pdf.gz | 350 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25195_full_validation.pdf.gz | 349.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25195_validation.xml.gz | 5.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25195_validation.cif.gz | 6.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25195 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25195 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25195.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sodium monocarboxylate cotransporter | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : SMCT1 and nanobody complex
全体 | 名称: SMCT1 and nanobody complex |
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要素 |
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-超分子 #1: SMCT1 and nanobody complex
超分子 | 名称: SMCT1 and nanobody complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Sodium-coupled monocarboxylate transporter 1
分子 | 名称: Sodium-coupled monocarboxylate transporter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 67.636219 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MDTPRGIGTF VVWDYVVFAG MLVISAAIGI YYAFAGGGQQ TSKDFLMGGR RMTAVPVALS LTASFMSAVT VLGTPSEVYR FGAIFSIFA FTYFFVVVIS AEVFLPVFYK LGITSTYEYL ELRFNKCVRL CGTVLFIVQT ILYTGIVIYA PALALNQVTG F DLWGAVVA ...文字列: MDTPRGIGTF VVWDYVVFAG MLVISAAIGI YYAFAGGGQQ TSKDFLMGGR RMTAVPVALS LTASFMSAVT VLGTPSEVYR FGAIFSIFA FTYFFVVVIS AEVFLPVFYK LGITSTYEYL ELRFNKCVRL CGTVLFIVQT ILYTGIVIYA PALALNQVTG F DLWGAVVA TGVVCTFYCT LGGLKAVIWT DVFQVGIMVA GFASVIIQAV VMQGGISTIL NDAYDGGRLN FWNFNPNPLQ RH TFWTIII GGTFTWTSIY GVNQSQVQRY ISCKSRFQAK LSLYINLVGL WAILTCSVFC GLALYSRYHD CDPWTAKKVS APD QLMPYL VLDILQDYPG LPGLFVACAY SGTLSTVSSS INALAAVTVE DLIKPYFRSL SERSLSWISQ GMSVVYGALC IGMA ALASL MGALLQAALS VFGMVGGPLM GLFALGILVP FANSIGALVG LMAGFAISLW VGIGAQIYPP LPERTLPLHL DIQGC NSTY NETNLMTTTE MPFTTSVFQI YNVQRTPLMD NWYSLSYLYF STVGTLVTLL VGILVSLSTG GRKQNLDPRY ILTKED FLS NFDIFKKKKH VLSYKSHPVE DGGTDNPAFN HIELNSDQSG KSNGTRLSNS LEVLFQ |
-分子 #2: nanobody Nb2
分子 | 名称: nanobody Nb2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 14.441961 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAQVQLQESG GGLVQAGGSL RLSCAASGNI STRAGMGWYR QAPGKEREFV ASINWGAITN YADSVKGRFT ISRDNAKNTV YLQMNSLKP EDTAVYYCAV EYKYGPQRSD TYYYWGQGTQ VTVSSHHHHH H |
-分子 #3: butanoic acid
分子 | 名称: butanoic acid / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: BUA |
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分子量 | 理論値: 88.105 Da |
Chemical component information | ChemComp-BUA: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 56.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 173859 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |