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- EMDB-25185: Ab initio structure of proteinase K from electron-counted MicroED data -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25185
タイトルAb initio structure of proteinase K from electron-counted MicroED data
マップデータ1.5A resolution 2mFo-dFc MicroED map of proteinase K determined ab initio by electron-counted data
試料
  • 複合体: Proteinase K
    • タンパク質・ペプチド: Proteinase K
  • リガンド: 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water
キーワードHydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. ...Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Parengyodontium album (菌類)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Martynowycz MW / Clabbers MTB
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM136508 米国
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2022
タイトル: Ab initio phasing macromolecular structures using electron-counted MicroED data.
著者: Michael W Martynowycz / Max T B Clabbers / Johan Hattne / Tamir Gonen /
要旨: Structures of two globular proteins were determined ab initio using microcrystal electron diffraction (MicroED) data that were collected on a direct electron detector in counting mode. Microcrystals ...Structures of two globular proteins were determined ab initio using microcrystal electron diffraction (MicroED) data that were collected on a direct electron detector in counting mode. Microcrystals were identified using a scanning electron microscope (SEM) and thinned with a focused ion beam (FIB) to produce crystalline lamellae of ideal thickness. Continuous-rotation data were collected using an ultra-low exposure rate to enable electron counting in diffraction. For the first sample, triclinic lysozyme extending to a resolution of 0.87 Å, an ideal helical fragment of only three alanine residues provided initial phases. These phases were improved using density modification, allowing the entire atomic structure to be built automatically. A similar approach was successful on a second macromolecular sample, proteinase K, which is much larger and diffracted to a resolution of 1.5 Å. These results demonstrate that macromolecules can be determined to sub-ångström resolution by MicroED and that ab initio phasing can be successfully applied to counting data.
履歴
登録2021年10月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月8日-
マップ公開2022年6月8日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25185.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25185.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈1.5A resolution 2mFo-dFc MicroED map of proteinase K determined ab initio by electron-counted data
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.37 Å/pix.
x 137 pix.
= 67.08 Å		0.37 Å/pix.
x 147 pix.
= 67.08 Å		0.37 Å/pix.
x 134 pix.
= 106.78 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX: 0.37267 Å / Y: 0.37267 Å / Z: 0.37076 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.5
最小 - 最大-2.7613127 - 12.3482485
平均 (標準偏差)-0.0034129387 (±0.9709549)
対称性空間群: 96
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin-30-6953
サイズ147134137
Spacing180180288
セルA: 67.08 Å / B: 67.08 Å / C: 106.78 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Proteinase K

全体名称: Proteinase K
要素
  • 複合体: Proteinase K
    • タンパク質・ペプチド: Proteinase K
  • リガンド: 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Proteinase K

超分子名称: Proteinase K / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Parengyodontium album (菌類)
分子量理論値: 28 KDa

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分子 #1: Proteinase K

分子名称: Proteinase K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: peptidase K
由来(天然)生物種: Parengyodontium album (菌類)
分子量理論値: 28.930783 KDa
配列文字列: AAQTNAPWGL ARISSTSPGT STYYYDESAG QGSCVYVIDT GIEASHPEFE GRAQMVKTYY YSSRDGNGHG THCAGTVGSR TYGVAKKTQ LFGVKVLDDN GSGQYSTIIA GMDFVASDKN NRNCPKGVVA SLSLGGGYSS SVNSAAARLQ SSGVMVAVAA G NNNADARN ...文字列:
AAQTNAPWGL ARISSTSPGT STYYYDESAG QGSCVYVIDT GIEASHPEFE GRAQMVKTYY YSSRDGNGHG THCAGTVGSR TYGVAKKTQ LFGVKVLDDN GSGQYSTIIA GMDFVASDKN NRNCPKGVVA SLSLGGGYSS SVNSAAARLQ SSGVMVAVAA G NNNADARN YSPASEPSVC TVGASDRYDR RSSFSNYGSV LDIFGPGTSI LSTWIGGSTR SISGTSMATP HVAGLAAYLM TL GKTTAAS ACRYIADTAN KGDLSNIPFG TVNLLAYNNY QA

UniProtKB: Proteinase K

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分子 #2: 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid

分子名称: 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: I3C
分子量理論値: 558.835 Da
Chemical component information

ChemComp-I3C:
5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid / 5-アミノ-2,4,6-トリヨ-ドイソフタル酸

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分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 234 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 10 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: NEGATIVE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA PLUNGER
詳細Milled microcrystals

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 77.0 K / 最高: 90.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1 / 回折像の数: 840 / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 0.001 e/Å2
詳細: 0.15 degrees per second, 0.5 second readout, 30 to -30 degrees
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / Cs: 2.7 mm / カメラ長: 1738 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN / 傾斜角度: -30.0, 30.0
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Binned by 2.
最終 再構成解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / ソフトウェア - 名称: REFMAC
Merging software listソフトウェア - 名称: AIMLESS
Crystallography statisticsNumber intensities measured: 416133 / Number structure factors: 39303 / Fourier space coverage: 98.87 / R sym: 0.087 / R merge: 0.277 / Overall phase error: 20 / Overall phase residual: 0 / Phase error rejection criteria: None / High resolution: 1.5 Å
詳細: Phases were determined by placing 4 ideal helix fragments. These were extended by chain tracing and density modifications.
殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 1.53 Å / 殻 - Low resolution: 1.5 Å / 殻 - Number structure factors: 1758 / 殻 - Phase residual: 30 / 殻 - Fourier space coverage: 89.3 / 殻 - Multiplicity: 8.9

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 14.137 / 当てはまり具合の基準: Maximum likelihood
得られたモデル

PDB-7skx:
Ab initio structure of proteinase K from electron-counted MicroED data

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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