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万見
- EMDB-25144: Structure of positive allosteric modulator-free active human calc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25144
タイトルStructure of positive allosteric modulator-free active human calcium-sensing receptor
マップデータ
試料
  • 複合体: Homodimer human calcium sensing receptor
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 1 of Extracellular calcium-sensing receptor
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CYCLOMETHYLTRYPTOPHAN
  • リガンド: PHOSPHATE ION
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: CHOLESTEROL
機能・相同性Isoform 1 of Extracellular calcium-sensing receptor
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Park J / Zuo H / Frangaj A / Fu Z / Yen LY / Zhang Z / Mosyak L / Slavkovich VN / Liu J / Ray KM ...Park J / Zuo H / Frangaj A / Fu Z / Yen LY / Zhang Z / Mosyak L / Slavkovich VN / Liu J / Ray KM / Cao B / Vallese F / Geng Y / Chen S / Grassucci R / Dandey VP / Tan YZ / Eng E / Lee Y / Kloss B / Liu Z / Hendrickson WA / Potter CS / Carragher B / Graziano J / Conigrave AD / Frank J / Clarke OB / Fan QR
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM141871 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM29169 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM116799 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM107462 米国
Simons FoundationSF349247 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Symmetric activation and modulation of the human calcium-sensing receptor.
著者: Jinseo Park / Hao Zuo / Aurel Frangaj / Ziao Fu / Laura Y Yen / Zhening Zhang / Lidia Mosyak / Vesna N Slavkovich / Jonathan Liu / Kimberly M Ray / Baohua Cao / Francesca Vallese / Yong Geng ...著者: Jinseo Park / Hao Zuo / Aurel Frangaj / Ziao Fu / Laura Y Yen / Zhening Zhang / Lidia Mosyak / Vesna N Slavkovich / Jonathan Liu / Kimberly M Ray / Baohua Cao / Francesca Vallese / Yong Geng / Shaoxia Chen / Robert Grassucci / Venkata P Dandey / Yong Zi Tan / Edward Eng / Yeji Lee / Brian Kloss / Zheng Liu / Wayne A Hendrickson / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Joseph Graziano / Arthur D Conigrave / Joachim Frank / Oliver B Clarke / Qing R Fan /
要旨: The human extracellular calcium-sensing (CaS) receptor controls plasma Ca levels and contributes to nutrient-dependent maintenance and metabolism of diverse organs. Allosteric modulation of the CaS ...The human extracellular calcium-sensing (CaS) receptor controls plasma Ca levels and contributes to nutrient-dependent maintenance and metabolism of diverse organs. Allosteric modulation of the CaS receptor corrects disorders of calcium homeostasis. Here, we report the cryogenic-electron microscopy reconstructions of a near-full-length CaS receptor in the absence and presence of allosteric modulators. Activation of the homodimeric CaS receptor requires a break in the transmembrane 6 (TM6) helix of each subunit, which facilitates the formation of a TM6-mediated homodimer interface and expansion of homodimer interactions. This transformation in TM6 occurs without a positive allosteric modulator. Two modulators with opposite functional roles bind to overlapping sites within the transmembrane domain through common interactions, acting to stabilize distinct rotamer conformations of key residues on the TM6 helix. The positive modulator reinforces TM6 distortion and maximizes subunit contact to enhance receptor activity, while the negative modulator strengthens an intact TM6 to dampen receptor function. In both active and inactive states, the receptor displays symmetrical transmembrane conformations that are consistent with its homodimeric assembly.
履歴
登録2021年10月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月19日-
マップ公開2022年1月19日-
更新2022年1月19日-
現状2022年1月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7sim
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25144.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25144.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 240 pix.
= 199.2 Å		0.83 Å/pix.
x 150 pix.
= 124.5 Å		0.83 Å/pix.
x 137 pix.
= 113.71 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-0.76230997 - 13.847026
平均 (標準偏差)0.051946875 (±0.22477719)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin181188146
サイズ150137240
Spacing137150240
セルA: 113.71 Å / B: 124.5 Å / C: 199.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.830.830.83
M x/y/z137150240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z113.710124.500199.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS188181146
NC/NR/NS137150240
D min/max/mean-0.76213.8470.052

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Homodimer human calcium sensing receptor

全体名称: Homodimer human calcium sensing receptor
要素
  • 複合体: Homodimer human calcium sensing receptor
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 1 of Extracellular calcium-sensing receptor
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CYCLOMETHYLTRYPTOPHAN
  • リガンド: PHOSPHATE ION
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: Homodimer human calcium sensing receptor

超分子名称: Homodimer human calcium sensing receptor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK 293 GnTl- / 組換プラスミド: modified bacMam
分子量理論値: 192 KDa

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分子 #1: Isoform 1 of Extracellular calcium-sensing receptor

分子名称: Isoform 1 of Extracellular calcium-sensing receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 99.299461 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAFYSCCWVL LALTWHTSAY GPDQRAQKKG DIILGGLFPI HFGVAAKDQD LKSRPESVEC IRYNFRGFRW LQAMIFAIEE INSSPALLP NLTLGYRIFD TCNTVSKALE ATLSFVAQNK IDSLNLDEFC NCSEHIPSTI AVVGATGSGV STAVANLLGL F YIPQVSYA ...文字列:
MAFYSCCWVL LALTWHTSAY GPDQRAQKKG DIILGGLFPI HFGVAAKDQD LKSRPESVEC IRYNFRGFRW LQAMIFAIEE INSSPALLP NLTLGYRIFD TCNTVSKALE ATLSFVAQNK IDSLNLDEFC NCSEHIPSTI AVVGATGSGV STAVANLLGL F YIPQVSYA SSSRLLSNKN QFKSFLRTIP NDEHQATAMA DIIEYFRWNW VGTIAADDDY GRPGIEKFRE EAEERDICID FS ELISQYS DEEEIQHVVE VIQNSTAKVI VVFSSGPDLE PLIKEIVRRN ITGKIWLASE AWASSSLIAM PQYFHVVGGT IGF ALKAGQ IPGFREFLKK VHPRKSVHNG FAKEFWEETF NCHLQEGAKG PLPVDTFLRG HEESGDRFSN SSTAFRPLCT GDEN ISSVE TPYIDYTHLR ISYNVYLAVY SIAHALQDIY TCLPGRGLFT NGSCADIKKV EAWQVLKHLR HLNFTNNMGE QVTFD ECGD LVGNYSIINW HLSPEDGSIV FKEVGYYNVY AKKGERLFIN EEKILWSGFS REVPFSNCSR DCLAGTRKGI IEGEPT CCF ECVECPDGEY SDETDASACN KCPDDFWSNE NHTSCIAKEI EFLSWTEPFG IALTLFAVLG IFLTAFVLGV FIKFRNT PI VKATNRELSY LLLFSLLCCF SSSLFFIGEP QDWTCRLRQP AFGISFVLCI SCILVKTNRV LLVFEAKIPT SFHRKWWG L NLQFLLVFLC TFMQIVICVI WLYTAPPSSY RNQELEDEII FITCHEGSLM ALGFLIGYTC LLAAICFFFA FKSRKLPEN FNEAKFITFS MLIFFIVWIS FIPAYASTYG KFVSAVEVIA ILAASFGLLA CIFFNKIYII LFKPSRNTIE DYKDDDDK

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #4: CYCLOMETHYLTRYPTOPHAN

分子名称: CYCLOMETHYLTRYPTOPHAN / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: TCR
分子量理論値: 216.236 Da
Chemical component information

ChemComp-TCR:
CYCLOMETHYLTRYPTOPHAN / 1,2,3,4-テトラヒドロ-β-カルボリン-3α-カルボン酸

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分子 #5: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

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分子 #6: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 8 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #7: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 8 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC8H18N2O4SHEPES
100.0 mMNaClSodium chloride
10.0 mMCaCl2Calcium chloride
30.0 uMC12H12N2O2TNCA
30.0 uMC18H22ClNOHClR568 HCl
0.02 %C56H92O25glycol-diosgenin
0.004 %C31H50O4Cholesteryl Hemisuccinate

詳細: Solution were made fresh from concentrated, and filtered to avoid microbial contamination.
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 4 seconds before plunging.
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最高: 100.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum ER / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
詳細Preliminary grid screening was performed manually.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 13246 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 70.35 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 892000
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.16)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio (cryoSPARC)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0) / 詳細: Global (ECD) 2.7A TM 3.5A / 使用した粒子像数: 105000
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.16) / ソフトウェア - 詳細: non-uniform refinement
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0)
詳細: non-uniform refinement and local refinement in cryoSPARC 3.0
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5k5s

chain_id: A, residue_range: 20-607

5k5s

chain_id: B, residue_range: 20-607
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7sim:
Structure of positive allosteric modulator-free active human calcium-sensing receptor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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