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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25136 | |||||||||
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タイトル | Structure of a partially disrupted IgE high affinity receptor complex bound to an omalizumab variant | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 high-affinity IgE receptor activity / adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / type I hypersensitivity / B cell antigen processing and presentation / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation ...high-affinity IgE receptor activity / adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / type I hypersensitivity / B cell antigen processing and presentation / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / IgE binding / type 2 immune response / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity / mast cell degranulation / B cell proliferation / macrophage differentiation / immunoglobulin mediated immune response / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / complement activation, classical pathway / antigen binding / FCERI mediated MAPK activation / B cell receptor signaling pathway / FCERI mediated NF-kB activation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / immune response / external side of plasma membrane / cell surface / extracellular space / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.29 Å | |||||||||
データ登録者 | Pennington LF / Jardetzky TS | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Directed evolution of and structural insights into antibody-mediated disruption of a stable receptor-ligand complex. 著者: Luke F Pennington / Pascal Gasser / Silke Kleinboelting / Chensong Zhang / Georgios Skiniotis / Alexander Eggel / Theodore S Jardetzky / 要旨: Antibody drugs exert therapeutic effects via a range of mechanisms, including competitive inhibition, allosteric modulation, and immune effector mechanisms. Facilitated dissociation is an additional ...Antibody drugs exert therapeutic effects via a range of mechanisms, including competitive inhibition, allosteric modulation, and immune effector mechanisms. Facilitated dissociation is an additional mechanism where antibody-mediated "disruption" of stable high-affinity macromolecular complexes can potentially enhance therapeutic efficacy. However, this mechanism is not well understood or utilized therapeutically. Here, we investigate and engineer the weak disruptive activity of an existing therapeutic antibody, omalizumab, which targets IgE antibodies to block the allergic response. We develop a yeast display approach to select for and engineer antibody disruptive efficiency and generate potent omalizumab variants that dissociate receptor-bound IgE. We determine a low resolution cryo-EM structure of a transient disruption intermediate containing the IgE-Fc, its partially dissociated receptor and an antibody inhibitor. Our results provide a conceptual framework for engineering disruptive inhibitors for other targets, insights into the failure in clinical trials of the previous high affinity omalizumab HAE variant and anti-IgE antibodies that safely and rapidly disarm allergic effector cells. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25136.map.gz | 59.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25136-v30.xml emd-25136.xml | 16.4 KB 16.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_25136.png | 44.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25136 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25136 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25136_validation.pdf.gz | 401.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25136_full_validation.pdf.gz | 401.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25136_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25136_validation.cif.gz | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25136 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25136 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25136.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8521 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Locked complex of IgE-Fc (G335C) and alpha chain of the high affi...
全体 | 名称: Locked complex of IgE-Fc (G335C) and alpha chain of the high affinity IgE receptor (W156C) bound to clone_7 scFV |
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要素 |
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-超分子 #1: Locked complex of IgE-Fc (G335C) and alpha chain of the high affi...
超分子 | 名称: Locked complex of IgE-Fc (G335C) and alpha chain of the high affinity IgE receptor (W156C) bound to clone_7 scFV タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha
分子 | 名称: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 22.541799 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: APMAEGGGQN HHHHHHHHGG ENLYFQGGSP KVSLNPPWNR IFKGENVTLT CNGNNFFEVS STKWFHNGSL SEETNSSLNI VNAKFEDSG EYKCQHQQVN ESEPVYLEVF SDWLLLQASA EVVMEGQPLF LRCHGWRNWD VYKVIYYKDG EALKYWYENH N ISITNATV ...文字列: APMAEGGGQN HHHHHHHHGG ENLYFQGGSP KVSLNPPWNR IFKGENVTLT CNGNNFFEVS STKWFHNGSL SEETNSSLNI VNAKFEDSG EYKCQHQQVN ESEPVYLEVF SDWLLLQASA EVVMEGQPLF LRCHGWRNWD VYKVIYYKDG EALKYWYENH N ISITNATV EDSGTYYCTG KVCQLDYESE PLNITVIKA |
-分子 #2: Immunoglobulin heavy constant epsilon
分子 | 名称: Immunoglobulin heavy constant epsilon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 35.77316 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: ASFTPPTVKI LQSSCDGGGH FPPTIQLLCL VSGYTPGTIN ITWLEDGQVM DVDLSTASTT QEGELASTQS ELTLSQKHWL SDRTYTCQV TYQGHTFEDS TKKCADSNPR CVSAYLSRPS PFDLFIRKSP TITCLVVDLA PSKGTVNLTW SRASGKPVNH S TRKEEKQR ...文字列: ASFTPPTVKI LQSSCDGGGH FPPTIQLLCL VSGYTPGTIN ITWLEDGQVM DVDLSTASTT QEGELASTQS ELTLSQKHWL SDRTYTCQV TYQGHTFEDS TKKCADSNPR CVSAYLSRPS PFDLFIRKSP TITCLVVDLA PSKGTVNLTW SRASGKPVNH S TRKEEKQR NGTLTVTSTL PVGTRDWIEG ETYQCRVTHP HLPRALMRST TKTSGPRAAP EVYAFATPEW PGSRDKRTLA CL IQNFMPE DISVQWLHNE VQLPDARHST TQPRKTKGSG FFVFSRLEVT RAEWEQKDEF ICRAVHEAAS PSQTVQRAVS VNP GK |
-分子 #3: clone_7 Variable fragment heavy chain
分子 | 名称: clone_7 Variable fragment heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.451814 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: ASEVQLVESG GGLVQPDGSL RLSCAVSGYN ITSGYSWNWI RQTPGKGLEW VASVTYDGST NYNPSVKGRI TISRDGSKNT FYLQMNSLR AEDTAVYYCA KGNNYFGHWH FAVWGQGTLV TVSS |
-分子 #4: clone_7 Variable fragment light chain
分子 | 名称: clone_7 Variable fragment light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 14.641863 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GSDIQLTQSP SSLSASVGDR VTITCRASKS VDSDGDSYMN WYQQKPGRAP KLLIYAASYL ESGVPSRFSG SGSGTHFTLT ISSLQPEDF ATYYCQQSHE DPYTFGQGTK VEIKGGSENL YFQGGSGHHH HHHHH |
-分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 523 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 44.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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詳細 | Initial local fitting done in Chimera, followed by auto dock, and a single round of real space refinement. Carbohydrates were automatically built in phenix when possible, and a handful of flagged outliers in geometry were fixed manually in Phenix. | ||||||||
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT | ||||||||
得られたモデル | PDB-7sht: |