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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24868 | ||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of modular PKS holo-Lsd14 stalled at the condensation step and bound to antibody fragment 1B2, composite structure | ||||||||||||
マップデータ | Composite map | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 6-deoxyerythronolide-B synthase / erythronolide synthase activity / macrolide biosynthetic process / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Streptomyces lasalocidi (バクテリア) / Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Bagde SR / Kim C-Y / Fromme JC | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2021 タイトル: Modular polyketide synthase contains two reaction chambers that operate asynchronously. 著者: Saket R Bagde / Irimpan I Mathews / J Christopher Fromme / Chu-Young Kim / 要旨: Type I modular polyketide synthases are homodimeric multidomain assembly line enzymes that synthesize a variety of polyketide natural products by performing polyketide chain extension and β-keto ...Type I modular polyketide synthases are homodimeric multidomain assembly line enzymes that synthesize a variety of polyketide natural products by performing polyketide chain extension and β-keto group modification reactions. We determined the 2.4-angstrom-resolution x-ray crystal structure and the 3.1-angstrom-resolution cryo–electron microscopy structure of the Lsd14 polyketide synthase, stalled at the transacylation and condensation steps, respectively. These structures revealed how the constituent domains are positioned relative to each other, how they rearrange depending on the step in the reaction cycle, and the specific interactions formed between the domains. Like the evolutionarily related mammalian fatty acid synthase, Lsd14 contains two reaction chambers, but only one chamber in Lsd14 has the full complement of catalytic domains, indicating that only one chamber produces the polyketide product at any given time. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24868.map.gz | 145.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24868-v30.xml emd-24868.xml | 24.4 KB 24.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24868.png | 109 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24868 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24868 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24868_validation.pdf.gz | 424.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24868_full_validation.pdf.gz | 424.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24868_validation.xml.gz | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24868_validation.cif.gz | 8.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24868 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24868 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24868.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 184 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Composite map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.043 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Dimeric holo-Lsd14 containing docking domains from DEBS module 3 ...
全体 | 名称: Dimeric holo-Lsd14 containing docking domains from DEBS module 3 (holo-Lsd14-DD*) bound to two copies each of Fab 1B2 light and heavy chains and NADP, treated with 2-Acetaminoethyl-thio-3-oxobutanoate |
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要素 |
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-超分子 #1: Dimeric holo-Lsd14 containing docking domains from DEBS module 3 ...
超分子 | 名称: Dimeric holo-Lsd14 containing docking domains from DEBS module 3 (holo-Lsd14-DD*) bound to two copies each of Fab 1B2 light and heavy chains and NADP, treated with 2-Acetaminoethyl-thio-3-oxobutanoate タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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分子量 | 理論値: 450 KDa |
-超分子 #2: Polyketide synthase
超分子 | 名称: Polyketide synthase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Streptomyces lasalocidi (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-超分子 #3: Fab 1B2 heavy chain, Fab 1B2 light chain
超分子 | 名称: Fab 1B2 heavy chain, Fab 1B2 light chain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) |
-分子 #1: 6-deoxyerythronolide-B synthase EryA2, modules 3 and 4, Lsd14 Pol...
分子 | 名称: 6-deoxyerythronolide-B synthase EryA2, modules 3 and 4, Lsd14 Polyketide synthase fusion タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 6-deoxyerythronolide-B synthase |
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由来(天然) | 生物種: Streptomyces lasalocidi (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 174.085734 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MVTDSEKVAE YLRRATLDLR AARQRIRELE SEPIAIIGMA CRLPGGVDSP EGLWELVDSG TDAIAGFPLD RGWDVEGMYD PDAEAPGKT YVKEAGFLYD AGEFDAGFFG ISPREAVSMD PQQRLMLEAS WEAFERAGLD PARQRGTATG VFVGATATGY V SPAAEVPE ...文字列: MVTDSEKVAE YLRRATLDLR AARQRIRELE SEPIAIIGMA CRLPGGVDSP EGLWELVDSG TDAIAGFPLD RGWDVEGMYD PDAEAPGKT YVKEAGFLYD AGEFDAGFFG ISPREAVSMD PQQRLMLEAS WEAFERAGLD PARQRGTATG VFVGATATGY V SPAAEVPE GAEGFAITGN MTAVTSGRIS YTLGLQGPAV TIDTACSSSL VALHLACQSL RQGECTTALA GGVTVMPTPT AF TEFSRQR GLAPDGRCKS FAAAADGTNW AEGVAVLVVE RLSDARRNGH RVLAVVRGTA INQDGASNGL SAPNDLAQER VIR SALDNA GLTASDVDAV EAHGTGTTLG DPIEAQALLA AYGHERPAHR PLRVGSLKSN IGHAGPAAGV AGVIKMVMAM RHGV LPRSL HIDEPTPQVD WSSGAVTLLT EPVDWPDSDR PRRAGVSAFG ISGTNAHVIL EQAPTQDPQQ PAPPVPAAPW LLSAK TPAA LRAQARRLHT HLARHPHPDP TDIAHALATT RTPHEHRAAL VTDDHGTRGP ALAALAEGAP DACLISGTAL SKGRTV FVF PGQGSQWTGM GRELLHTSPE FAAYIAECET ALNDFVDWSL TDVLRGTEGA PGYDRVDVVQ PALFAVMVSL ARLWQHH GI HPDAVIGHSQ GEIAAAHIAG ALSLQDAARI VALRSQALLP LAGLGGMTSL ALPHDQALQL IQPWGQDLSI ASVNGPHS T VVSGTTHALD ELHTTCDTQG VRARRIPVDY ASHSAQVESI RDTVLQAATG INPQPTTIPL YSTVTGQPID GTQLDADYW YTNLRHTVRF EETTRALLGS GHRHFIETTA HPVLALALEE TIEATGSDAR VTGTLRRDHG DLTQLHTALA TAWTHGIDVD WTAVLGDRR TPFELPTYAF QRQRYWLEPG AGVGVPVGGT SAEARFWDAV EDEDLEALVA AIGADGDDAS WAGVLPALAG W RRRQREQS ALDDLRYKVT WKPTAVADGA SATGTWLVVV PESLAGGGWP VVVARAVDQA GGRPVVLSVD AADGADRSRL GL RIHEALG EGPVPDAVVS LLALDPSALP GLPDVPQALA STAALVQALL DLGLEARLWC VTSGAVSVSG ADGPSAPEQA AVW GFGRVA GLEHPHLWAG LVDLPPEADE RTAARLVGVL AGAGGEDQVA LRSSGVFVRR LVRAPASEVP AVRSWKPGGT VLVT GGTGG LGRQVARWLA RGGADHLLLV SRRGVDAPGA DELVDELTDL GARVTVAACD VADRDAVQRL LSEQVPSDAP LTAVI HTAA VLDDGVIDSL SPERMEQVLR VKVGGAVHLY ELTRESDLSA FVLFSSFGST FGLPGLGNYA PGNAALEALA EQWRAE GRP ATAVGWGTWA GGGMADGGVG ERGRTHGIHE LEPALATAAL EQALERDESS PVIIDIDWER FAVAFHAKRP TRGFELV PE AQAALEAADG GPGPDGGAGD PSELLDRLAA LPDAERDRAL LEVVRGNAAS VMSHGAMRTA TLEAVEPTRA FRDLGFDS L MAVELRNRIG AATGLRLAPT LVFDHPTPEA VVRHLRAELG LEGDGAPDPV FDELDGLERA LSSYTPDTDT RVKITKRLE SLLWEWTRSE ADAPDPVDAA DLAAVSDDEM FELIDRELGS ALEHHHHHH |
-分子 #2: Fab 1B2 heavy chain
分子 | 名称: Fab 1B2 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 26.447611 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAEVQLVQSG GGLVQPGRSL RLSCTASGFT FGDYAMSWVR QAPGKGLEWV GFIRSKAYGG TTEYAASVKG RFTISRDDSK SIAYLQMNS LKTEDTAVYY CTRGGTLFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列: MAEVQLVQSG GGLVQPGRSL RLSCTASGFT FGDYAMSWVR QAPGKGLEWV GFIRSKAYGG TTEYAASVKG RFTISRDDSK SIAYLQMNS LKTEDTAVYY CTRGGTLFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSCAALVP RGSAHHHHHH AA DYKDDDD KA |
-分子 #3: Fab 1B2 light chain
分子 | 名称: Fab 1B2 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 25.715832 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: LFAIPLVVPF YSHSALDVVM TQSPLSLPVT PGEPASISCR SSQSLLHSNG YNYLDWYLQK PGQSPQLLIY LGSNRASGVP DRFSGSGSG TDFTLKISRV EAEDVGVYYC MQSLQTPRLT FGPGTKVDIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN N FYPRGAKV ...文字列: LFAIPLVVPF YSHSALDVVM TQSPLSLPVT PGEPASISCR SSQSLLHSNG YNYLDWYLQK PGQSPQLLIY LGSNRASGVP DRFSGSGSG TDFTLKISRV EAEDVGVYYC MQSLQTPRLT FGPGTKVDIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN N FYPRGAKV QWKVDNALQS GNSQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC |
-分子 #4: 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ATR |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATR: |
-分子 #5: 4'-PHOSPHOPANTETHEINE
分子 | 名称: 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: PNS |
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分子量 | 理論値: 358.348 Da |
Chemical component information | ChemComp-PNS: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4.2 mg/mL | ||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.2 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 120.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa | ||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Blot for 5 seconds before plunging in liquid ethane.. | ||||||||||||||||
詳細 | Size exclusion chromatography purified monodisperse holo-Lsd14-DD* + 1B2 complex was first incubated with KS substrate analog (2-Acetaminoethyl-thio-3-oxobutanoate) and TCEP at 30C for 20 minutes, followed by addition of NADP and methylmalonyl-CoA. The sample was further incubated at 30C for 15 minutes before applying to cryoEM grids. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1278 / 平均露光時間: 2.2 sec. / 平均電子線量: 53.0 e/Å2 / 詳細: Images were collected as 50 frame movies. |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 79000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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詳細 | Model was manually rebuilt in Coot and phenix.real_space_refine was used for refinement. | ||||||||
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER | ||||||||
得られたモデル | PDB-7s6c: |