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万見
- EMDB-2482: Injectisome (wild type) from Salmonella typhimurium (substrate tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2482
タイトルInjectisome (wild type) from Salmonella typhimurium (substrate trapped)
マップデータReconstruction of substrate-trapped needle complexes (injectisomes) of the type 3 secretion system from Salmonella typhimurium
試料
  • 試料: Needle complex (substrate trapped) of the type-3 secretion system from Salmonella typhimurium
  • 細胞器官・細胞要素: type 3 secretion system
キーワードInjectisome / Pathogenic Type-3 Secretion System / Protein delivery machine / Salmonella typhimurium
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å
データ登録者Radics J / Konigsmaier L / Marlovits TC
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2014
タイトル: Structure of a pathogenic type 3 secretion system in action.
著者: Julia Radics / Lisa Königsmaier / Thomas C Marlovits /
要旨: Type 3 secretion systems use 3.5-megadalton syringe-like, membrane-embedded 'injectisomes', each containing an ~800-Å-long needle complex to connect intracellular compartments of infectious bacteria ...Type 3 secretion systems use 3.5-megadalton syringe-like, membrane-embedded 'injectisomes', each containing an ~800-Å-long needle complex to connect intracellular compartments of infectious bacteria and hosts. Here we identify requirements for substrate association with, transport through and exit from the injectisome of Salmonella enterica serovar Typhimurium. This guided the design of substrates that become trapped within the secretion path and enabled visualization of injectisomes in action in situ. We used cryo-EM to define the secretion path, providing a structural explanation as to why effector proteins must be unfolded during transport. Furthermore, trapping of a heterologous substrate in the needle prevents secretion of natural bacterial effectors. Together, the data reveal the path of protein secretion across multiple membranes and show that mechanisms rejecting unacceptable substrates can be undermined, and transport of bacterial effectors across an already assembled type 3 secretion system can be inhibited.
履歴
登録2013年9月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年11月13日-
マップ公開2013年12月11日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 26.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 26.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2482.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2482.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of substrate-trapped needle complexes (injectisomes) of the type 3 secretion system from Salmonella typhimurium
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.33 Å/pix.
x 300 pix.
= 399. Å		1.33 Å/pix.
x 300 pix.
= 399. Å		1.33 Å/pix.
x 300 pix.
= 399. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.33 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 26.899999999999999 / ムービー #1: 26.9
最小 - 最大-154.204391479999998 - 163.120849609999993
平均 (標準偏差)-0.02886227 (±21.375476840000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-150-150-150
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 399.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.331.331.33
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z399.000399.000399.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-150-150-150
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-154.204163.121-0.029

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Needle complex (substrate trapped) of the type-3 secretion system...

全体名称: Needle complex (substrate trapped) of the type-3 secretion system from Salmonella typhimurium
要素
  • 試料: Needle complex (substrate trapped) of the type-3 secretion system from Salmonella typhimurium
  • 細胞器官・細胞要素: type 3 secretion system

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超分子 #1000: Needle complex (substrate trapped) of the type-3 secretion system...

超分子名称: Needle complex (substrate trapped) of the type-3 secretion system from Salmonella typhimurium
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was mono disperse / 集合状態: 1 / Number unique components: 1
分子量理論値: 3.5 MDa

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超分子 #1: type 3 secretion system

超分子名称: type 3 secretion system / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: injectisome / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: SB905 / 細胞中の位置: Plasma membrane
分子量理論値: 3.5 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 10 mM Tris, 500 mM NaCl, 5 mM EDTA, 0.1% (w/v) LDAO (n-Dodecyl-N,N-Dimethylamine-N-Oxide)
グリッド詳細: 400 mesh Mo-Grid with carbon support
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 60 % / 装置: LEICA EM GP
手法: 1. glow discharge 40sec/20mAmp 2. sample (5ul), 2min settling time 3. blotting 0.8-1.2sec

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電子顕微鏡法 #1

Microscopy ID1
顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 83 K / 最高: 108 K / 平均: 93 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at appr 200.000 magnification
日付2012年2月3日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 平均電子線量: 25 e/Å2 / 詳細: Image acquisition using LEGINON
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 112969 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 93000
試料ステージ試料ホルダー: liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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電子顕微鏡法 #2

Microscopy ID2
顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 83 K / 最高: 108 K / 平均: 93 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at appr 200.000 magnification
日付2012年2月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 平均電子線量: 25 e/Å2 / 詳細: Image acquisition using LEGINON
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 112969 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 93000
試料ステージ試料ホルダー: liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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電子顕微鏡法 #3

Microscopy ID3
顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 83 K / 最高: 108 K / 平均: 93 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at appr 200.000 magnification
日付2012年5月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 平均電子線量: 25 e/Å2 / 詳細: Image acquisition using LEGINON
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 112969 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 93000
試料ステージ試料ホルダー: liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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電子顕微鏡法 #4

Microscopy ID4
顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 83 K / 最高: 108 K / 平均: 93 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at appr 200.000 magnification
日付2012年7月5日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 平均電子線量: 25 e/Å2 / 詳細: Image acquisition using LEGINON
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 112969 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 93000
試料ステージ試料ホルダー: liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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電子顕微鏡法 #5

Microscopy ID5
顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 83 K / 最高: 108 K / 平均: 93 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at appr 200.000 magnification
日付2012年7月19日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 平均電子線量: 25 e/Å2 / 詳細: Image acquisition using LEGINON
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 112969 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 93000
試料ステージ試料ホルダー: liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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電子顕微鏡法 #6

Microscopy ID6
顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 83 K / 最高: 108 K / 平均: 93 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at appr 200.000 magnification
日付2012年7月30日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 平均電子線量: 25 e/Å2 / 詳細: Image acquisition using LEGINON
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 112969 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 93000
試料ステージ試料ホルダー: liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細reconstruction in C1, and then C3 symmetry imposed on C1-map
CTF補正詳細: ctf flip (CTFFIND3/images)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: XMIPP, IMAGIC / 使用した粒子像数: 74964
最終 2次元分類クラス数: 2000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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