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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24717 | |||||||||
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タイトル | afTMEM16 in C22 lipid nanodiscs with MSP2N2 scaffold protein in the presnece of Ca2+ | |||||||||
マップデータ | final sharpened map, used for model building | |||||||||
試料 |
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キーワード | TMEM16 / lipid scrambling / LIPID TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phospholipid scramblase activity / cortical endoplasmic reticulum / phospholipid translocation / chloride channel activity / voltage-gated calcium channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / chloride transmembrane transport / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Aspergillus fumigatus (カビ) / Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (カビ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Falzone ME / Accardi A | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: TMEM16 scramblases thin the membrane to enable lipid scrambling. 著者: Maria E Falzone / Zhang Feng / Omar E Alvarenga / Yangang Pan / ByoungCheol Lee / Xiaolu Cheng / Eva Fortea / Simon Scheuring / Alessio Accardi / 要旨: TMEM16 scramblases dissipate the plasma membrane lipid asymmetry to activate multiple eukaryotic cellular pathways. Scrambling was proposed to occur with lipid headgroups moving between leaflets ...TMEM16 scramblases dissipate the plasma membrane lipid asymmetry to activate multiple eukaryotic cellular pathways. Scrambling was proposed to occur with lipid headgroups moving between leaflets through a membrane-spanning hydrophilic groove. Direct information on lipid-groove interactions is lacking. We report the 2.3 Å resolution cryogenic electron microscopy structure of the nanodisc-reconstituted Ca-bound afTMEM16 scramblase showing how rearrangement of individual lipids at the open pathway results in pronounced membrane thinning. Only the groove's intracellular vestibule contacts lipids, and mutagenesis suggests scrambling does not require specific protein-lipid interactions with the extracellular vestibule. We find scrambling can occur outside a closed groove in thinner membranes and is inhibited in thicker membranes, despite an open pathway. Our results show afTMEM16 thins the membrane to enable scrambling and that an open hydrophilic pathway is not a structural requirement to allow rapid transbilayer movement of lipids. This mechanism could be extended to other scramblases lacking a hydrophilic groove. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24717.map.gz | 2.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24717-v30.xml emd-24717.xml | 14.5 KB 14.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24717.png | 137.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-24717.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_24717_additional_1.map.gz | 86 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24717 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24717 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24717_validation.pdf.gz | 344.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24717_full_validation.pdf.gz | 344.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24717_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24717_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24717 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24717 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7rwjMC 7rx2C 7rx3C 7rxaC 7rxbC 7rxgC 7rxhC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24717.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | final sharpened map, used for model building | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: final unsharpened map, used to assist model building.
ファイル | emd_24717_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | final unsharpened map, used to assist model building. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : afTMEM16 scramblase C22 lipid nanodiscs with MSP2N2 scaffold in t...
全体 | 名称: afTMEM16 scramblase C22 lipid nanodiscs with MSP2N2 scaffold in the presence of Ca2+ |
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要素 |
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-超分子 #1: afTMEM16 scramblase C22 lipid nanodiscs with MSP2N2 scaffold in t...
超分子 | 名称: afTMEM16 scramblase C22 lipid nanodiscs with MSP2N2 scaffold in the presence of Ca2+ タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Aspergillus fumigatus (カビ) |
-分子 #1: Plasma membrane channel protein (Aqy1), putative
分子 | 名称: Plasma membrane channel protein (Aqy1), putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (カビ) 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 |
分子量 | 理論値: 84.616859 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MAFNPAPKAV QENHHVDYVI RFNYGDIDTP EAIKKFEVLL LELSEVGLQT EVRQGDENSL FVFVRAASKK KLKRAVYQSR VRDWLYGVR NTEPEPASSA KPQSEAERLL VIYHLITVPK AEGGAGITPR HGEWKNVDAI FPLHDEETNR QCMREWSKKT F LSTEDLDR ...文字列: MAFNPAPKAV QENHHVDYVI RFNYGDIDTP EAIKKFEVLL LELSEVGLQT EVRQGDENSL FVFVRAASKK KLKRAVYQSR VRDWLYGVR NTEPEPASSA KPQSEAERLL VIYHLITVPK AEGGAGITPR HGEWKNVDAI FPLHDEETNR QCMREWSKKT F LSTEDLDR IRNTFGEHVG FYFAFLQSYF RFLMFPAAFG FSCWLLLGSF SIIYTVVNCL WCIVFIEYWK RQEEDLSCRW QT KGVSAVH EKRAEFKPEK EIRDESTGEV RGVFPATKRM YRQLLQVPFA LLAAVALGAI IATCFAIEIF ISEVYNGPLK GYL VFIPTI LVSALIPTMS AVLLTVATKL NDYENYETQD AYKVALTQKI FVVNFITSYL PIILTAFVYV PFASRIVPYL DVFH LTVRP FVSKEHAIKA RTEFSINPDR LRKQVIYFTV TAQIVGFALE TIVPFVKQRV FREYKEYTKK QHAKAEPGNG AGEKK TVSL GDDEDEARFL TRVRNEAELE DYDVTDDLRE MCIQFGYLAL FSPVWPLVPV SFLINNWVEL RSDFFKICVE CKRPWP QRA DTIGPWLDSL GFLSWVGSIT SSALVYMFSN GHEGPNGEPT TIRCWALLLT IFFSEHLYLI VRYAVRSALA KLEPPNT RR ERIERFMMRK RYLDTVLSAE SDDDADEVKG VVSSIPPSEI TRESLEQDAR DWSKQGTDPT ERFWMRQRGW KESAEVGL S LITKAKGDET KKQQ UniProtKB: Plasma membrane channel protein (Aqy1), putative |
-分子 #2: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #3: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]o...
分子 | 名称: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: PGW |
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分子量 | 理論値: 749.007 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 44.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 31890 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |