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万見
- EMDB-2458: 30S Ribosome Subunit Assembly Intermediates, Intermediate Group1b -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2458
タイトル30S Ribosome Subunit Assembly Intermediates, Intermediate Group1b
マップデータIntermediate Group 1b
試料
  • 試料: 30S Reconstitution Reaction
  • 複合体: 30S Ribosome Subunit
キーワードRibosome Assembly / 30S Ribosome Subunit / 30S Assembly / Time-resolved electron microscopy / Discovery Single-particle Profiling / 30S Ribosome Subunit Assembly Intermediate
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 59.04 Å
データ登録者Mulder AM / Yoshioka C / Beck A / Bunner A / Milligan RA / Potter CS / Carragher B / Williamson JR
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Visualizing ribosome biogenesis: parallel assembly pathways for the 30S subunit.
著者: Anke M Mulder / Craig Yoshioka / Andrea H Beck / Anne E Bunner / Ronald A Milligan / Clinton S Potter / Bridget Carragher / James R Williamson /
要旨: Ribosomes are self-assembling macromolecular machines that translate DNA into proteins, and an understanding of ribosome biogenesis is central to cellular physiology. Previous studies on the ...Ribosomes are self-assembling macromolecular machines that translate DNA into proteins, and an understanding of ribosome biogenesis is central to cellular physiology. Previous studies on the Escherichia coli 30S subunit suggest that ribosome assembly occurs via multiple parallel pathways rather than through a single rate-limiting step, but little mechanistic information is known about this process. Discovery single-particle profiling (DSP), an application of time-resolved electron microscopy, was used to obtain more than 1 million snapshots of assembling 30S subunits, identify and visualize the structures of 14 assembly intermediates, and monitor the population flux of these intermediates over time. DSP results were integrated with mass spectrometry data to construct the first ribosome-assembly mechanism that incorporates binding dependencies, rate constants, and structural characterization of populated intermediates.
履歴
登録2013年9月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年9月25日-
マップ公開2013年9月25日-
更新2013年12月11日-
現状2013年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 1.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2458-grp...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2458.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Intermediate Group 1b
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.55 Å/pix.
x 300 pix.
= 465. Å		1.55 Å/pix.
x 300 pix.
= 465. Å		1.55 Å/pix.
x 300 pix.
= 465. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.55 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.8 / ムービー #1: 1.8
最小 - 最大-1.53749716 - 7.2573905
平均 (標準偏差)-0.14659467 (±0.31429631)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-150-150-150
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 465.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.551.551.55
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z465.000465.000465.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-150-150-150
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-1.5377.257-0.147

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 30S Reconstitution Reaction

全体名称: 30S Reconstitution Reaction
要素
  • 試料: 30S Reconstitution Reaction
  • 複合体: 30S Ribosome Subunit

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超分子 #1000: 30S Reconstitution Reaction

超分子名称: 30S Reconstitution Reaction / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 21
分子量理論値: 789 KDa

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超分子 #1: 30S Ribosome Subunit

超分子名称: 30S Ribosome Subunit / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 30S Subunit / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: SSU 30S, PSR16s
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 789 KDa

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 25 mM Tris-HCl, 330 mM KCl, 20 mM MgCl2, 2 mM DTT
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2009年1月7日
撮影実像数: 6635
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダー: Single tilt / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Ace2
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 59.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Appion, Spider, Eman / 使用した粒子像数: 1827

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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