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万見
- EMDB-24482: Complex III2 from Candida albicans, inhibitor free -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24482
タイトルComplex III2 from Candida albicans, inhibitor free
マップデータCandida albicans CIII2, inhibitor free
試料
  • 複合体: Respiratory complex III2 from Candida albicans
    • タンパク質・ペプチド: x 9種
  • リガンド: x 4種
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of filamentous growth / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / : / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / heterochromatin ...regulation of filamentous growth / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / : / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / heterochromatin / aerobic respiration / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / heme binding / mitochondrion / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily ...Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex catalytic subunit, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex reductase subunit, mitochondrial / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans SC5314 (酵母) / Yeast (酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Di Trani JM / Rubinstein JL
資金援助 カナダ, スウェーデン, 5件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT162186 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FDN154288 カナダ
Knut and Alice Wallenberg Foundation2019.0043 スウェーデン
Swedish Research Council2018-04619 スウェーデン
Canada Research Chairs カナダ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Rieske head domain dynamics and indazole-derivative inhibition of Candida albicans complex III.
著者: Justin M Di Trani / Zhongle Liu / Luke Whitesell / Peter Brzezinski / Leah E Cowen / John L Rubinstein /
要旨: Electron transfer between respiratory complexes drives transmembrane proton translocation, which powers ATP synthesis and membrane transport. The homodimeric respiratory complex III (CIII) oxidizes ...Electron transfer between respiratory complexes drives transmembrane proton translocation, which powers ATP synthesis and membrane transport. The homodimeric respiratory complex III (CIII) oxidizes ubiquinol to ubiquinone, transferring electrons to cytochrome c and translocating protons through a mechanism known as the Q cycle. The Q cycle involves ubiquinol oxidation and ubiquinone reduction at two different sites within each CIII monomer, as well as movement of the head domain of the Rieske subunit. We determined structures of Candida albicans CIII by cryoelectron microscopy (cryo-EM), revealing endogenous ubiquinone and visualizing the continuum of Rieske head domain conformations. Analysis of these conformations does not indicate cooperativity in the Rieske head domain position or ligand binding in the two CIIIs of the CIII dimer. Cryo-EM with the indazole derivative Inz-5, which inhibits fungal CIII and is fungicidal when administered with fungistatic azole drugs, showed that Inz-5 inhibition alters the equilibrium of Rieske head domain positions.
履歴
登録2021年7月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月15日-
マップ公開2021年9月15日-
更新2022年1月19日-
現状2022年1月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.63
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.63
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7rja
  • 表面レベル: 0.63
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24482.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24482.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Candida albicans CIII2, inhibitor free
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 288 pix.
= 296.64 Å		1.03 Å/pix.
x 288 pix.
= 296.64 Å		1.03 Å/pix.
x 288 pix.
= 296.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.63 / ムービー #1: 0.63
最小 - 最大-2.9407537 - 4.5873833
平均 (標準偏差)0.00062671734 (±0.18047686)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 296.63998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z296.640296.640296.640
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ330330330
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-2.9414.5870.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Respiratory complex III2 from Candida albicans

全体名称: Respiratory complex III2 from Candida albicans
要素
  • 複合体: Respiratory complex III2 from Candida albicans
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquinol--cytochrome-c reductase subunit
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquinol--cytochrome-c reductase catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquinol--cytochrome-c reductase subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquinol--cytochrome-c reductase subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquinol--cytochrome-c reductase subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: UBIQUINONE-10
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
超分子 #1: Respiratory complex III2 from Candida albicans

超分子名称: Respiratory complex III2 from Candida albicans / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Candida albicans SC5314 (酵母)

+
分子 #1: Ubiquinol--cytochrome-c reductase subunit

分子名称: Ubiquinol--cytochrome-c reductase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (酵母) / 株: SC5314 / ATCC MYA-2876
分子量理論値: 48.004805 KDa
配列文字列: MIRGSSALKS LTSRRLYSTG VKYTTLSNGV TVATETNPAA KTSSVGLFFG AGSRSEHSHS NGISALTTNV LASQSAKGSL LTAKNDREF NGIIAQTTND NITEAGKLIA SIASNAVDIV EKTDLTKHKQ YLSAQASAVE ADPKSKVLSH LYSSAFQGYS L ALPTLGTT ...文字列:
MIRGSSALKS LTSRRLYSTG VKYTTLSNGV TVATETNPAA KTSSVGLFFG AGSRSEHSHS NGISALTTNV LASQSAKGSL LTAKNDREF NGIIAQTTND NITEAGKLIA SIASNAVDIV EKTDLTKHKQ YLSAQASAVE ADPKSKVLSH LYSSAFQGYS L ALPTLGTT ESVENLENQD SLRHLAKHLV NNNTVIAASG NFDHDKLADA IEANLKIAEG VKPEIKPASF LGSEVRMRDD TL PKAYISI AVHGEGLNSP NYYLAKVAAA IYGDFYLHST IAKFTSPKLA SIVQEYNIVE SYNHYSKSFS DTGIWGYYAE IAD KFTVDD FTHFSLKEWN RLSISISEAE VARAKAQVKT ALAKELANSF AVTSDIAEKV LLVGHRQSLR EAFEKIDAIK VNDV KEWGK SKVWDRDIVI SGTGLIEDLL DYNRNRNEMA MMRW

+
分子 #2: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (酵母) / 株: SC5314 / ATCC MYA-2876
分子量理論値: 43.738457 KDa
配列文字列: MPTRKSNTYL SLVNSYLIDS PQPSSINYWW NLGSLLGLCL VIQIASGVFL AMHYSSNIEL AFDSVEHIMR DVNAGWLIRY IHANGASFF FICMYLHIGK ALYYGSYKQP RVMLWVIGVV IFILTMAIAF MGYCLVYGQM SHWGATVITN LLSAIPFIGN D IVPFIWGG ...文字列:
MPTRKSNTYL SLVNSYLIDS PQPSSINYWW NLGSLLGLCL VIQIASGVFL AMHYSSNIEL AFDSVEHIMR DVNAGWLIRY IHANGASFF FICMYLHIGK ALYYGSYKQP RVMLWVIGVV IFILTMAIAF MGYCLVYGQM SHWGATVITN LLSAIPFIGN D IVPFIWGG FSVSNPTIQR FFALHFLLPF ILAALVCMHL MALHVHGSSN PVGITGNIDR LPMHPYFIFK DLITVFVFLL IF SLFVFYS PNTLGHPDNY IPGNPMVTPP SIVPEWYLLP FYAILRSIPD KLGGVIAMFG AILILLSLPY TDRSIIRGNS FKV LSKLAF YLFVFNFILL GNLGQLHVEV PYIQLGQFAT AYYFAHYIIV VPVISTLENI LYYIGTQTRV K

+
分子 #3: Ubiquinol--cytochrome-c reductase catalytic subunit

分子名称: Ubiquinol--cytochrome-c reductase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (酵母) / 株: SC5314 / ATCC MYA-2876
分子量理論値: 32.261389 KDa
配列文字列: MFRTAYKTMN QSMVQKFIAG GVGVTGLTAS YLLYQDSMTA DAMTAAEHGL HPPAYNWPHN GMFETFDHAS IRRGFQVYRE VCAACHSLD RIAWRNLVGV SHTTSEAKAM AEELEYDDEP DDEGKPRKRP GKLADYIPGP YENEQAARAA NQGAYPPDLS L IVKARHGG ...文字列:
MFRTAYKTMN QSMVQKFIAG GVGVTGLTAS YLLYQDSMTA DAMTAAEHGL HPPAYNWPHN GMFETFDHAS IRRGFQVYRE VCAACHSLD RIAWRNLVGV SHTTSEAKAM AEELEYDDEP DDEGKPRKRP GKLADYIPGP YENEQAARAA NQGAYPPDLS L IVKARHGG SDYIFSLLTG YPDEPPAGVV LPEGSNYNPY FPGGAIAMGR VLFDDLVEYE DGTPATTSQM AKDVSTFLNW AS EPEHDDR KKWGLKALVV LSSLYLLSIW VKRFKWTPIK NRKFRFDPPK K

+
分子 #4: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (酵母) / 株: SC5314 / ATCC MYA-2876
分子量理論値: 14.44071 KDa
配列文字列:
MVQSMTSVVK AANFILARPT LSKIITPLAQ KFTAYAGYRE MGLKFNDLLL EETPIMQTAI KRLPSELNYS RNFRILTAHQ LALSHQLLP AEKAVKPEED DNYLIPYILE AEKEAFEKAE LDNIEVKA

+
分子 #5: Ubiquinol--cytochrome-c reductase subunit 8

分子名称: Ubiquinol--cytochrome-c reductase subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (酵母) / 株: SC5314 / ATCC MYA-2876
分子量理論値: 11.125672 KDa
配列文字列:
MAGAPHPHTY MGWWGSLGSP KQKYITQYTI SPYAAKPLKG AAYNAVFNTF RRTKNQFLYV AIPFVVVWSI WTRARDYNEY LYTKEGREE LERVNV

+
分子 #6: Ubiquinol--cytochrome-c reductase subunit 6

分子名称: Ubiquinol--cytochrome-c reductase subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (酵母) / 株: SC5314 / ATCC MYA-2876
分子量理論値: 16.042014 KDa
配列文字列:
MSFFRDLLES VVPTAYAEEP VEDVEVEQPE DAPEEEVSEE TVEEEEEDDE DDDEDDEEEE ETADPLDTLR EECTKTAACK PFDHHFHEC IERVTKEQEE PDYEHKHYKE DCIEEFFHLQ HCVNDCVAPR LFNRLK

+
分子 #7: Ubiquinol--cytochrome-c reductase subunit 9

分子名称: Ubiquinol--cytochrome-c reductase subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (酵母) / 株: SC5314 / ATCC MYA-2876
分子量理論値: 7.518448 KDa
配列文字列:
MLTVLGRLLE RNSIYVATIF GGAFAFQGFF DVAVNKWWEE HNKAKLWKNV KGKFLEGEGE EEDDE

+
分子 #8: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Yeast (酵母) / 株: SC5314 / ATCC MYA-2876
分子量理論値: 23.233385 KDa
配列文字列: MSSLAFRTLR NGLGLKSSVR ALSTTTTTLS NYQQPDYSSY LNNKSGQGSR NFTYFMVGSM GLLSAAGAKS TVEAFLSSFA ASADVLAMA KVEVKLGAIP EGKNVIIKWQ GKPVFIRHRT ADEIEEANQV DIKTLRDPQN DADRVKKPEW LIMLGICTHL G CVPIGEAG ...文字列:
MSSLAFRTLR NGLGLKSSVR ALSTTTTTLS NYQQPDYSSY LNNKSGQGSR NFTYFMVGSM GLLSAAGAKS TVEAFLSSFA ASADVLAMA KVEVKLGAIP EGKNVIIKWQ GKPVFIRHRT ADEIEEANQV DIKTLRDPQN DADRVKKPEW LIMLGICTHL G CVPIGEAG DFGGWFCPCH GSHYDISGRI RKGPAPLNLE IPEYDFTDDE TLLVG

+
分子 #9: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (酵母) / 株: SC5314 / ATCC MYA-2876
分子量理論値: 39.593352 KDa
配列文字列: MLSRASIRAY SSIPNSVKIA AKESATDLTK LSVIINNAGS KTGKSGVSHL LSKFTFLNNG AKSALRFTRE SELLGGTFES KVTRDALIL NTTFLKQDLP YYVEALGNVV SNTQFAPHEF NEIVLPTANA ETKLANANPA FKGVEKLHEI TFRRGLGNPL F YNESTPIK ...文字列:
MLSRASIRAY SSIPNSVKIA AKESATDLTK LSVIINNAGS KTGKSGVSHL LSKFTFLNNG AKSALRFTRE SELLGGTFES KVTRDALIL NTTFLKQDLP YYVEALGNVV SNTQFAPHEF NEIVLPTANA ETKLANANPA FKGVEKLHEI TFRRGLGNPL F YNESTPIK LEEVAQFSKE QFSGENISIV AEGANEEDLT KFVSESAFCY LPSSSSNGAK ALPTNTFTGQ EARVPSSGAS SA LIGIPVK PADFGKYEVL SAAIGTSTLP STSTPLAQIP GATSHLYKYQ DAGLFVISVS GEASQVAQGI KQAKSVAESV SSS ALSEAV KAAELSVALQ STVDSPLNVK VVAEEAPISK FNYVAVGDLD VLPYADEL

+
分子 #10: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #11: UBIQUINONE-10

分子名称: UBIQUINONE-10 / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 4 / 式: U10
分子量理論値: 863.343 Da
Chemical component information

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)

+
分子 #12: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #13: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 96783
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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