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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2446 | |||||||||
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タイトル | Visualization of a polytopic membrane protein egressing from the SecY complex - Electron cryo-microscopy of an tightly coupled RNC-SecY complex | |||||||||
マップデータ | Visualization of a polytopic membrane protein egressing from the SecY complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | Protein translocation / Ribosome / SecY / SecE / Proteorhodopsin | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 light-activated monoatomic ion channel activity / protein insertion into membrane from inner side / cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein-transporting ATPase activity / signal sequence binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / photoreceptor activity / phototransduction ...light-activated monoatomic ion channel activity / protein insertion into membrane from inner side / cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein-transporting ATPase activity / signal sequence binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / photoreceptor activity / phototransduction / protein transmembrane transporter activity / protein secretion / protein targeting / proton transmembrane transport / intracellular protein transport / membrane => GO:0016020 / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.28 Å | |||||||||
データ登録者 | Bischoff L / Wickles S / Berninghausen O / van der Sluis E / Beckmann R | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014 タイトル: Visualization of a polytopic membrane protein during SecY-mediated membrane insertion. 著者: Lukas Bischoff / Stephan Wickles / Otto Berninghausen / Eli O van der Sluis / Roland Beckmann / 要旨: The biogenesis of polytopic membrane proteins occurs co-translationally on ribosomes that are tightly bound to a membrane-embedded protein-conducting channel: the Sec-complex. The path that is ...The biogenesis of polytopic membrane proteins occurs co-translationally on ribosomes that are tightly bound to a membrane-embedded protein-conducting channel: the Sec-complex. The path that is followed by nascent proteins inside the ribosome and the Sec-complex is relatively well established; however, it is not clear what the fate of the N-terminal transmembrane domains (TMDs) of polytopic membrane proteins is when the C-terminal TMDs domains are not yet synthesized. Here, we present the sub-nanometer cryo-electron microscopy structure of an in vivo generated ribosome-SecY complex that carries a membrane insertion intermediate of proteorhodopsin (PR). The structure reveals a pre-opened Sec-complex and the first two TMDs of PR already outside the SecY complex directly in front of its proposed lateral gate. Thus, our structure is in agreement with positioning of N-terminal TMDs at the periphery of SecY, and in addition, it provides clues for the molecular mechanism underlying membrane protein topogenesis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2446.map.gz | 27.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2446-v30.xml emd-2446.xml | 9.1 KB 9.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_2446.jpg | 35.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2446 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2446 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2446_validation.pdf.gz | 274.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2446_full_validation.pdf.gz | 273.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2446_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2446 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2446 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2446.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 185.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Visualization of a polytopic membrane protein egressing from the SecY complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0489 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : TnaC stalled E.coli ribosome in complex with SecYE
全体 | 名称: TnaC stalled E.coli ribosome in complex with SecYE |
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要素 |
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-超分子 #1000: TnaC stalled E.coli ribosome in complex with SecYE
超分子 | 名称: TnaC stalled E.coli ribosome in complex with SecYE / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 3 |
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-超分子 #1: 70S-Ribosome
超分子 | 名称: 70S-Ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: KC6 |
-分子 #1: SecY
分子 | 名称: SecY / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #2: SecE
分子 | 名称: SecE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM Tris 150 mM NH4Cl 10 mM MgCl2 0.05%DDM 125 mM Sucrose |
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グリッド | 詳細: The freshly prepared PR2Q-RNC-SecYEG complex was applied to 2 nm pre-coated Quantifoil R3/3 holey carbon supported grids and vitrified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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日付 | 2012年5月21日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 実像数: 16500 / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 148721 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 148721 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | The particles were selected using the automatic selection program SIGNATURE |
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CTF補正 | 詳細: Defocus group |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 47471 |