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- EMDB-24303: In situ cryoET map of influenza A hemagglutinin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24303
タイトルIn situ cryoET map of influenza A hemagglutinin
マップデータ
試料
  • ウイルス: Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Influenza A H1 hemagglutinin
生物種Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.9 Å
データ登録者Huang QY / Song K / Schiffer CA / Somasundaran M
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-14-PR 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM135919 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Quantitative structural analysis of influenza virus by cryo-electron tomography and convolutional neural networks.
著者: Qiuyu J Huang / Kangkang Song / Chen Xu / Daniel N A Bolon / Jennifer P Wang / Robert W Finberg / Celia A Schiffer / Mohan Somasundaran /
要旨: Influenza viruses pose severe public health threats globally. Influenza viruses are extensively pleomorphic, in shape, size, and organization of viral proteins. Analysis of influenza morphology and ...Influenza viruses pose severe public health threats globally. Influenza viruses are extensively pleomorphic, in shape, size, and organization of viral proteins. Analysis of influenza morphology and ultrastructure can help elucidate viral structure-function relationships and aid in therapeutics and vaccine development. While cryo-electron tomography (cryoET) can depict the 3D organization of pleomorphic influenza, the low signal-to-noise ratio inherent to cryoET and viral heterogeneity have precluded detailed characterization of influenza viruses. In this report, we leveraged convolutional neural networks and cryoET to characterize the morphological architecture of the A/Puerto Rico/8/34 (H1N1) influenza strain. Our pipeline improved the throughput of cryoET analysis and accurately identified viral components within tomograms. Using this approach, we successfully characterized influenza morphology, glycoprotein density, and conducted subtomogram averaging of influenza glycoproteins. Application of this processing pipeline can aid in the structural characterization of not only influenza viruses, but other pleomorphic viruses and infected cells.
履歴
登録2021年6月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月2日-
マップ公開2022年3月2日-
更新2022年5月18日-
現状2022年5月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.002
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.002
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24303.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24303.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.09 Å/pix.
x 192 pix.
= 400.704 Å		2.09 Å/pix.
x 192 pix.
= 400.704 Å		2.09 Å/pix.
x 192 pix.
= 400.704 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.002 / ムービー #1: 0.002
最小 - 最大-0.004592979 - 0.008658736
平均 (標準偏差)4.1595384e-05 (±0.00043742885)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-96-96-96
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 400.70398 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.0872.0872.087
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z400.704400.704400.704
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ149141182
NX/NY/NZ215231150
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-96-96-96
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.0050.0090.000

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_24303_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_24303_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1))

全体名称: Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
要素
  • ウイルス: Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Influenza A H1 hemagglutinin

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超分子 #1: Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1))

超分子名称: Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1)) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Purchased from Charles River Laboratories. / NCBI-ID: 211044 / 生物種: Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1)) / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 198 KDa

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分子 #1: Influenza A H1 hemagglutinin

分子名称: Influenza A H1 hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
配列文字列: MKANLLVLLC ALAAADADTI CIGYHANNST DTVDTVLEKN VTVTHSVNLL EDSHNGKLCR LKGIAPLQLG KCNIAGWLLG NPECDPLLPV RSWSYIVETP NSENGICYPG DFIDYEELRE QLSSVSSFER FEIFPKESSW PNHNTTKGVT AACSHAGKSS FYRNLLWLTE ...文字列:
MKANLLVLLC ALAAADADTI CIGYHANNST DTVDTVLEKN VTVTHSVNLL EDSHNGKLCR LKGIAPLQLG KCNIAGWLLG NPECDPLLPV RSWSYIVETP NSENGICYPG DFIDYEELRE QLSSVSSFER FEIFPKESSW PNHNTTKGVT AACSHAGKSS FYRNLLWLTE KEGSYPKLKN SYVNKKGKEV LVLWGIHHPS NSKDQQNIYQ NENAYVSVVT SNYNRRFTPE IAERPKVRDQ AGRMNYYWTL LKPGDTIIFE ANGNLIAPRY AFALSRGFGS GIITSNASMH ECNTKCQTPL GAINSSLPFQ NIHPVTIGEC PKYVRSAKLR MVTGLRNIPS IQSRGLFGAI AGFIEGGWTG MIDGWYGYHH QNEQGSGYAA DQKSTQNAIN GITNKVNSVI EKMNIQFTAV GKEFNKLEKR MENLNKKVDD GFLDIWTYNA ELLVLLENER TLDFHDSNVK NLYEKVKSQL KNNAKEIGNG CFEFYHKCDN ECMESVRNGT YDYPKYSEES KLNREKVDGV KLESMGIYQI LAIYSTVASS LVLLVSLGAI SFWMCSNGSL QCRICI

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.91) / 使用したサブトモグラム数: 76519
抽出トモグラム数: 12 / 使用した粒子像数: 85021 / 手法: Convolutional neural network picker
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
結晶パラメータ単位格子 - A: 400.70398 Å / 単位格子 - B: 400.70398 Å / 単位格子 - C: 400.70398 Å / 単位格子 - γ: 90 ° / 単位格子 - α: 90 ° / 単位格子 - β: 90 ° / 空間群: 1
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1ruz

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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