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万見
- EMDB-24206: Structure of MmpL3 reconstituted into lipid nanodisc in the TMM b... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24206
タイトルStructure of MmpL3 reconstituted into lipid nanodisc in the TMM bound state
マップデータ
試料
  • 複合体: MmpL3
    • タンパク質・ペプチド: MmpL3 transporter
  • リガンド: 6-O-[(2S)-2-{(1S)-18-[(1R,2R)-2-hexylcyclopropyl]-1-hydroxyoctadecyl}tricosanoyl]-alpha-D-glucopyranosyl alpha-D-glucopyranoside
キーワードtransporter / TRANSLOCASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylethanolamine transfer activity / phosphatidylglycerol binding / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / cell wall biogenesis / mycolate cell wall layer assembly / diacylglycerol binding / cell pole / mycolic acid biosynthetic process / cell tip ...phosphatidylethanolamine transfer activity / phosphatidylglycerol binding / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / cell wall biogenesis / mycolate cell wall layer assembly / diacylglycerol binding / cell pole / mycolic acid biosynthetic process / cell tip / phospholipid transport / cell septum / phosphatidylethanolamine binding / cardiolipin binding / phosphatidylinositol binding / regulation of membrane potential / cell wall organization / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Membrane transport protein MMPL domain / MMPL family
類似検索 - ドメイン・相同性
Trehalose monomycolate exporter MmpL3
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Su CC / Yu E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2021
タイトル: Structures of the mycobacterial membrane protein MmpL3 reveal its mechanism of lipid transport.
著者: Chih-Chia Su / Philip A Klenotic / Meng Cui / Meinan Lyu / Christopher E Morgan / Edward W Yu /
要旨: The mycobacterial membrane protein large 3 (MmpL3) transporter is essential and required for shuttling the lipid trehalose monomycolate (TMM), a precursor of mycolic acid (MA)-containing trehalose ...The mycobacterial membrane protein large 3 (MmpL3) transporter is essential and required for shuttling the lipid trehalose monomycolate (TMM), a precursor of mycolic acid (MA)-containing trehalose dimycolate (TDM) and mycolyl arabinogalactan peptidoglycan (mAGP), in Mycobacterium species, including Mycobacterium tuberculosis and Mycobacterium smegmatis. However, the mechanism that MmpL3 uses to facilitate the transport of fatty acids and lipidic elements to the mycobacterial cell wall remains elusive. Here, we report 7 structures of the M. smegmatis MmpL3 transporter in its unbound state and in complex with trehalose 6-decanoate (T6D) or TMM using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) and X-ray crystallography. Combined with calculated results from molecular dynamics (MD) and target MD simulations, we reveal a lipid transport mechanism that involves a coupled movement of the periplasmic domain and transmembrane helices of the MmpL3 transporter that facilitates the shuttling of lipids to the mycobacterial cell wall.
履歴
登録2021年6月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月1日-
マップ公開2021年9月1日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7n6b
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24206.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24206.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.07 Å/pix.
x 107 pix.
= 114.49 Å		1.07 Å/pix.
x 92 pix.
= 98.44 Å		1.07 Å/pix.
x 78 pix.
= 83.46 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-23.579249999999998 - 28.027391000000001
平均 (標準偏差)-0.000000000000507 (±0.40876237)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin131139127
サイズ9278107
Spacing1079278
セルA: 114.490005 Å / B: 98.44 Å / C: 83.46001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z1079278
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z114.49098.44083.460
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ127131139
NX/NY/NZ1079278
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS139131127
NC/NR/NS7892107
D min/max/mean-23.57928.027-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : MmpL3

全体名称: MmpL3
要素
  • 複合体: MmpL3
    • タンパク質・ペプチド: MmpL3 transporter
  • リガンド: 6-O-[(2S)-2-{(1S)-18-[(1R,2R)-2-hexylcyclopropyl]-1-hydroxyoctadecyl}tricosanoyl]-alpha-D-glucopyranosyl alpha-D-glucopyranoside

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超分子 #1: MmpL3

超分子名称: MmpL3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)

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分子 #1: MmpL3 transporter

分子名称: MmpL3 transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 109.509219 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MFAWWGRTVY QFRYIVIGVM VALCLGGGVY GISLGNHVTQ SGFYDEGSQS VAASLIGDEV YGRDRTSHVV AILTPPDDKK VTDKAWQKK VTEELDQVVK DHEDQIVGWV GWLKAPDTTD PTVSAMKTQD LRHTFISIPL QGDDDDEILK NYQVVEPELQ Q VNGGDIRL ...文字列:
MFAWWGRTVY QFRYIVIGVM VALCLGGGVY GISLGNHVTQ SGFYDEGSQS VAASLIGDEV YGRDRTSHVV AILTPPDDKK VTDKAWQKK VTEELDQVVK DHEDQIVGWV GWLKAPDTTD PTVSAMKTQD LRHTFISIPL QGDDDDEILK NYQVVEPELQ Q VNGGDIRL AGLNPLASEL TGTIGEDQKR AEVAAIPLVA VVLFFVFGTV IAAALPAIIG GLAIAGALGI MRLVAEFTPV HF FAQPVVT LIGLGIAIDY GLFIVSRFRE EIAEGYDTEA AVRRTVMTSG RTVVFSAVII VASSVPLLLF PQGFLKSITY AII ASVMLA AILSITVLAA ALAILGPRVD ALGVTTLLKI PFLANWQFSR RIIDWFAEKT QKTKTREEVE RGFWGRLVNV VMKR PIAFA APILVVMVLL IIPLGQLSLG GISEKYLPPD NAVRQSQEQF DKLFPGFRTE PLTLVMKRED GEPITDAQIA DMRAK ALTV SGFTDPDNDP EKMWKERPAN DSGSKDPSVR VIQNGLENRN DAAKKIDELR ALQPPHGIEV FVGGTPALEQ DSIHSL FDK LPLMALILIV TTTVLMFLAF GSVVLPIKAA LMSALTLGST MGILTWMFVD GHGSGLMNYT PQPLMAPMIG LIIAVIW GL STDYEVFLVS RMVEARERGM STAEAIRIGT ATTGRLITGA ALILAVVAGA FVFSDLVMMK YLAFGLLIAL LLDATIIR M FLVPAVMKLL GDDCWWAPRW MKRVQEKLGL GETELPDERK RPTVRESETD QRALVGVGAP PPPPRPHDPT HPAPEPVRP MPPMRSNAPS AAGTARISTP PQPPQPPQAP AQQAGDEPAT TRFAMARNAV RNAVNSAVHG GAGSAAAPTE RAPRPGGPAQ PPAPPQREE REIESWLGAL RGPAPAKNVP QPPAQPQRPS TDTTRAMPPQ GRPPAGPADR GNENAPTTAF SAQRPPNGGA P ADATTAIP TPPQREQEPS TEKLNTREDA PEDPETKRRG GGMSAQDLLR REGRL

UniProtKB: Trehalose monomycolate exporter MmpL3

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分子 #2: 6-O-[(2S)-2-{(1S)-18-[(1R,2R)-2-hexylcyclopropyl]-1-hydroxyoctade...

分子名称: 6-O-[(2S)-2-{(1S)-18-[(1R,2R)-2-hexylcyclopropyl]-1-hydroxyoctadecyl}tricosanoyl]-alpha-D-glucopyranosyl alpha-D-glucopyranoside
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: 0HJ
分子量理論値: 1.071593 KDa
Chemical component information

ChemComp-0HJ:
6-O-[(2S)-2-{(1S)-18-[(1R,2R)-2-hexylcyclopropyl]-1-hydroxyoctadecyl}tricosanoyl]-alpha-D-glucopyranosyl alpha-D-glucopyranoside

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris, 100 mM NaCl
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 37.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 415447
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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