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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24135 | |||||||||
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タイトル | Elongating 70S ribosome complex in a hybrid-H2* pre-translocation (PRE-H2*) conformation | |||||||||
マップデータ | 70S ribosome complex in a hybrid-H2* pre-translocation (PRE-H2*) conformation | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cytoplasmic translational initiation / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / response to reactive oxygen species / transcription antitermination / regulation of cell growth / translational initiation / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / Escherichia coli BL21 (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.66 Å | |||||||||
データ登録者 | Rundlet EJ / Holm M / Schacherl M / Natchiar KS / Altman RB / Spahn CMT / Myasnikov AG / Blanchard SC | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2021 タイトル: Structural basis of early translocation events on the ribosome. 著者: Emily J Rundlet / Mikael Holm / Magdalena Schacherl / S Kundhavai Natchiar / Roger B Altman / Christian M T Spahn / Alexander G Myasnikov / Scott C Blanchard / 要旨: Peptide-chain elongation during protein synthesis entails sequential aminoacyl-tRNA selection and translocation reactions that proceed rapidly (2-20 per second) and with a low error rate (around ...Peptide-chain elongation during protein synthesis entails sequential aminoacyl-tRNA selection and translocation reactions that proceed rapidly (2-20 per second) and with a low error rate (around 10 to 10 at each step) over thousands of cycles. The cadence and fidelity of ribosome transit through mRNA templates in discrete codon increments is a paradigm for movement in biological systems that must hold for diverse mRNA and tRNA substrates across domains of life. Here we use single-molecule fluorescence methods to guide the capture of structures of early translocation events on the bacterial ribosome. Our findings reveal that the bacterial GTPase elongation factor G specifically engages spontaneously achieved ribosome conformations while in an active, GTP-bound conformation to unlock and initiate peptidyl-tRNA translocation. These findings suggest that processes intrinsic to the pre-translocation ribosome complex can regulate the rate of protein synthesis, and that energy expenditure is used later in the translocation mechanism than previously proposed. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24135.map.gz | 228.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24135-v30.xml emd-24135.xml | 75.2 KB 75.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_24135_fsc.xml | 18.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_24135.png | 60.3 KB | ||
その他 | emd_24135_additional_1.map.gz emd_24135_half_map_1.map.gz emd_24135_half_map_2.map.gz | 218.4 MB 411.2 MB 411.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24135 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24135 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24135_validation.pdf.gz | 834.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24135_full_validation.pdf.gz | 833.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24135_validation.xml.gz | 27.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24135_validation.cif.gz | 35.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24135 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24135 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24135.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 729 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 70S ribosome complex in a hybrid-H2* pre-translocation (PRE-H2*) conformation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Masked refinement map
ファイル | emd_24135_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Masked refinement map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map
ファイル | emd_24135_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map
ファイル | emd_24135_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Elongating 70S ribosome complex in a hybrid-H2* pre-translocation...
+超分子 #1: Elongating 70S ribosome complex in a hybrid-H2* pre-translocation...
+分子 #1: 16S rRNA
+分子 #22: mRNA
+分子 #23: 23S rRNA
+分子 #24: 5S rRNA
+分子 #55: tRNA
+分子 #56: tRNA
+分子 #2: 30S ribosomal protein S2
+分子 #3: 30S ribosomal protein S3
+分子 #4: 30S ribosomal protein S4
+分子 #5: 30S ribosomal protein S5
+分子 #6: 30S ribosomal protein S6
+分子 #7: 30S ribosomal protein S7
+分子 #8: 30S ribosomal protein S8
+分子 #9: 30S ribosomal protein S9
+分子 #10: 30S ribosomal protein S10
+分子 #11: 30S ribosomal protein S11
+分子 #12: 30S ribosomal protein S12
+分子 #13: 30S ribosomal protein S13
+分子 #14: 30S ribosomal protein S14
+分子 #15: 30S ribosomal protein S15
+分子 #16: 30S ribosomal protein S16
+分子 #17: 30S ribosomal protein S17
+分子 #18: 30S ribosomal protein S18
+分子 #19: 30S ribosomal protein S19
+分子 #20: 30S ribosomal protein S20
+分子 #21: 30S ribosomal protein S21
+分子 #25: 50S ribosomal protein L2
+分子 #26: 50S ribosomal protein L3
+分子 #27: 50S ribosomal protein L4
+分子 #28: 50S ribosomal protein L5
+分子 #29: 50S ribosomal protein L6
+分子 #30: 50S ribosomal protein L9
+分子 #31: 50S ribosomal protein L13
+分子 #32: 50S ribosomal protein L14
+分子 #33: 50S ribosomal protein L15
+分子 #34: 50S ribosomal protein L16
+分子 #35: 50S ribosomal protein L17
+分子 #36: 50S ribosomal protein L18
+分子 #37: 50S ribosomal protein L19
+分子 #38: 50S ribosomal protein L20
+分子 #39: 50S ribosomal protein L21
+分子 #40: 50S ribosomal protein L22
+分子 #41: 50S ribosomal protein L23
+分子 #42: 50S ribosomal protein L24
+分子 #43: 50S ribosomal protein L25
+分子 #44: 50S ribosomal protein L27
+分子 #45: 50S ribosomal protein L28
+分子 #46: 50S ribosomal protein L29
+分子 #47: 50S ribosomal protein L30
+分子 #48: 50S ribosomal protein L31
+分子 #49: 50S ribosomal protein L32
+分子 #50: 50S ribosomal protein L33
+分子 #51: 50S ribosomal protein L34
+分子 #52: 50S ribosomal protein L35
+分子 #53: 50S ribosomal protein L36
+分子 #54: Nascent peptide
+分子 #57: 1,4-DIAMINOBUTANE
+分子 #58: MAGNESIUM ION
+分子 #59: ZINC ION
+分子 #60: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #61: SPERMIDINE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 87.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 87818 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
FSC曲線 (解像度の算出) |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | PDB-7n30: |