+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24084 | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with 1 perturbed PI | ||||||||||||||||||
![]() | |||||||||||||||||||
![]() |
| ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() temperature-gated ion channel activity / response to capsazepine / negative regulation of establishment of blood-brain barrier / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / urinary bladder smooth muscle contraction / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to temperature stimulus / smooth muscle contraction involved in micturition ...temperature-gated ion channel activity / response to capsazepine / negative regulation of establishment of blood-brain barrier / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / urinary bladder smooth muscle contraction / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to temperature stimulus / smooth muscle contraction involved in micturition / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Zhang K / Julius D / Cheng Y | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
| ||||||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural snapshots of TRPV1 reveal mechanism of polymodal functionality. 著者: Kaihua Zhang / David Julius / Yifan Cheng / ![]() 要旨: Many transient receptor potential (TRP) channels respond to diverse stimuli and conditionally conduct small and large cations. Such functional plasticity is presumably enabled by a uniquely dynamic ...Many transient receptor potential (TRP) channels respond to diverse stimuli and conditionally conduct small and large cations. Such functional plasticity is presumably enabled by a uniquely dynamic ion selectivity filter that is regulated by physiological agents. What is currently missing is a "photo series" of intermediate structural states that directly address this hypothesis and reveal specific mechanisms behind such dynamic channel regulation. Here, we exploit cryoelectron microscopy (cryo-EM) to visualize conformational transitions of the capsaicin receptor, TRPV1, as a model to understand how dynamic transitions of the selectivity filter in response to algogenic agents, including protons, vanilloid agonists, and peptide toxins, permit permeation by small and large organic cations. These structures also reveal mechanisms governing ligand binding substates, as well as allosteric coupling between key sites that are proximal to the selectivity filter and cytoplasmic gate. These insights suggest a general framework for understanding how TRP channels function as polymodal signal integrators. | ||||||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 117.2 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.3 KB 17.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.1 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 168.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 98.4 MB 98.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7mz6MC ![]() 7l2hC ![]() 7l2iC ![]() 7l2jC ![]() 7l2kC ![]() 7l2lC ![]() 7l2mC ![]() 7l2nC ![]() 7l2oC ![]() 7l2pC ![]() 7l2rC ![]() 7l2sC ![]() 7l2tC ![]() 7l2uC ![]() 7l2vC ![]() 7l2wC ![]() 7l2xC ![]() 7mz5C ![]() 7mz7C ![]() 7mz9C ![]() 7mzaC ![]() 7mzbC ![]() 7mzcC ![]() 7mzdC ![]() 7mzeC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.834 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_24084_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_24084_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : minimal TRPV1 in nanodisc
全体 | 名称: minimal TRPV1 in nanodisc |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: minimal TRPV1 in nanodisc
超分子 | 名称: minimal TRPV1 in nanodisc / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 73.016352 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GAMGSRLYDR RSIFDAVAQS NCQELESLLP FLQRSKKRLT DSEFKDPETG KTCLLKAMLN LHNGQNDTIA LLLDVARKTD SLKQFVNAS YTDSYYKGQT ALHIAIERRN MTLVTLLVEN GADVQAAANG DFFKKTKGRP GFYFGELPLS LAACTNQLAI V KFLLQNSW ...文字列: GAMGSRLYDR RSIFDAVAQS NCQELESLLP FLQRSKKRLT DSEFKDPETG KTCLLKAMLN LHNGQNDTIA LLLDVARKTD SLKQFVNAS YTDSYYKGQT ALHIAIERRN MTLVTLLVEN GADVQAAANG DFFKKTKGRP GFYFGELPLS LAACTNQLAI V KFLLQNSW QPADISARDS VGNTVLHALV EVADNTVDNT KFVTSMYNEI LILGAKLHPT LKLEEITNRK GLTPLALAAS SG KIGVLAY ILQREIHEPE CRHLSRKFTE WAYGPVHSSL YDLSCIDTCE KNSVLEVIAY SSSETPNRHD MLLVEPLNRL LQD KWDRFV KRIFYFNFFV YCLYMIIFTA AAYYRPVEGL PPYKLKNTVG DYFRVTGEIL SVSGGVYFFF RGIQYFLQRR PSLK SLFVD SYSEILFFVQ SLFMLVSVVL YFSQRKEYVA SMVFSLAMGW TNMLYYTRGF QQMGIYAVMI EKMILRDLCR FMFVY LVFL FGFSTAVVTL IEDGKYNSLY STCLELFKFT IGMGDLEFTE NYDFKAVFII LLLAYVILTY ILLLNMLIAL MGETVN KIA QESKNIWKLQ RAITILDTEK SFLKCMRKAF RSGKLLQVGF TPDGKDDYRW CFRVDEVNWT TWNTNVGIIN EDPG |
-分子 #2: (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5...
分子 | 名称: (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: XJ7 |
---|---|
分子量 | 理論値: 600.633 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-XJ7: |
-分子 #3: (10R,13S)-16-amino-13-hydroxy-7,13-dioxo-8,12,14-trioxa-13lambda~...
分子 | 名称: (10R,13S)-16-amino-13-hydroxy-7,13-dioxo-8,12,14-trioxa-13lambda~5~-phosphahexadecan-10-yl hexadecanoate タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: 6IY |
---|---|
分子量 | 理論値: 565.72 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-6IY: |
-分子 #4: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 |
---|---|
分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
---|---|
![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 6.85 |
---|---|
糖包埋 | 材質: nanodisc |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 66.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |