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万見
- EMDB-24005: Legionella pneumophila Dot/Icm T4SS OMC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24005
タイトルLegionella pneumophila Dot/Icm T4SS OMC
マップデータReconstruction of the Legionella pneumophila Dot/Icm T4SS OMC
試料
  • 複合体: Legionella pneumophila Dot/Icm T4SS OMC
    • タンパク質・ペプチド: DotC
    • タンパク質・ペプチド: DotD
    • タンパク質・ペプチド: Type IV secretion protein IcmK分泌
    • タンパク質・ペプチド: Inner membrane lipoprotein YiaD
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein, OmpA family protein
    • タンパク質・ペプチド: DUF2807 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Neurogenic locus notch
    • タンパク質・ペプチド: Unknown protein fragment
    • タンパク質・ペプチド: DotF
機能・相同性
機能・相同性情報


Putative auto-transporter adhesin, head GIN domain / Putative auto-transporter adhesin, head GIN domain / Putative type IV secretory system protein / Type IV secretory system, conjugal DNA-protein transfer / DotD protein / DotD superfamily / DotD protein / Putative outer membrane core complex of type IVb secretion / Putative outer membrane core complex of type IVb secretion / OmpA-like domain superfamily ...Putative auto-transporter adhesin, head GIN domain / Putative auto-transporter adhesin, head GIN domain / Putative type IV secretory system protein / Type IV secretory system, conjugal DNA-protein transfer / DotD protein / DotD superfamily / DotD protein / Putative outer membrane core complex of type IVb secretion / Putative outer membrane core complex of type IVb secretion / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / OmpA-like domain profile. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative auto-transporter adhesin head GIN domain-containing protein / Neurogenic locus notch / Type IV secretion protein IcmK / DotD / DotC / LphA (DotK) / DotF / Outer membrane protein, OmpA family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sheedlo MJ / Durie CL / Swanson M / Lacy DB / Ohi MD
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01AI118932 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)F32 AI150027-01 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)2T32DK007673 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD020011 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM reveals new species-specific proteins and symmetry elements in the Dot/Icm T4SS.
著者: Michael J Sheedlo / Clarissa L Durie / Jeong Min Chung / Louise Chang / Jacquelyn Roberts / Michele Swanson / Dana Borden Lacy / Melanie D Ohi /
要旨: is an opportunistic pathogen that causes the potentially fatal pneumonia known as Legionnaires' disease. The pathology associated with infection depends on bacterial delivery of effector proteins ... is an opportunistic pathogen that causes the potentially fatal pneumonia known as Legionnaires' disease. The pathology associated with infection depends on bacterial delivery of effector proteins into the host via the membrane spanning Dot/Icm type IV secretion system (T4SS). We have determined sub-3.0 Å resolution maps of the Dot/Icm T4SS core complex by single particle cryo-EM. The high-resolution structural analysis has allowed us to identify proteins encoded outside the Dot/Icm genetic locus that contribute to the core T4SS structure. We can also now define two distinct areas of symmetry mismatch, one that connects the C18 periplasmic ring (PR) and the C13 outer membrane cap (OMC) and one that connects the C13 OMC with a 16-fold symmetric dome. Unexpectedly, the connection between the PR and OMC is DotH, with five copies sandwiched between the OMC and PR to accommodate the symmetry mismatch. Finally, we observe multiple conformations in the reconstructions that indicate flexibility within the structure.
履歴
登録2021年5月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月6日-
マップ公開2021年10月6日-
更新2022年4月20日-
現状2022年4月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7mud
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7mud
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24005.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24005.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 506 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the Legionella pneumophila Dot/Icm T4SS OMC
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.095674366 - 0.17429718
平均 (標準偏差)0.00025483614 (±0.004002151)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ510510510
Spacing510510510
セルA=B=C: 561.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z510510510
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z561.000561.000561.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ484647
NX/NY/NZ97101117
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS510510510
D min/max/mean-0.0960.1740.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Legionella pneumophila Dot/Icm T4SS OMC

全体名称: Legionella pneumophila Dot/Icm T4SS OMC
要素
  • 複合体: Legionella pneumophila Dot/Icm T4SS OMC
    • タンパク質・ペプチド: DotC
    • タンパク質・ペプチド: DotD
    • タンパク質・ペプチド: Type IV secretion protein IcmK分泌
    • タンパク質・ペプチド: Inner membrane lipoprotein YiaD
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein, OmpA family protein
    • タンパク質・ペプチド: DUF2807 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Neurogenic locus notch
    • タンパク質・ペプチド: Unknown protein fragment
    • タンパク質・ペプチド: DotF

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超分子 #1: Legionella pneumophila Dot/Icm T4SS OMC

超分子名称: Legionella pneumophila Dot/Icm T4SS OMC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)

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分子 #1: DotC

分子名称: DotC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
分子量理論値: 34.162441 KDa
配列文字列: MRKFILSLSI LLSALLVACS SRNHYGDTGS LAGLQAMADS KYTRAQKKQK MGKIREMALK ETALSVGAQA GLAWRAKIID EQLNKQARN LDAIYDFNSL VLEHNILPPV LLEGRNTLNL ADAQSIRISD RTYKVAKQAH FITTPPTWRQ YLWMDYVKPE A PNVTLLPK ...文字列:
MRKFILSLSI LLSALLVACS SRNHYGDTGS LAGLQAMADS KYTRAQKKQK MGKIREMALK ETALSVGAQA GLAWRAKIID EQLNKQARN LDAIYDFNSL VLEHNILPPV LLEGRNTLNL ADAQSIRISD RTYKVAKQAH FITTPPTWRQ YLWMDYVKPE A PNVTLLPK TKAEKEIWCI YTERGWKNGI DQANTILEEN IARIKEDFGG MILYRKLLAM NMVSPPYVSH TDLGVTGDGS EI HIDDRVL RITALPELNV NSAEWRAAVA KDENALERFK NMEKLANQAK IVITNKSWQP IIAPVS

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分子 #2: DotD

分子名称: DotD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 26 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
分子量理論値: 17.860678 KDa
配列文字列:
MNNNKIVIMF IFSALLAGCA GTMKFKKPPI NNPSDDATIK LAEAAVSVSD SMLEMAKVEK VITPPSKDNT LTIPNAYNLQ ARASVDWSG PIEELTARIA KAAHFRFRVL GKSPSVPVLI SISTKDESLA EILRDIDYQA GKKASIHVYP NSQVVELRYA K IYS

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分子 #3: Type IV secretion protein IcmK

分子名称: Type IV secretion protein IcmK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
分子量理論値: 38.958926 KDa
配列文字列: MMKKYDQLCK YCLVIGLTFS MSCSIYAADQ SDDAQQALQQ LRMLQQKLSQ NPSPDAQSGA GDGGDNAASD STQQPNQSGQ ANAPAANQT ATAGGDGQII SQDDAEVIDK KAFKDMTRNL YPLNPEQVVK LKQIYETSEY AKAATPGTPP KPTATSQFVN L SPGSTPPV ...文字列:
MMKKYDQLCK YCLVIGLTFS MSCSIYAADQ SDDAQQALQQ LRMLQQKLSQ NPSPDAQSGA GDGGDNAASD STQQPNQSGQ ANAPAANQT ATAGGDGQII SQDDAEVIDK KAFKDMTRNL YPLNPEQVVK LKQIYETSEY AKAATPGTPP KPTATSQFVN L SPGSTPPV IRLSQGFVSS LVFLDSTGAP WPIAAYDLGD PSSFNIQWDK TSNTLMIQAT KLYNYGNLAV RLRGLNTPVM LT LIPGQKA VDYRVDLRVQ GYGPNAKSMP TEEGIPPSAN DLLLHVLEGV PPPGSRRLVV SGGDARAWLS NEKMYVRTNL TIL SPGWLA SMTSADGTHA YEMQKSPVLL VSWHGKVMQL KVEGL

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分子 #4: Inner membrane lipoprotein YiaD

分子名称: Inner membrane lipoprotein YiaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
分子量理論値: 21.096492 KDa
配列文字列: MRSLRTNYIY VLFKTTGLLF LLLLSACNRS GYIPENEVPK LPCRVDGACD ATIIKMMTDL NKKGIKVASV GQNYLISIPA SALFADQSP RLNWASYSLL NEIAAFLKQF RKIAITVTSY SSKYVSVKRE RALTLARSRV VSEYLWSQGV DSRIIFTQGL G SDKPITSY ...文字列:
MRSLRTNYIY VLFKTTGLLF LLLLSACNRS GYIPENEVPK LPCRVDGACD ATIIKMMTDL NKKGIKVASV GQNYLISIPA SALFADQSP RLNWASYSLL NEIAAFLKQF RKIAITVTSY SSKYVSVKRE RALTLARSRV VSEYLWSQGV DSRIIFTQGL G SDKPITSY TLGGDRSPNA RVEITFRRAV A

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分子 #5: Outer membrane protein, OmpA family protein

分子名称: Outer membrane protein, OmpA family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
分子量理論値: 27.582047 KDa
配列文字列: MRNLMRCLIM IKSLIKGVDM SRKLAKTRIL GYGLMICFLA GCFHPPYNNF QPDRRAVKRV GVDTGIGAVA GAIASGTASG TLIGAAAGG TVGLVASIYR DSKRKIIRDL QKQDIQYVEY GDTRTLIIPT DKYFMFSSPR LNEICYPGLN NVIRLLNFYP Q STIYVAGF ...文字列:
MRNLMRCLIM IKSLIKGVDM SRKLAKTRIL GYGLMICFLA GCFHPPYNNF QPDRRAVKRV GVDTGIGAVA GAIASGTASG TLIGAAAGG TVGLVASIYR DSKRKIIRDL QKQDIQYVEY GDTRTLIIPT DKYFMFSSPR LNEICYPGLN NVIRLLNFYP Q STIYVAGF TDNVGSRSHK RKLSQAQAET MMTFLWANGI AAKRLKAEGY GDKNAISDNA IIHGSAQNRR IEIQWFTSPA QP PQPQMAY VK

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分子 #6: DUF2807 domain-containing protein

分子名称: DUF2807 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
分子量理論値: 36.095367 KDa
配列文字列: MLKRCYLLIL LMFVLASCAH HKPQTPPAEV KKQGTSSTRQ FRQVSSFNQI VVQGRLNVNL HTGYNKPEVM LRGDPRDLVQ VRTIVKQNT LYVSLGQGYP DYGAVTVDIK TKFLNRFRYE GAGVVTGNNL RTSYLDLYLA NEGTTRLAGN IGLQKLEAVG N GVTQINGV ...文字列:
MLKRCYLLIL LMFVLASCAH HKPQTPPAEV KKQGTSSTRQ FRQVSSFNQI VVQGRLNVNL HTGYNKPEVM LRGDPRDLVQ VRTIVKQNT LYVSLGQGYP DYGAVTVDIK TKFLNRFRYE GAGVVTGNNL RTSYLDLYLA NEGTTRLAGN IGLQKLEAVG N GVTQINGV SSRNLQIVLK GDPKVLISGF VNLRQLDMYG KGTLSLYWIK SDTLTIRAKK AAKIQLAGIV NRLDVELWDF AQ FKGKYLR AQRSFVKTHD KSVAEISAVN HQSSLATDAS DIYYYNLSKT RADFMAFNGS VLDMREWGQS DLKDFDRYNK QFP

+
分子 #7: Neurogenic locus notch

分子名称: Neurogenic locus notch / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
分子量理論値: 13.598854 KDa
配列文字列:
MLFLKIKTNQ RTTMNILKPK AFLLASVFVL SISPAFAADG CCSKMGGINY CDSSAGRLVC NNGFYSTCYC TRHAVMDLQF LMGCCLWHG GVYPQLNSSG LVVCNDGYVS EECSLQKPVE QISVY

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分子 #8: Unknown protein fragment

分子名称: Unknown protein fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
分子量理論値: 783.958 Da
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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分子 #9: DotF

分子名称: DotF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
分子量理論値: 29.729969 KDa
配列文字列: MMAEHDQNND EYKFAELDSY DMDQAGESDL DSEASYQSGK EGLTKKKDIK RNALIAIGAV VFIMVMYKII GWMFFSDKSS QVTSKPAIP PVTQVATPQP VQTIPTTTPI QQVQPTTIIE DDPDLKKKVS AIEMTQQSLR SEVNALSEQI NAVNNNIKNL N AQIVNLNQ ...文字列:
MMAEHDQNND EYKFAELDSY DMDQAGESDL DSEASYQSGK EGLTKKKDIK RNALIAIGAV VFIMVMYKII GWMFFSDKSS QVTSKPAIP PVTQVATPQP VQTIPTTTPI QQVQPTTIIE DDPDLKKKVS AIEMTQQSLR SEVNALSEQI NAVNNNIKNL N AQIVNLNQ IIGNMSNQIA RQSEVINVLM ARTTPKKVVK VSRPIVQARI IYYIQAVIPG RAWLIGSNGS TLTVREGSKI PG YGMVKLI DSLQGRILTS SGQVIKFSQE DS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 84886

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7mud:
Legionella pneumophila Dot/Icm T4SS OMC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る