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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23926 | |||||||||
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タイトル | The structure of the Tetrahymena thermophila outer dynein arm on doublet microtubule | |||||||||
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![]() | cilia / doublet / axoneme / outer dynein arm / dynein / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() outer dynein arm / outer dynein arm assembly / dynein light chain binding / cilium movement / dynein heavy chain binding / axonemal dynein complex / dynein complex / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / cytoplasmic dynein complex ...outer dynein arm / outer dynein arm assembly / dynein light chain binding / cilium movement / dynein heavy chain binding / axonemal dynein complex / dynein complex / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / cytoplasmic dynein complex / motile cilium / dynein intermediate chain binding / microtubule-based movement / microtubule-based process / protein-disulfide reductase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / cilium / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / microtubule / hydrolase activity / GTPase activity / centrosome / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å | |||||||||
![]() | Kubo S / Yang SK / Ichikawa M / Bui KH | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Remodeling and activation mechanisms of outer arm dyneins revealed by cryo-EM. 著者: Shintaroh Kubo / Shun Kai Yang / Corbin S Black / Daniel Dai / Melissa Valente-Paterno / Jacek Gaertig / Muneyoshi Ichikawa / Khanh Huy Bui / ![]() ![]() ![]() 要旨: Cilia are thin microtubule-based protrusions of eukaryotic cells. The swimming of ciliated protists and sperm cells is propelled by the beating of cilia. Cilia propagate the flow of mucus in the ...Cilia are thin microtubule-based protrusions of eukaryotic cells. The swimming of ciliated protists and sperm cells is propelled by the beating of cilia. Cilia propagate the flow of mucus in the trachea and protect the human body from viral infections. The main force generators of ciliary beating are the outer dynein arms (ODAs) which attach to the doublet microtubules. The bending of cilia is driven by the ODAs' conformational changes caused by ATP hydrolysis. Here, we report the native ODA complex structure attaching to the doublet microtubule by cryo-electron microscopy. The structure reveals how the ODA complex is attached to the doublet microtubule via the docking complex in its native state. Combined with coarse-grained molecular dynamic simulations, we present a model of how the attachment of the ODA to the doublet microtubule induces remodeling and activation of the ODA complex. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 5.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 52.2 KB 52.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 93.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 18.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 450 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 449.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.3 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.73 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : Outer dynein arm complex from Tetrahymena thermophila
+超分子 #1: Outer dynein arm complex from Tetrahymena thermophila
+分子 #1: Dynein-1-alpha heavy chain, flagellar inner arm I1 complex protei...
+分子 #2: Outer arm dynein beta heavy chain
+分子 #3: Dynein heavy chain, outer arm protein
+分子 #4: Dynein intermediate chain 2
+分子 #5: Flagellar outer dynein arm intermediate protein, putative
+分子 #6: Dynein light chain roadblock-type 2 protein
+分子 #7: Dynein light chain roadblock-type 2 protein
+分子 #8: Dynein light chain
+分子 #9: Dynein light chain
+分子 #10: Dynein light chain
+分子 #11: Dynein light chain
+分子 #12: Dynein light chain
+分子 #13: Dynein light chain
+分子 #14: Dynein light chain 2A
+分子 #15: Dynein light chain tctex-type 1 protein
+分子 #16: Thioredoxin
+分子 #17: Tubulin beta chain
+分子 #18: Tubulin alpha chain
+分子 #19: Outer dynein arm docking complex protein oda protein
+分子 #20: Docking complex 1/2 protein
+分子 #21: Docking complex 1 protein
+分子 #22: Outer dynein arm docking complex protein oda protein
+分子 #23: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #24: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #25: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #26: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #27: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: C-flat-2/1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot force 3 for 5 seconds. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 179 |
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得られたモデル | ![]() PDB-7moq: |