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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23858 | |||||||||||||||
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タイトル | Mouse TRPV3 in cNW11 nanodiscs, open state at 42 degrees Celsius | |||||||||||||||
![]() | TRPV3 in cNW11 nanodiscs, open state at 42 degrees Celsius | |||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() negative regulation of hair cycle / TRP channels / osmosensory signaling pathway / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / monoatomic cation channel activity / actin filament organization / calcium channel activity / cilium ...negative regulation of hair cycle / TRP channels / osmosensory signaling pathway / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / monoatomic cation channel activity / actin filament organization / calcium channel activity / cilium / monoatomic ion channel activity / receptor complex / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å | |||||||||||||||
![]() | Nadezhdin KD / Neuberger A / Sobolevsky AI | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural mechanism of heat-induced opening of a temperature-sensitive TRP channel. 著者: Kirill D Nadezhdin / Arthur Neuberger / Yuri A Trofimov / Nikolay A Krylov / Viktor Sinica / Nikita Kupko / Viktorie Vlachova / Eleonora Zakharian / Roman G Efremov / Alexander I Sobolevsky / ![]() ![]() ![]() 要旨: Numerous physiological functions rely on distinguishing temperature through temperature-sensitive transient receptor potential channels (thermo-TRPs). Although the function of thermo-TRPs has been ...Numerous physiological functions rely on distinguishing temperature through temperature-sensitive transient receptor potential channels (thermo-TRPs). Although the function of thermo-TRPs has been studied extensively, structural determination of their heat- and cold-activated states has remained a challenge. Here, we present cryo-EM structures of the nanodisc-reconstituted wild-type mouse TRPV3 in three distinct conformations: closed, heat-activated sensitized and open states. The heat-induced transformations of TRPV3 are accompanied by changes in the secondary structure of the S2-S3 linker and the N and C termini and represent a conformational wave that links these parts of the protein to a lipid occupying the vanilloid binding site. State-dependent differences in the behavior of bound lipids suggest their active role in thermo-TRP temperature-dependent gating. Our structural data, supported by physiological recordings and molecular dynamics simulations, provide an insight for understanding the molecular mechanism of temperature sensing. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17 KB 17 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 172.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | TRPV3 in cNW11 nanodiscs, open state at 42 degrees Celsius | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.87082 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
全体 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3 |
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要素 |
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-超分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
超分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 924.7 KDa |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 92.630695 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MNAHSKEMAP LMGKRTTAPG GNPVVLTEKR PADLTPTKKS AHFFLEIEGF EPNPTVTKTS PPIFSKPMDS NIRQCLSGNC DDMDSPQSP QDDVTETPSN PNSPSANLAK EEQRQKKKRL KKRIFAAVSE GCVEELRELL QDLQDLCRRR RGLDVPDFLM H KLTASDTG ...文字列: MNAHSKEMAP LMGKRTTAPG GNPVVLTEKR PADLTPTKKS AHFFLEIEGF EPNPTVTKTS PPIFSKPMDS NIRQCLSGNC DDMDSPQSP QDDVTETPSN PNSPSANLAK EEQRQKKKRL KKRIFAAVSE GCVEELRELL QDLQDLCRRR RGLDVPDFLM H KLTASDTG KTCLMKALLN INPNTKEIVR ILLAFAEEND ILDRFINAEY TEEAYEGQTA LNIAIERRQG DITAVLIAAG AD VNAHAKG VFFNPKYQHE GFYFGETPLA LAACTNQPEI VQLLMENEQT DITSQDSRGN NILHALVTVA EDFKTQNDFV KRM YDMILL RSGNWELETM RNNDGLTPLQ LAAKMGKAEI LKYILSREIK EKPLRSLSRK FTDWAYGPVS SSLYDLTNVD TTTD NSVLE IIVYNTNIDN RHEMLTLEPL HTLLHTKWKK FAKYMFFLSF CFYFFYNITL TLVSYYRPRE DEDLPHPLAL THKMS WLQL LGRMFVLIWA TCISVKEGIA IFLLRPSDLQ SILSDAWFHF VFFVQAVLVI LSVFLYLFAY KEYLACLVLA MALGWA NML YYTRGFQSMG MYSVMIQKVI LHDVLKFLFV YILFLLGFGV ALASLIEKCS KDKKDCSSYG SFSDAVLELF KLTIGLG DL NIQQNSTYPI LFLFLLITYV ILTFVLLLNM LIALMGETVE NVSKESERIW RLQRARTILE FEKMLPEWLR SRFRMGEL C KVADEDFRLC LRINEVKWTE WKTHVSFLNE DPGPIRRTAD LNKIQDSSRS NSKTTLYAFD ELDEFPETSV LVPRGSAAA WSHPQFEK |
-分子 #2: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 28 / 式: POV |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-POV: |
-分子 #3: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 3.0 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 30 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 18667 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 59.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -0.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | ![]() PDB-7mio: |