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- EMDB-23837: Human Hedgehog acyltransferase (HHAT) in complex with a palmitoyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23837
タイトルHuman Hedgehog acyltransferase (HHAT) in complex with a palmitoylated Hedgehog peptide product and a Fab antibody fragment
マップデータfinal map
試料
  • 複合体: HHAT in complex with a palmitoylated Hedgehog peptide product and a Fab antibody fragment
    • タンパク質・ペプチド: Sonic hedgehog protein N-product peptide
    • タンパク質・ペプチド: Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT
    • タンパク質・ペプチド: 3H02 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 3H02 Fab light chain
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: Palmitoyl-CoA
  • リガンド: Digitonin
キーワードMBOAT / GOAT / porcupine / acyl transferase / membrane protein / membrane enzyme / ER / palmitoyl-CoA / TRANSFERASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


N-terminal peptidyl-L-cysteine N-palmitoylation / positive regulation of skeletal muscle cell proliferation / right lung development / left lung development / primary prostatic bud elongation / regulation of mesenchymal cell proliferation involved in prostate gland development / mesenchymal smoothened signaling pathway involved in prostate gland development / positive regulation of sclerotome development / tracheoesophageal septum formation / negative regulation of ureter smooth muscle cell differentiation ...N-terminal peptidyl-L-cysteine N-palmitoylation / positive regulation of skeletal muscle cell proliferation / right lung development / left lung development / primary prostatic bud elongation / regulation of mesenchymal cell proliferation involved in prostate gland development / mesenchymal smoothened signaling pathway involved in prostate gland development / positive regulation of sclerotome development / tracheoesophageal septum formation / negative regulation of ureter smooth muscle cell differentiation / positive regulation of ureter smooth muscle cell differentiation / negative regulation of kidney smooth muscle cell differentiation / positive regulation of kidney smooth muscle cell differentiation / morphogen activity / regulation of odontogenesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation involved in ureter development / O-acyltransferase activity / trunk neural crest cell migration / Formation of lateral plate mesoderm / hindgut morphogenesis / polarity specification of anterior/posterior axis / striated muscle tissue development / negative regulation of alpha-beta T cell differentiation / regulation of glial cell proliferation / regulation of prostatic bud formation / metanephric mesenchymal cell proliferation involved in metanephros development / formation of anatomical boundary / lung epithelium development / positive regulation of striated muscle cell differentiation / ventral midline development / trachea morphogenesis / cholesterol-protein transferase activity / bud outgrowth involved in lung branching / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np / telencephalon regionalization / epithelial-mesenchymal cell signaling / Ligand-receptor interactions / laminin-1 binding / negative regulation of cholesterol efflux / salivary gland cavitation / spinal cord dorsal/ventral patterning / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / negative regulation of T cell differentiation in thymus / palmitoyltransferase activity / spinal cord motor neuron differentiation / positive regulation of T cell differentiation in thymus / cell development / intermediate filament organization / prostate gland development / cerebellar granule cell precursor proliferation / limb bud formation / Activation of SMO / lung lobe morphogenesis / embryonic skeletal system development / establishment of epithelial cell polarity / skeletal muscle fiber differentiation / mesenchymal cell apoptotic process / patched binding / embryonic digestive tract morphogenesis / somite development / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / animal organ formation / embryonic foregut morphogenesis / hindbrain development / neuron fate commitment / ectoderm development / positive regulation of skeletal muscle tissue development / thalamus development / stem cell development / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / skeletal muscle cell proliferation / lymphoid progenitor cell differentiation / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / dorsal/ventral neural tube patterning / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / smooth muscle tissue development / negative thymic T cell selection / pattern specification process / artery development / positive regulation of astrocyte differentiation / oligodendrocyte development / male genitalia development / regulation of stem cell proliferation / self proteolysis / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / embryonic pattern specification / branching involved in salivary gland morphogenesis / Release of Hh-Np from the secreting cell / dopaminergic neuron differentiation / lung-associated mesenchyme development / glycosaminoglycan binding / intein-mediated protein splicing / Formation of axial mesoderm / regulation of proteolysis / metanephric collecting duct development / metanephros development
類似検索 - 分子機能
: / Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Membrane bound O-acyl transferase, MBOAT / MBOAT, membrane-bound O-acyltransferase family / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily ...: / Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Membrane bound O-acyl transferase, MBOAT / MBOAT, membrane-bound O-acyltransferase family / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sonic hedgehog protein / Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Long SB / Jiang Y
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM131921 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA008748 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Substrate and product complexes reveal mechanisms of Hedgehog acylation by HHAT.
著者: Yiyang Jiang / Thomas L Benz / Stephen B Long /
要旨: Hedgehog proteins govern crucial developmental steps in animals and drive certain human cancers. Before they can function as signaling molecules, Hedgehog precursor proteins must undergo amino- ...Hedgehog proteins govern crucial developmental steps in animals and drive certain human cancers. Before they can function as signaling molecules, Hedgehog precursor proteins must undergo amino-terminal palmitoylation by Hedgehog acyltransferase (HHAT). We present cryo-electron microscopy structures of human HHAT in complex with its palmitoyl-coenzyme A substrate and of a product complex with a palmitoylated Hedgehog peptide at resolutions of 2.7 and 3.2 angstroms, respectively. The structures reveal how HHAT overcomes the challenges of bringing together substrates that have different physiochemical properties from opposite sides of the endoplasmic reticulum membrane within a membrane-embedded active site for catalysis. These principles are relevant to related enzymes that catalyze the acylation of Wnt and of the appetite-stimulating hormone ghrelin. The structural and mechanistic insights may advance the development of inhibitors for cancer.
履歴
登録2021年4月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月16日-
マップ公開2021年6月16日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.877
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.877
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7mhz
  • 表面レベル: 0.877
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7mhz
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23837.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23837.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 204.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈final map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
0.53 Å/pix.
x 377 pix.
= 200.564 Å		0.53 Å/pix.
x 377 pix.
= 200.564 Å		0.53 Å/pix.
x 377 pix.
= 200.564 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.532 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.877 / ムービー #1: 0.877
最小 - 最大-1.9214307 - 3.9598546
平均 (標準偏差)0.07945373 (±0.15568584)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin1229869
サイズ377377377
Spacing377377377
セルA=B=C: 200.564 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.5320.5320.532
M x/y/z377377377
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z200.564200.564200.564
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1229869
NX/NY/NZ377377377
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS9812269
NC/NR/NS377377377
D min/max/mean-1.9213.9600.079

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HHAT in complex with a palmitoylated Hedgehog peptide product and...

全体名称: HHAT in complex with a palmitoylated Hedgehog peptide product and a Fab antibody fragment
要素
  • 複合体: HHAT in complex with a palmitoylated Hedgehog peptide product and a Fab antibody fragment
    • タンパク質・ペプチド: Sonic hedgehog protein N-product peptide
    • タンパク質・ペプチド: Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT
    • タンパク質・ペプチド: 3H02 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 3H02 Fab light chain
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: Palmitoyl-CoA
  • リガンド: Digitonin

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超分子 #1: HHAT in complex with a palmitoylated Hedgehog peptide product and...

超分子名称: HHAT in complex with a palmitoylated Hedgehog peptide product and a Fab antibody fragment
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Sonic hedgehog protein N-product peptide

分子名称: Sonic hedgehog protein N-product peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 750.848 Da
配列文字列:
CGPGRGFG

UniProtKB: Sonic hedgehog protein

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分子 #2: Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT

分子名称: Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.358742 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLPRWELALY LLASLGFHFY SFYEVYKVSR EHEEELDQEF ELETDTLFGG LKKDATDFEW SFWMEWGKQW LVWLLLGHMV VSQMATLLA RKHRPWILML YGMWACWCVL GTPGVAMVLL HTTISFCVAQ FRSQLLTWLC SLLLLSTLRL QGVEEVKRRW Y KTENEYYL ...文字列:
MLPRWELALY LLASLGFHFY SFYEVYKVSR EHEEELDQEF ELETDTLFGG LKKDATDFEW SFWMEWGKQW LVWLLLGHMV VSQMATLLA RKHRPWILML YGMWACWCVL GTPGVAMVLL HTTISFCVAQ FRSQLLTWLC SLLLLSTLRL QGVEEVKRRW Y KTENEYYL LQFTLTVRCL YYTSFSLELC WQQLPAASTS YSFPWMLAYV FYYPVLHNGP ILSFSEFIKQ MQQQEHDSLK AS LCVLALG LGRLLCWWWL AELMAHLMYM HAIYSSIPLL ETVSCWTLGG LALAQVLFFY VKYLVLFGVP ALLMRLDGLT PPA LPRCVS TMFSFTGMWR YFDVGLHNFL IRYVYIPVGG SQHGLLGTLF STAMTFAFVS YWHGGYDYLW CWAALNWLGV TVEN GVRRL VETPCIQDSL ARYFSPQARR RFHAALASCS TSMLILSNLV FLGGNEVGKT YWNRIFIQGW PWVTLSVLGF LYCYS HVGI AWAQTYATD

UniProtKB: Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT

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分子 #3: 3H02 Fab heavy chain

分子名称: 3H02 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 51.307891 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSQ IQLVQSGPEL KKPGETVKIS CKASGYTFTN YGMNWVRQAP GKGLKWMGWI NTYTGEPTYA DDFKGRFAF SLETSASTAY LQINNLKDED MATYFCARVW NYDYYFDYWG QGTTLTVSSA KTTPPSVYPL APGSAAQTNS M VTLGCLVK ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSQ IQLVQSGPEL KKPGETVKIS CKASGYTFTN YGMNWVRQAP GKGLKWMGWI NTYTGEPTYA DDFKGRFAF SLETSASTAY LQINNLKDED MATYFCARVW NYDYYFDYWG QGTTLTVSSA KTTPPSVYPL APGSAAQTNS M VTLGCLVK GYFPEPVTVT WNSGSLSSGV HTFPAVLQSD LYTLSSSVTV PSSPRPSETV TCNVAHPASS TKVDKKIVPR DC GCKPCIC TVPEVSSVFI FPPKPKDVLT ITLTPKVTCV VVDISKDDPE VQFSWFVDDV EVHTAQTQPR EEQFNSTFRS VSE LPIMHQ DWLNGKEFKC RVNSAAFPAP IEKTISKTKG RPKAPQVYTI PPPKEQMAKD KVSLTCMITD FFPEDITVEW QWNG QPAEN YKNTQPIMNT NGSYFVYSKL NVQKSNWEAG NTFTCSVLHE GLHNHHTEKS LSHSPGK

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分子 #4: 3H02 Fab light chain

分子名称: 3H02 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 22.868863 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: MKLPVRLLVL MFWIPASRSD VLMTQTPLSL PVSLGDQVSI SCRSSQSIVH SNGNTYLEWY LQKPGQSPKL LIYRVSNRFS GVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDLGV YYCFQGSHVP WTFGGGTKLE IKRADAAPTV SIFPPSSEQL TSGGASVVCF L NNFYPKDI ...文字列:
MKLPVRLLVL MFWIPASRSD VLMTQTPLSL PVSLGDQVSI SCRSSQSIVH SNGNTYLEWY LQKPGQSPKL LIYRVSNRFS GVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDLGV YYCFQGSHVP WTFGGGTKLE IKRADAAPTV SIFPPSSEQL TSGGASVVCF L NNFYPKDI NVKWKIDGSE RQNGVLNSWT DQDSKDSTYS MSSTLTLTK

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分子 #5: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

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分子 #6: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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分子 #7: Palmitoyl-CoA

分子名称: Palmitoyl-CoA / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: PKZ
分子量理論値: 1.005943 KDa
Chemical component information

ChemComp-PKZ:
Palmitoyl-CoA / パルミトイルCoA

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分子 #8: Digitonin

分子名称: Digitonin / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 10 / 式: AJP
分子量理論値: 1.229312 KDa
Chemical component information

ChemComp-AJP:
Digitonin / ジギトニン / 可溶化剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 43.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 142121
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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