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- EMDB-23828: Structure of human TRPML1 with ML-SI3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23828
タイトルStructure of human TRPML1 with ML-SI3
マップデータStructure of human TRPML1 with ML-SI3
試料
  • 複合体: TRPML1 complex with ML-SI3
    • タンパク質・ペプチド: Mucolipin-1
  • リガンド: N-{(1S,2S)-2-[4-(2-methoxyphenyl)piperazin-1-yl]cyclohexyl}benzenesulfonamide
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion export / positive regulation of lysosome organization / intracellularly phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate-gated monatomic cation channel activity / iron ion transmembrane transporter activity / phagosome maturation / NAADP-sensitive calcium-release channel activity / transferrin transport / Transferrin endocytosis and recycling / cellular response to pH / ligand-gated calcium channel activity ...calcium ion export / positive regulation of lysosome organization / intracellularly phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate-gated monatomic cation channel activity / iron ion transmembrane transporter activity / phagosome maturation / NAADP-sensitive calcium-release channel activity / transferrin transport / Transferrin endocytosis and recycling / cellular response to pH / ligand-gated calcium channel activity / TRP channels / localization / monoatomic cation transport / phagocytic cup / autophagosome maturation / monoatomic cation channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol / cellular response to calcium ion / cell projection / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / phagocytic vesicle membrane / late endosome / late endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / lysosome / receptor complex / endosome membrane / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / Golgi apparatus / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Mucolipin, extracytosolic domain / Mucolipin / Polycystin cation channel, PKD1/PKD2 / Polycystin cation channel
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Schmiege P / Li X
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Atomic insights into ML-SI3 mediated human TRPML1 inhibition.
著者: Philip Schmiege / Michael Fine / Xiaochun Li /
要旨: Transient receptor potential mucolipin 1 (TRPML1) regulates lysosomal calcium signaling, lipid trafficking, and autophagy-related processes. This channel is regulated by phosphoinositides and the low ...Transient receptor potential mucolipin 1 (TRPML1) regulates lysosomal calcium signaling, lipid trafficking, and autophagy-related processes. This channel is regulated by phosphoinositides and the low pH environment of the lysosome, maintaining calcium levels essential for proper lysosomal function. Recently, several small molecules specifically targeting the TRPML family have been demonstrated to modulate channel activity. One of these, a synthetic antagonist ML-SI3, can prevent lysosomal calcium efflux and has been reported to block downstream TRPML1-mediated induction of autophagy. Here, we report a cryo-electron microscopy structure of human TRPML1 with ML-SI3 at 2.9-Å resolution. ML-SI3 binds to the hydrophobic cavity created by S5, S6, and PH1, the same cavity where the synthetic agonist ML-SA1 binds. Electrophysiological characterizations show that ML-SI3 can compete with ML-SA1, blocking channel activation yet does not inhibit PI(3,5)P-dependent activation of the channel. Consequently, this work provides molecular insight into how ML-SI3 and native lipids regulate TRPML1 activity.
履歴
登録2021年4月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月16日-
マップ公開2021年6月16日-
更新2021年11月17日-
現状2021年11月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7mgl
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23828.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23828.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of human TRPML1 with ML-SI3
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.66 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.011 / ムービー #1: 0.014
最小 - 最大-0.06465807 - 0.113241866
平均 (標準偏差)3.551257e-05 (±0.0037019697)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 231.00002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.660.660.66
M x/y/z350350350
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z231.000231.000231.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ380380380
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS350350350
D min/max/mean-0.0650.1130.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : TRPML1 complex with ML-SI3

全体名称: TRPML1 complex with ML-SI3
要素
  • 複合体: TRPML1 complex with ML-SI3
    • タンパク質・ペプチド: Mucolipin-1
  • リガンド: N-{(1S,2S)-2-[4-(2-methoxyphenyl)piperazin-1-yl]cyclohexyl}benzenesulfonamide
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

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超分子 #1: TRPML1 complex with ML-SI3

超分子名称: TRPML1 complex with ML-SI3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Mucolipin-1

分子名称: Mucolipin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 65.084996 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTAPAGPRGS ETERLLTPNP GYGTQAGPSP APPTPPEEED LRRRLKYFFM SPCDKFRAKG RKPCKLMLQV VKILVVTVQL ILFGLSNQL AVTFREENTI AFRHLFLLGY SDGADDTFAA YTREQLYQAI FHAVDQYLAL PDVSLGRYAY VRGGGDPWTN G SGLALCQR ...文字列:
MTAPAGPRGS ETERLLTPNP GYGTQAGPSP APPTPPEEED LRRRLKYFFM SPCDKFRAKG RKPCKLMLQV VKILVVTVQL ILFGLSNQL AVTFREENTI AFRHLFLLGY SDGADDTFAA YTREQLYQAI FHAVDQYLAL PDVSLGRYAY VRGGGDPWTN G SGLALCQR YYHRGHVDPA NDTFDIDPMV VTDCIQVDPP ERPPPPPSDD LTLLESSSSY KNLTLKFHKL VNVTIHFRLK TI NLQSLIN NEIPDCYTFS VLITFDNKAH SGRIPISLET QAHIQECKHP SVFQHGDNSF RLLFDVVVIL TCSLSFLLCA RSL LRGFLL QNEFVGFMWR QRGRVISLWE RLEFVNGWYI LLVTSDVLTI SGTIMKIGIE AKNLASYDVC SILLGTSTLL VWVG VIRYL TFFHNYNILI ATLRVALPSV MRFCCCVAVI YLGYCFCGWI VLGPYHVKFR SLSMVSECLF SLINGDDMFV TFAAM QAQQ GRSSLVWLFS QLYLYSFISL FIYMVLSLFI ALITGAYDTI KHPGGAGAEE SELQAYIAQC QDSPTSGKFR RGSGSA CSL LCCCGRDPSE EHSLLVN

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分子 #2: N-{(1S,2S)-2-[4-(2-methoxyphenyl)piperazin-1-yl]cyclohexyl}benzen...

分子名称: N-{(1S,2S)-2-[4-(2-methoxyphenyl)piperazin-1-yl]cyclohexyl}benzenesulfonamide
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: ZB4
分子量理論値: 429.576 Da
Chemical component information

ChemComp-ZB4:
N-{(1S,2S)-2-[4-(2-methoxyphenyl)piperazin-1-yl]cyclohexyl}benzenesulfonamide / チャネルブロッカー, アンタゴニスト*YM

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分子 #3: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 4.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 508465
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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