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- EMDB-23780: BG505 SOSIP MD39 in complex with the monoclonal antibodies Rh.331... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23780
タイトルBG505 SOSIP MD39 in complex with the monoclonal antibodies Rh.33104 mAb.1 and RM20A3
マップデータ3D map of BG505 SOSIP MD39 in complex with the monoclonal antibody Rh.33104 mAb.1 (as Fab fragment). Obtained by cryoEM. Main map
試料
  • 複合体: BG505 SOSIP MD39 in complex with the monoclonal antibodies Rh.33104 mAb.1 and RM20A3
    • タンパク質・ペプチド: Rh.33104 mAb.1 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Surface protein gp120
    • タンパク質・ペプチド: RM20A3 mAb Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: RM20A3 mAb Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Rh.33104 mAb.1 Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein gp41
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Antanasijevic A / Ward AB
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1115782 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1196345 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: From structure to sequence: Antibody discovery using cryoEM.
著者: Aleksandar Antanasijevic / Charles A Bowman / Robert N Kirchdoerfer / Christopher A Cottrell / Gabriel Ozorowski / Amit A Upadhyay / Kimberly M Cirelli / Diane G Carnathan / Chiamaka A Enemuo ...著者: Aleksandar Antanasijevic / Charles A Bowman / Robert N Kirchdoerfer / Christopher A Cottrell / Gabriel Ozorowski / Amit A Upadhyay / Kimberly M Cirelli / Diane G Carnathan / Chiamaka A Enemuo / Leigh M Sewall / Bartek Nogal / Fangzhu Zhao / Bettina Groschel / William R Schief / Devin Sok / Guido Silvestri / Shane Crotty / Steven E Bosinger / Andrew B Ward /
要旨: One of the rate-limiting steps in analyzing immune responses to vaccines or infections is the isolation and characterization of monoclonal antibodies. Here, we present a hybrid structural and ...One of the rate-limiting steps in analyzing immune responses to vaccines or infections is the isolation and characterization of monoclonal antibodies. Here, we present a hybrid structural and bioinformatic approach to directly assign the heavy and light chains, identify complementarity-determining regions, and discover sequences from cryoEM density maps of serum-derived polyclonal antibodies bound to an antigen. When combined with next-generation sequencing of immune repertoires, we were able to specifically identify clonal family members, synthesize the monoclonal antibodies, and confirm that they interact with the antigen in a manner equivalent to the corresponding polyclonal antibodies. This structure-based approach for identification of monoclonal antibodies from polyclonal sera opens new avenues for analysis of immune responses and iterative vaccine design.
履歴
登録2021年4月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月26日-
マップ公開2022年1月26日-
更新2022年2月2日-
現状2022年2月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7mdu
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7mdu
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23780.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23780.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D map of BG505 SOSIP MD39 in complex with the monoclonal antibody Rh.33104 mAb.1 (as Fab fragment). Obtained by cryoEM. Main map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.029183544 - 0.056320462
平均 (標準偏差)1.4482969e-05 (±0.0016611055)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 370.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z370.800370.800370.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.0290.0560.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_23780_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: 3D map of BG505 SOSIP MD39 in complex...

ファイルemd_23780_half_map_1.map
注釈3D map of BG505 SOSIP MD39 in complex with the monoclonal antibody Rh.33104 mAb.1 (as Fab fragment). Obtained by cryoEM. Half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: 3D map of BG505 SOSIP MD39 in complex...

ファイルemd_23780_half_map_2.map
注釈3D map of BG505 SOSIP MD39 in complex with the monoclonal antibody Rh.33104 mAb.1 (as Fab fragment). Obtained by cryoEM. Half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BG505 SOSIP MD39 in complex with the monoclonal antibodies Rh.331...

全体名称: BG505 SOSIP MD39 in complex with the monoclonal antibodies Rh.33104 mAb.1 and RM20A3
要素
  • 複合体: BG505 SOSIP MD39 in complex with the monoclonal antibodies Rh.33104 mAb.1 and RM20A3
    • タンパク質・ペプチド: Rh.33104 mAb.1 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Surface protein gp120
    • タンパク質・ペプチド: RM20A3 mAb Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: RM20A3 mAb Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Rh.33104 mAb.1 Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein gp41
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: BG505 SOSIP MD39 in complex with the monoclonal antibodies Rh.331...

超分子名称: BG505 SOSIP MD39 in complex with the monoclonal antibodies Rh.33104 mAb.1 and RM20A3
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
詳細: The complexes were created by combining BG505 SOSIP MD39 and the two antibodies (as Fab fragments) and subsequent SEC purification.
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Rh.33104 mAb.1 Heavy Chain

分子名称: Rh.33104 mAb.1 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 12.421753 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCAVSGGSFS GYSWGWIRQP PGKGLEWIGS IIGRTGSTAY NPSLTSRVTI SRDTSNNQFS LKLTSLTAA DTAVYYCARQ QSNFDFWGQG VLVTVSS

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分子 #2: Surface protein gp120

分子名称: Surface protein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 57.652625 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKRGLCCVLL LCGAVFVSPS QEIHARFRRG ARAENLWVTV YYGVPVWKDA ETTLFCASDA KAYETEKHNV WATHACVPTD PNPQEIHLE NVTEEFNMWK NNMVEQMHED IISLWDQSLK PCVKLTPLCV TLQCTNVTNN ITDDMRGELK NCSFNMTTEL R DKKQKVYS ...文字列:
MKRGLCCVLL LCGAVFVSPS QEIHARFRRG ARAENLWVTV YYGVPVWKDA ETTLFCASDA KAYETEKHNV WATHACVPTD PNPQEIHLE NVTEEFNMWK NNMVEQMHED IISLWDQSLK PCVKLTPLCV TLQCTNVTNN ITDDMRGELK NCSFNMTTEL R DKKQKVYS LFYRLDVVQI NENQGNRSNN SNKEYRLINC NTSAITQACP KVSFEPIPIH YCAPAGFAIL KCKDKKFNGT GP CPSVSTV QCTHGIKPVV STQLLLNGSL AEEEVIIRSE NITNNAKNIL VQLNTPVQIN CTRPNNNTVK SIRIGPGQAF YYT GDIIGD IRQAHCNVSK ATWNETLGKV VKQLRKHFGN NTIIRFAQSS GGDLEVTTHS FNCGGEFFYC NTSGLFNSTW ISNT SVQGS NSTGSNDSIT LPCRIKQIIN MWQRIGQAMY APPIQGVIRC VSNITGLILT RDGGSTNSTT ETFRPGGGDM RDNWR SELY KYKVVKIEPL GVAPTRCKRR VVGRRRRRR

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分子 #3: RM20A3 mAb Heavy Chain

分子名称: RM20A3 mAb Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 13.511111 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVETGGG LVQPGGSLKL SCRASGYTFS SFAMSWVRQA PGKGLEWVSL INDRGGLTFY VDSVKGRFTI SRDNSKNTLS LQMHSLRDG DTAVYYCATG GMSSALQSSK YYFDFWGQGA LVTVSS

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分子 #4: RM20A3 mAb Light Chain

分子名称: RM20A3 mAb Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 11.755821 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QSALTQPPSV SGSPGQSVTI SCTGTSSDIG SYNYVSWYQQ HPGKAPKLMI YDVTQRPSGV SDRFSGSKSG NTASLTISGL QADDEADYY CSAYAGRQTF YIFGGGTRLT VL

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分子 #5: Rh.33104 mAb.1 Light Chain

分子名称: Rh.33104 mAb.1 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 11.521576 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDTVT TTCRASQDIS NDLAWYQQKP GKAPKPLLYY ASNLESGVPS MFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFASYFCQ QYNSYPRTFG QGTKVEF

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分子 #6: Transmembrane protein gp41

分子名称: Transmembrane protein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.134324 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVSLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEP QQHLLKDTHW GIKQLQARVL AVEHYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD

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分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 12 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMTris-HClTris
150.0 mMNaClSodium Chloride

詳細: TBS, 0.2um filtered
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot force: 0 Wait time: 10s Blot time: 3-7s.
詳細The specimen consisted of homogeneous antigen-antibody complexes

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1022 / 平均露光時間: 9.5 sec. / 平均電子線量: 44.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 109105 / 詳細: template picking
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Low-pass-filtered map of BG505 SOSIP
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 29009
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 詳細: Relion regularized likelihood
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 詳細: Relion regularized likelihood
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

6vfl

,

6x9r

)
得られたモデル

PDB-7mdu:
BG505 SOSIP MD39 in complex with the monoclonal antibodies Rh.33104 mAb.1 and RM20A3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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