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- EMDB-23778: Negative stain EM map of BG505 SOSIP in complex with Rh4O9.8 mono... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23778
タイトルNegative stain EM map of BG505 SOSIP in complex with Rh4O9.8 monoclonal antibody (as Fab fragment)
マップデータ3D map of BG505 SOSIP in complex with the monoclonal antibody Rh4O9.8 (as Fab fragment). Obtained by negative stain EM.
試料
  • 複合体: BG505 SOSIP.v5.2 in complex with the monoclonal antibody Rh4O9.8 (as Fab fragment)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 15.9 Å
データ登録者Antanasijevic A / Ward AB
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1115782 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1196345 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: From structure to sequence: Antibody discovery using cryoEM.
著者: Aleksandar Antanasijevic / Charles A Bowman / Robert N Kirchdoerfer / Christopher A Cottrell / Gabriel Ozorowski / Amit A Upadhyay / Kimberly M Cirelli / Diane G Carnathan / Chiamaka A Enemuo ...著者: Aleksandar Antanasijevic / Charles A Bowman / Robert N Kirchdoerfer / Christopher A Cottrell / Gabriel Ozorowski / Amit A Upadhyay / Kimberly M Cirelli / Diane G Carnathan / Chiamaka A Enemuo / Leigh M Sewall / Bartek Nogal / Fangzhu Zhao / Bettina Groschel / William R Schief / Devin Sok / Guido Silvestri / Shane Crotty / Steven E Bosinger / Andrew B Ward /
要旨: One of the rate-limiting steps in analyzing immune responses to vaccines or infections is the isolation and characterization of monoclonal antibodies. Here, we present a hybrid structural and ...One of the rate-limiting steps in analyzing immune responses to vaccines or infections is the isolation and characterization of monoclonal antibodies. Here, we present a hybrid structural and bioinformatic approach to directly assign the heavy and light chains, identify complementarity-determining regions, and discover sequences from cryoEM density maps of serum-derived polyclonal antibodies bound to an antigen. When combined with next-generation sequencing of immune repertoires, we were able to specifically identify clonal family members, synthesize the monoclonal antibodies, and confirm that they interact with the antigen in a manner equivalent to the corresponding polyclonal antibodies. This structure-based approach for identification of monoclonal antibodies from polyclonal sera opens new avenues for analysis of immune responses and iterative vaccine design.
履歴
登録2021年4月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月26日-
マップ公開2022年1月26日-
更新2022年2月2日-
現状2022年2月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23778.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23778.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D map of BG505 SOSIP in complex with the monoclonal antibody Rh4O9.8 (as Fab fragment). Obtained by negative stain EM.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.77 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.034227178 - 0.058464553
平均 (標準偏差)-7.9607256e-05 (±0.0033659055)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 396.47998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.771.771.77
M x/y/z224224224
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z396.480396.480396.480
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS224224224
D min/max/mean-0.0340.058-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : BG505 SOSIP.v5.2 in complex with the monoclonal antibody Rh4O9.8 ...

全体名称: BG505 SOSIP.v5.2 in complex with the monoclonal antibody Rh4O9.8 (as Fab fragment)
要素
  • 複合体: BG505 SOSIP.v5.2 in complex with the monoclonal antibody Rh4O9.8 (as Fab fragment)

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超分子 #1: BG505 SOSIP.v5.2 in complex with the monoclonal antibody Rh4O9.8 ...

超分子名称: BG505 SOSIP.v5.2 in complex with the monoclonal antibody Rh4O9.8 (as Fab fragment)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Fab fragment was generated by proteolytic cleavage of IgG antibody
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F / 組換プラスミド: pPPI4

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMTris-HClTris-HCl
150.0 mMNaClSodium chloride

詳細: TBS, 0.2um filtered
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl formate / 詳細: The samples were stained with UF for 60s.
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
詳細The complex was generated by incubation of Rh4O9.8 monoclonal antibody (as Fab) with recombinantly expressed BG505 SOSIP and subsequent SEC purification.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 85277 / 詳細: DoG Picker in Appion
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Low-pass-filtered map of BG505 SOSIP
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 9525
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 詳細: Relion, regularized likelihood
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 詳細: Relion, regularized likelihood
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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